seq1 = pF1KE8000.tfa, 1302 bp
seq2 = pF1KE8000/gi568815595f_119707252.tfa (gi568815595f:119707252_119917209), 209958 bp

>pF1KE8000 1302
>gi568815595f:119707252_119917209 (Chr3)

1-197  (100000-100196)   99% ->
198-331  (102810-102943)   100% ->
332-519  (104288-104475)   100% ->
520-794  (105435-105709)   100% ->
795-937  (107728-107870)   100% ->
938-1054  (108072-108188)   100% ->
1055-1160  (108475-108580)   100% ->
1161-1302  (109817-109958)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTGAGACCCAAAGAAAGCTGGAACCATGCTGACTTTGTACACTG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 CTGGAGGTGAGACCCAAAGAAAGCTGGAACCATGCTGACTTTGTACACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGACACAGAGTCTGTTCCTGGAAAGCCCAGTGTCAACGCAGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100050 TGAGGACACAGAGTCTGTTCCTGGAAAGCCCAGTGTCAACGCAGATGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGTCGGAGGTCCCCAAATCTGCCGTGTATGTGGGGACAAGGCCACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100100 AAGTCGGAGGTCCCCAAATCTGCCGTGTATGTGGGGACAAGGCCACTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATCACTTCAATGTCATGACATGTGAAGGATGCAAGGGCTTTTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100150 TATCACTTCAATGTCATGACATGTGAAGGATGCAAGGGCTTTTTCAGGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198       GAGGGCCATGAAACGCAACGCCCGGCTGAGGTGCCCCTTCCGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100200 ...CAGGAGGGCCATGAAACGCAACGCCCGGCTGAGGTGCCCCTTCCGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGCGCCTGCGAGATCACCCGGAAGACCCGGCGACAGTGCCAGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102854 AGGGCGCCTGCGAGATCACCCGGAAGACCCGGCGACAGTGCCAGGCCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCCTGCGCAAGTGCCTGGAGAGCGGCATGAAGAAGGAGA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102904 CGCCTGCGCAAGTGCCTGGAGAGCGGCATGAAGAAGGAGAGTG...CAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATCATGTCCGACGAGGCCGTGGAGGAGAGGCGGGCCTTGATCAAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104289 GATCATGTCCGACGAGGCCGTGGAGGAGAGGCGGGCCTTGATCAAGCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAAAAGTGAACGGACAGGGACTCAGCCACTGGGAGTGCAGGGGCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104339 AGAAAAGTGAACGGACAGGGACTCAGCCACTGGGAGTGCAGGGGCTGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGAGCAGCGGATGATGATCAGGGAGCTGATGGACGCTCAGATGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104389 GAGGAGCAGCGGATGATGATCAGGGAGCTGATGGACGCTCAGATGAAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTTGACACTACCTTCTCCCATTTCAAGAATTTCCGG         CTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104439 CTTTGACACTACCTTCTCCCATTTCAAGAATTTCCGGGTA...TAGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGGGGTGCTTAGCAGTGGCTGCGAGTTGCCAGAGTCTCTGCAGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105439 CAGGGGTGCTTAGCAGTGGCTGCGAGTTGCCAGAGTCTCTGCAGGCCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCGAGGGAAGAAGCTGCCAAGTGGAGCCAGGTCCGGAAAGATCTGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105489 TCGAGGGAAGAAGCTGCCAAGTGGAGCCAGGTCCGGAAAGATCTGTGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTTGAAGGTCTCTCTGCAGCTGCGGGGGGAGGATGGCAGTGTCTGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105539 TTTGAAGGTCTCTCTGCAGCTGCGGGGGGAGGATGGCAGTGTCTGGAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACAAACCCCCAGCCGACAGTGGCGGGAAAGAGATCTTCTCCCTGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105589 ACAAACCCCCAGCCGACAGTGGCGGGAAAGAGATCTTCTCCCTGCTGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CACATGGCTGACATGTCAACCTACATGTTCAAAGGCATCATCAGCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105639 CACATGGCTGACATGTCAACCTACATGTTCAAAGGCATCATCAGCTTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAAAGTCATCTCCTACTTCAG         GGACTTGCCCATCGAGGACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105689 CAAAGTCATCTCCTACTTCAGGTA...CAGGGACTTGCCCATCGAGGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGATCTCCCTGCTGAAGGGGGCCGCTTTCGAGCTGTGTCAACTGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107748 AGATCTCCCTGCTGAAGGGGGCCGCTTTCGAGCTGTGTCAACTGAGATTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AACACAGTGTTCAACGCGGAGACTGGAACCTGGGAGTGTGGCCGGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107798 AACACAGTGTTCAACGCGGAGACTGGAACCTGGGAGTGTGGCCGGCTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTACTGCTTGGAAGACACTGCAG         GTGGCTTCCAGCAACTTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107848 CTACTGCTTGGAAGACACTGCAGGTG...CAGGTGGCTTCCAGCAACTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TACTGGAGCCCATGCTGAAATTCCACTACATGCTGAAGAAGCTGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108090 TACTGGAGCCCATGCTGAAATTCCACTACATGCTGAAGAAGCTGCAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CATGAGGAGGAGTATGTGCTGATGCAGGCCATCTCCCTCTTCTCCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108140 CATGAGGAGGAGTATGTGCTGATGCAGGCCATCTCCCTCTTCTCCCCAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1055         ACCGCCCAGGTGTGCTGCAGCACCGCGTGGTGGACCAGCTGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108190 TG...CAGACCGCCCAGGTGTGCTGCAGCACCGCGTGGTGGACCAGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGGAGCAATTCGCCATTACTCTGAAGTCCTACATTGAATGCAATCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108517 AGGAGCAATTCGCCATTACTCTGAAGTCCTACATTGAATGCAATCGGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAGCCTGCTCATAG         GTTCTTGTTCCTGAAGATCATGGCTAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108567 CAGCCTGCTCATAGGTG...CAGGTTCTTGTTCCTGAAGATCATGGCTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCTCACCGAGCTCCGCAGCATCAATGCTCAGCACACCCAGCGGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109844 GCTCACCGAGCTCCGCAGCATCAATGCTCAGCACACCCAGCGGCTGCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GCATCCAGGACATACACCCCTTTGCTACGCCCCTCATGCAGGAGTTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109894 GCATCCAGGACATACACCCCTTTGCTACGCCCCTCATGCAGGAGTTGTTC

   1350     .    :    .
   1288 GGCATCACAGGTAGC
        |||||||||||||||
 109944 GGCATCACAGGTAGC