seq1 = pF1KE9279.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KE9279/gi568815581f_7551519.tfa (gi568815581f:7551519_7755892), 204374 bp

>pF1KE9279 870
>gi568815581f:7551519_7755892 (Chr17)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-241  (101856-101984)   100% ->
242-346  (102323-102427)   100% ->
347-552  (102534-102739)   99% ->
553-609  (103110-103166)   100% ->
610-708  (104009-104107)   100% ->
709-870  (104213-104374)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCATCCAGAAAGAGAAGAAGAGCTGCGGGCAGGTGGTTGAGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCATCCAGAAAGAGAAGAAGAGCTGCGGGCAGGTGGTTGAGGAGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAGTTCGTGTGGAACCCGAGGACGCACCAGTTTATGGGCCGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAGTTCGTGTGGAACCCGAGGACGCACCAGTTTATGGGCCGCACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGACCAGCTGGG         CCTTTATCCTCCTCTTCTACCTCGTTTTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGACCAGCTGGGGTA...TAGCCTTTATCCTCCTCTTCTACCTCGTTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGGGTTCCTCACCGCCATGTTCACCCTCACCATGTGGGTGATGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101885 TATGGGTTCCTCACCGCCATGTTCACCCTCACCATGTGGGTGATGCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACTGTCTCCGACCATACCCCCAAGTACCAGGACCGACTGGCCACACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101935 GACTGTCTCCGACCATACCCCCAAGTACCAGGACCGACTGGCCACACCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242          GCTTGATGATTCGCCCCAAGACTGAGAACCTTGATGTCATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101985 GTG...TAGGCTTGATGATTCGCCCCAAGACTGAGAACCTTGATGTCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCAATGTCAGTGACACTGAAAGCTGGGACCAGCATGTTCAGAAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102364 GTCAATGTCAGTGACACTGAAAGCTGGGACCAGCATGTTCAGAAGCTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGTTCTTGGAGC         CTTACAACGACTCTATCCAAGCCCAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102414 CAAGTTCTTGGAGCGTG...TAGCTTACAACGACTCTATCCAAGCCCAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAATGATGTCTGCCGCCCTGGGCGCTATTACGAACAGCCAGATAATGGA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 102561 AGAATGATGTCTGCCGCCCTGGACGCTATTACGAACAGCCAGATAATGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCTCAACTACCCCAAACGTGCCTGCCAATTCAACCGGACCCAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102611 GTCCTCAACTACCCCAAACGTGCCTGCCAATTCAACCGGACCCAGCTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACTGCTCCGGCATTGGGGACTCCACCCACTATGGTTACAGCACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102661 CAACTGCTCCGGCATTGGGGACTCCACCCACTATGGTTACAGCACTGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCCCTGTGTCTTCATCAAGATGAACCGG         GTCATCAACTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102711 AGCCCTGTGTCTTCATCAAGATGAACCGGGTA...CAGGTCATCAACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATGCAGGAGCAAACCAGAGCATGAATGTTACCTGTGCTGGGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103122 TATGCAGGAGCAAACCAGAGCATGAATGTTACCTGTGCTGGGAAGGTG..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610     CGAGATGAAGATGCTGAGAATCTCGGCAACTTCGTCATGTTCCCCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103172 .CAGCGAGATGAAGATGCTGAGAATCTCGGCAACTTCGTCATGTTCCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAACGGCAACATCGACCTCATGTACTTCCCCTACTATGGCAAAAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104055 CCAACGGCAACATCGACCTCATGTACTTCCCCTACTATGGCAAAAAGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAC         GTGAACTACACACAGCCCCTGGTGGCTGTGAAGTTCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104105 CACGTA...CAGGTGAACTACACACAGCCCCTGGTGGCTGTGAAGTTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAATGTGACCCCCAACGTGGAGGTGAATGTAGAATGTCGCATCAACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104251 GAATGTGACCCCCAACGTGGAGGTGAATGTAGAATGTCGCATCAACGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCAACATCGCCACAGACGATGAGCGAGACAAGTTCGCCGGCCGCGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104301 CCAACATCGCCACAGACGATGAGCGAGACAAGTTCGCCGGCCGCGTGGCC

    900     .    :    .    :
    847 TTCAAACTCCGCATCAACAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||
 104351 TTCAAACTCCGCATCAACAAAACC