seq1 = pF1KE9252.tfa, 264 bp
seq2 = pF1KE9252/gi568815592f_126240274.tfa (gi568815592f:126240274_126446322), 206049 bp

>pF1KE9252 264
>gi568815592f:126240274_126446322 (Chr6)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-240  (105932-106045)   100% ->
241-264  (108193-108216)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGTCGACCATAGTCTCCCAGAGGAAGCAGATAAAGCGGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTGTCGACCATAGTCTCCCAGAGGAAGCAGATAAAGCGGAAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCCCGTGGCTTTCTAAAGCGAGTCTTCAAGCGAAAGAAGCCTCAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCCCGTGGCTTTCTAAAGCGAGTCTTCAAGCGAAAGAAGCCTCAACTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCTGGAGAAAAGTGGTGACTTATTG         GTCCATCTGAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 GTCTGGAGAAAAGTGGTGACTTATTGGTG...AAGGTCCATCTGAACTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTACTGTTTGTTCATCGATTAGCAGAAGAGTCCAGGACAAACGCTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105947 TTACTGTTTGTTCATCGATTAGCAGAAGAGTCCAGGACAAACGCTTGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGTAAATGTAGAGTCATTAACAAGGAGCATGTACTGGCCGCAGCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105997 GAGTAAATGTAGAGTCATTAACAAGGAGCATGTACTGGCCGCAGCAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :
    241         GTAATTCTAAAGAAGAGCAGAGGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106047 TA...CAGGTAATTCTAAAGAAGAGCAGAGGT