seq1 = pF1KE9250.tfa, 1059 bp
seq2 = pF1KE9250/gi568815582f_80911940.tfa (gi568815582f:80911940_81132691), 220752 bp

>pF1KE9250 1059
>gi568815582f:80911940_81132691 (Chr16)

1-171  (100001-100171)   100% ->
172-217  (102197-102242)   100% ->
218-277  (105387-105446)   98% ->
278-354  (105819-105895)   100% ->
355-531  (108161-108337)   100% ->
532-633  (110658-110759)   100% ->
634-697  (112776-112839)   100% ->
698-810  (114587-114699)   100% ->
811-937  (116232-116358)   99% ->
938-1059  (120631-120752)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGAGACTGTTGCTGAGTTCATCAAGAGGACCATCTTGAAAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGAGACTGTTGCTGAGTTCATCAAGAGGACCATCTTGAAAATCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGAATGAACTGACAACAATCCTGAAGGCCTGGGATTTTTTGTCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGAATGAACTGACAACAATCCTGAAGGCCTGGGATTTTTTGTCTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCAACTGCAGACTGTAAATTTCCGACAGAGAAAGGAATCTGTAGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCAACTGCAGACTGTAAATTTCCGACAGAGAAAGGAATCTGTAGTTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACTTGATCCATCTGTGTGAG         GAAAAGCGTGCAAGTATCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 CACTTGATCCATCTGTGTGAGGTA...TAGGAAAAGCGTGCAAGTATCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGCTGCCCTGTTAGACATCATTT         ATATGCAATTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102217 TGATGCTGCCCTGTTAGACATCATTTGTA...CAGATATGCAATTTCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCACCAGAAAGTTTGGGATGTTTTTCAGATGAGTAAAGGACCAG     
        ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||>>>..
 105402 AGCACCAGAAAGTTTGGGAAGTTTTTCAGATGAGTAAAGGACCAGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     GTGAAGATGTTGACCTTTTTGATATGAAACAATTTAAAAATTCGTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105452 .CAGGTGAAGATGTTGACCTTTTTGATATGAAACAATTTAAAAATTCGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGAAAATTCTTCAGAGAGCATTAAAAAAT         GTGACAGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105865 CAAGAAAATTCTTCAGAGAGCATTAAAAAATGTA...AAGGTGACAGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCTTCAGAGAAACTGAGGAGAATGCAGTCTGGATTCGAATTGCCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108171 GCTTCAGAGAAACTGAGGAGAATGCAGTCTGGATTCGAATTGCCTGGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACACAGTACACAAAGCCAAACCAGTACAAACCTACCTACGTGGTGTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108221 ACACAGTACACAAAGCCAAACCAGTACAAACCTACCTACGTGGTGTACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCCCAGACTCCGTACGCCTTCACGTCCTCCTCCATGCTGAGGCGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108271 CTCCCAGACTCCGTACGCCTTCACGTCCTCCTCCATGCTGAGGCGCAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CACCGCTTCTGGGTCAG         GCGCTGACAATTGCTAGCAAACAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 108321 CACCGCTTCTGGGTCAGGTA...AAGGCGCTGACAATTGCTAGCAAACAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CATCAGATTGTGAAAATGGACCTGAGAAGTCGGTATCTGGACTCTCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110682 CATCAGATTGTGAAAATGGACCTGAGAAGTCGGTATCTGGACTCTCTTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGCTATTGTTTTTAAACAGTATAATCAG         ACCTTTGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 110732 GGCTATTGTTTTTAAACAGTATAATCAGGTG...TAGACCTTTGAAACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACAACTCTACGACACCTCTACAGGAAAGAAGCCTTGGACTAGATATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112789 ACAACTCTACGACACCTCTACAGGAAAGAAGCCTTGGACTAGATATAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 A         TGGATTCAAGGATCATTCATGAAAACATAGTAGAAAAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112839 AGTA...TAGTGGATTCAAGGATCATTCATGAAAACATAGTAGAAAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAGAGTCCAACGAATAACTCAAGAAACATTTGGAGATTATCCTCAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114627 GAGAGTCCAACGAATAACTCAAGAAACATTTGGAGATTATCCTCAACCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AACTAGAATTTGCACAATATAAG         CTTGAAACGAAATTCAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114677 AACTAGAATTTGCACAATATAAGGTA...CAGCTTGAAACGAAATTCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGTGGTTTAAATGGGAGCATCTTGGCTGAGAGGAAAGAACCCCTCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 116250 AGTGGTTTAAATGGGAGCATCTTGGCTGAGAGGGAAGAACCCCTCCGATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTAATAAAGTTCTCTAGCCCACATCTTCTGGAAGCATTGAAATCCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116300 CCTAATAAAGTTCTCTAGCCCACATCTTCTGGAAGCATTGAAATCCTTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CACCAGCGG         CACTTGTTTGCAGGATCCAAAAGCTGCTCTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116350 CACCAGCGGGTG...TAGCACTTGTTTGCAGGATCCAAAAGCTGCTCTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TATTCTGGAAGCCACAGTCAAGGGACCCAGGACCCGAGCAGCTGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120663 TATTCTGGAAGCCACAGTCAAGGGACCCAGGACCCGAGCAGCTGGCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGACTTGTACCTTCTGTTTGTCCCATTGTATCCAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120713 GGACTTGTACCTTCTGTTTGTCCCATTGTATCCAAGATGT