seq1 = pF1KE9256.tfa, 2154 bp
seq2 = pF1KE9256/gi568815591r_1716073.tfa (gi568815591r:1716073_2330133), 614061 bp

>pF1KE9256 2154
>gi568815591r:1716073_2330133 (Chr7)

(complement)

1-150  (100001-100150)   100% ->
151-291  (104584-104724)   100% ->
292-471  (107380-107559)   100% ->
472-596  (110678-110802)   100% ->
597-678  (112091-112172)   98% ->
679-809  (113847-113977)   100% ->
810-924  (114135-114249)   100% ->
925-986  (116861-116922)   100% ->
987-1073  (180896-180982)   100% ->
1074-1218  (260796-260940)   100% ->
1219-1359  (315492-315632)   100% ->
1360-1416  (328013-328069)   100% ->
1417-1505  (349593-349681)   100% ->
1506-1596  (372415-372505)   100% ->
1597-1807  (393237-393447)   99% ->
1808-1998  (431744-431934)   100% ->
1999-2154  (513906-514061)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGACCTGGGGGAAAACACCATGGTTTTATCCACCCTGAGATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGACCTGGGGGAAAACACCATGGTTTTATCCACCCTGAGATCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACAACTTCATCTCTCAGCGTGTGGAGGGAGGCTCTGGACTGGATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAACAACTTCATCTCTCAGCGTGTGGAGGGAGGCTCTGGACTGGATATTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTACCTCGGCCCCAGGTTCTCTGCAGATGCAGTACCAGCAGAGCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTACCTCGGCCCCAGGTTCTCTGCAGATGCAGTACCAGCAGAGCATGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          CTGGAGGAAAGAGCAGAGCAGATCCGTTCGAAGTCCCACCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTG...CAGCTGGAGGAAAGAGCAGAGCAGATCCGTTCGAAGTCCCACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCAGGTGGAGCGGGAGAAAATGCAGATGGAGCTGAGTCACAAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104625 CATCCAGGTGGAGCGGGAGAAAATGCAGATGGAGCTGAGTCACAAGAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCGAGTGGAGCTGGAGAGAGCAGCCAGCACCAGTGCCAGGAACTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104675 CTCGAGTGGAGCTGGAGAGAGCAGCCAGCACCAGTGCCAGGAACTACGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292          CGTGAGGTCGACCGCAACCAGGAGCTCCTGACGCGCATCCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104725 GTG...CAGCGTGAGGTCGACCGCAACCAGGAGCTCCTGACGCGCATCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGCTTCAGGAGCGGGAGGCCGGGGCGGAGGAGAAGATGCAGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107421 GCAGCTTCAGGAGCGGGAGGCCGGGGCGGAGGAGAAGATGCAGGAGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGAGCGCAACAGGCAGTGTCAGCAGAACTTGGATGCTGCCAGCAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107471 TGGAGCGCAACAGGCAGTGTCAGCAGAACTTGGATGCTGCCAGCAAGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGCGTGAGAAAGAGGACAGTCTGGCCCAGGCTGGCGAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107521 CTGCGTGAGAAAGAGGACAGTCTGGCCCAGGCTGGCGAGGTG...TAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCAACGCACTGAAGGGGAGGATCTCGGAACTGCAGTGGAGCGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110680 CATCAACGCACTGAAGGGGAGGATCTCGGAACTGCAGTGGAGCGTGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCAGGAGATGCGGGTGAAGCGCCTGGAGTCGGAGAAGCAGGAGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110730 ACCAGGAGATGCGGGTGAAGCGCCTGGAGTCGGAGAAGCAGGAGCTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGCAGCTGGACCTGCAACACAA         AAAATGCCAGGAAGCCAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 110780 GAGCAGCTGGACCTGCAACACAAGTG...TAGAAAATGCCAGGAAGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCAGAAAATCCAGGAACTCCAGGCCAGCCAAGAAGCAAGAGCAGACCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 112109 TCAGAAAATCCAGGAACTCCAGGCCAGCCAAGAAGCAAGAGCAGACCACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCAGCAGATTAAG         GATCTGGAGCAGAAGCTGTCCCTGCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112159 AGCAGCAGATTAAGGTG...CAGGATCTGGAGCAGAAGCTGTCCCTGCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGCAGGATGCAGCGATTGTGAAGAACATGAAGTCTGAGCTGGTACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113874 GAGCAGGATGCAGCGATTGTGAAGAACATGAAGTCTGAGCTGGTACGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCTAGGCTGGAACGGGAGCTGAAGCAGCTGCGGGAGGAGAGCGCGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113924 CCCTAGGCTGGAACGGGAGCTGAAGCAGCTGCGGGAGGAGAGCGCGCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCG         GGAGATGAGAGAGACCAACGGGCTGCTCCAGGAAGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113974 TGCGGTG...CAGGGAGATGAGAGAGACCAACGGGCTGCTCCAGGAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGGAAGGGCTGCAGAGGAAGCTGGGGCGCCAGGAGAAGATGCAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114172 CTGGAAGGGCTGCAGAGGAAGCTGGGGCGCCAGGAGAAGATGCAGGAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCTGGTTGGCTTGGAGCTGGAGAACGAG         AGGCTGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114222 GCTGGTTGGCTTGGAGCTGGAGAACGAGGTG...CAGAGGCTGCTGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCTGCAAAGCTGGGAGAGACTGGACCAGACCATGGGCCTGAGCATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116874 AGCTGCAAAGCTGGGAGAGACTGGACCAGACCATGGGCCTGAGCATCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987         GACTCCAGAAGACCTTTCCAGATTCGTGGTTGAGCTGCAGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116924 TA...CAGGACTCCAGAAGACCTTTCCAGATTCGTGGTTGAGCTGCAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGGGAGCTTGCCTTGAAGGACAAGAACAGCGCCGTCACCAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 180938 GAGGGAGCTTGCCTTGAAGGACAAGAACAGCGCCGTCACCAGCAGGTA..

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074     CGCCCGGGGGCTGGAGAAGGCCAGGCAGCAGCTGCAGGAGGAGCTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180988 .CAGCGCCCGGGGGCTGGAGAAGGCCAGGCAGCAGCTGCAGGAGGAGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CGGCAGGTCAGCGGCCAGCTGTTGGAGGAGAGGAAGAAGCGCGAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260842 CGGCAGGTCAGCGGCCAGCTGTTGGAGGAGAGGAAGAAGCGCGAGACCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGAGGCGCTGGCCCGGAGGCTCCAGAAACGGGTCCTGCTGCTCACCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 260892 CGAGGCGCTGGCCCGGAGGCTCCAGAAACGGGTCCTGCTGCTCACCAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219         GAGCGGGACGGTATGCGGGCCATCCTGGGGTCCTACGACAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260942 TG...CAGGAGCGGGACGGTATGCGGGCCATCCTGGGGTCCTACGACAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGCTGACCCCGGCCGAGTACTCACCCCAGCTGACGCGGCGCATGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315534 GAGCTGACCCCGGCCGAGTACTCACCCCAGCTGACGCGGCGCATGCGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGCTGAGGATATGGTGCAGAAGGTGCACAGCCACAGCGCCGAGATGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 315584 GGCTGAGGATATGGTGCAGAAGGTGCACAGCCACAGCGCCGAGATGGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1360         GCTCAGCTGTCGCAGGCCCTGGAGGAGCTGGGAGGCCAGAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315634 TG...CAGGCTCAGCTGTCGCAGGCCCTGGAGGAGCTGGGAGGCCAGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CAAAGAGCAGACATG         CTGGAGATGGAGCTGAAGATGCTGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 328055 CAAAGAGCAGACATGGTG...TAGCTGGAGATGGAGCTGAAGATGCTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GTCTCAGTCCAGCTCTGCCGAACAGAGCTTCCTGTTCTCCAGGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349619 GTCTCAGTCCAGCTCTGCCGAACAGAGCTTCCTGTTCTCCAGGGAGGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CGGACACGCTCAG         GTTGAAGGTCGAGGAGCTGGAAGGCGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 349669 CGGACACGCTCAGGTA...CAGGTTGAAGGTCGAGGAGCTGGAAGGCGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CGGAGTCGGCTGGAGGAGGAAAAGAGGATGCTGGAGGCACAGCTGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 372443 CGGAGTCGGCTGGAGGAGGAAAAGAGGATGCTGGAGGCACAGCTGGAGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GCGAGCTCTGCAG         GGTGACTATGACCAGAGCAGGACCAAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 372493 GCGAGCTCTGCAGGTG...CAGGGTGACTATGACCAGAGCAGGACCAAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TGCTGCACATGAGCCTGAACCCCACCAGTGTGGCCAGGCAGCGCCTGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 393265 TGCTGCACATGAGCCTGAACCCCACCAGTGTGGCCAGGCAGCGCCTGCGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GAGGACCACAGCCAGCTGCAGGCGGAGTGCGAGCGACTGCGCGGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 393315 GAGGACCACAGCCAGCTGCAGGCGGAGTGCGAGCGACTGCGCGGGCTCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GCGCGCCATGGAGAGAGGAGGCACCGTCCCAGCCGACCTTGAGGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 393365 GCGCGCCATGGAGAGAGGAGGCACCGTCCCAGCCGACCTTGAGGCTGCCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CCGCGAGTCTGCCATCGTCCAAGGAGGTGGCAG         AGCTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 393415 CCGCGAGTCTGCCATCGTCCAAGGAGGTGGCAGGTA...CAGAGCTGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AAGCAGGTGGAGAGTGCCGAGCTGAAGAACCAGCGGCTCAAGGAGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 431752 AAGCAGGTGGAGAGTGCCGAGCTGAAGAACCAGCGGCTCAAGGAGGTTTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CCAGACCAAGATCCAGGAGTTCCGCAAGGCCTGCTACACGCTCACCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 431802 CCAGACCAAGATCCAGGAGTTCCGCAAGGCCTGCTACACGCTCACCGGCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ACCAGATCGACATCACCACGGAGAACCAGTACCGGCTGACCTCGCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 431852 ACCAGATCGACATCACCACGGAGAACCAGTACCGGCTGACCTCGCTGTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GCCGAGCACCCAGGCGACTGCCTCATCTTCAAG         GCCACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 431902 GCCGAGCACCCAGGCGACTGCCTCATCTTCAAGGTG...CAGGCCACCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CCCCTCGGGTTCCAAGATGCAGCTACTGGAGACAGAGTTCTCACACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 513914 CCCCTCGGGTTCCAAGATGCAGCTACTGGAGACAGAGTTCTCACACACCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TGGGCGAGCTCATCGAGGTGCACCTGCGGCGCCAGGACAGCATCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 513964 TGGGCGAGCTCATCGAGGTGCACCTGCGGCGCCAGGACAGCATCCCTGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2107 TTCCTCAGCTCGCTCACCCTCGAGCTCTTCAGCCGCCAGACCGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514014 TTCCTCAGCTCGCTCACCCTCGAGCTCTTCAGCCGCCAGACCGTGGCG