seq1 = pF1KE9275.tfa, 804 bp
seq2 = pF1KE9275/gi568815595f_15327780.tfa (gi568815595f:15327780_15539152), 211373 bp

>pF1KE9275 804
>gi568815595f:15327780_15539152 (Chr3)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-198  (102134-102228)   98% ->
199-335  (104308-104444)   99% ->
336-526  (106569-106759)   100% ->
527-760  (108563-108796)   99% ->
761-804  (111330-111373)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGGGACCGCAAACCCGCTGCTGGACCGCGAGGAACATTGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGGGACCGCAAACCCGCTGCTGGACCGCGAGGAACATTGCCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCGGGGAGAGCTTCGAGAAGCGGCCGCGGGCCTCCTTCCACACTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCGGGGAGAGCTTCGAGAAGCGGCCGCGGGCCTCCTTCCACACTATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTT         ATGATTTTAAACCAGCATCTATAGACACTTCCTGTGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTTGTA...TAGATGATTTTAAACCAGCATCTATAGACACTTCCTGTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAGAGCTTCAAGTTGGCAAAGGAGATGAAGTCACAATTACACTTCCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 102172 GGAGAGCTTCAAGTTGGCAAAGGAGATGAAGTCACAATTACACTGCCACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATCCCT         GGATCCACACCACCCATGACTGTGTTCAAGGGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102222 TATCCCTGTG...TAGGGATCCACACCACCCATGACTGTGTTCAAGGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAAACGGCCTTACCAGAAAGACTGTGTGCTTATTATTAATCATGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104342 ACAAACGGCCTTACCAGAAAGACTGTGTGCTTATTATTAATCATGACACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTGAATTTGTGCTGGAAAAACTCAGTAGCAGCATTCAGGTGAAGAAAAC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104392 GGTGAATATGTGCTGGAAAAACTCAGTAGCAGCATTCAGGTGAAGAAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAG         AGCTGAGGGCAGCAGTAAAATCCAGGCCCGAATGGAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104442 AAGGTA...CAGAGCTGAGGGCAGCAGTAAAATCCAGGCCCGAATGGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCAGCCCACTCGTCCTCCACAGACGTCACAGCCACCACCACCTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106607 AGCAGCCCACTCGTCCTCCACAGACGTCACAGCCACCACCACCTCCACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTATGCCATTCAGAGCTCCAACGAAGCCTCCAGTTGGACCCAAAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106657 CCTATGCCATTCAGAGCTCCAACGAAGCCTCCAGTTGGACCCAAAACTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCCTTGAAAGATAACCCCTCACCTGAACCTCAGTTGGATGACATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106707 TCCCTTGAAAGATAACCCCTCACCTGAACCTCAGTTGGATGACATCAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAG         AGCTGAGGGCTGAAGTTGACATTATTGAACAAATGAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106757 GAGGTA...CAGAGCTGAGGGCTGAAGTTGACATTATTGAACAAATGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGCAGCAGTGGGAGCAGCTCTTCAGACTCTGAGAGCTCTTCGGGAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108601 AGCAGCAGTGGGAGCAGCTCTTCAGACTCTGAGAGCTCTTCGGGAAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGACGATAGCTCCAGCAGTGGAGGCGAGGACAATGGCCCAGCCTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108651 TGACGATAGCTCCAGCAGTGGAGGCGAGGACAATGGCCCAGCCTCTCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGCAGCCTTCACACCAGCAGCCCTACAACAGTAGGCCTGCCGTTGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108701 CGCAGCCTTCACACCAGCAGCCCTACAACAGTAGGCCTGCCGTTGCCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAACCAGCCGGCCACAAGGAAGCAACCAGCTCATGAACGCCCTCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||>>>.
 108751 GGAACCAGCCGGCCACAAGGAAGCAACCAGCTCATGAACACCCTCAGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    761      GAAATGACTTGCAGTTGAGTGAGTCTGGCAGTGACAGTGATGAC
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108801 ..TAGGAAATGACTTGCAGTTGAGTGAGTCTGGCAGTGACAGTGATGAC