seq1 = pF1KE6795.tfa, 1782 bp
seq2 = pF1KE6795/gi568815595f_38206027.tfa (gi568815595f:38206027_38418246), 212220 bp

>pF1KE6795 1782
>gi568815595f:38206027_38418246 (Chr3)

1-516  (100001-100516)   99% ->
517-620  (101228-101331)   100% ->
621-775  (101540-101694)   100% ->
776-944  (102928-103096)   98% ->
945-1065  (106973-107093)   100% ->
1066-1163  (107362-107459)   100% ->
1164-1378  (107701-107915)   100% ->
1379-1532  (109532-109685)   100% ->
1533-1733  (110298-110498)   100% ->
1734-1782  (112172-112220)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGAGAGGAGAACTTCAAGGAAGAGCTCAGATCCCAGGATGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGAGAGGAGAACTTCAAGGAAGAGCTCAGATCCCAGGATGCTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGAACTTGAACCAGCATGAGGTAGCAGGACATCCACATTCCTGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGAACTTGAACCAGCATGAGGTAGCAGGACATCCACATTCCTGGTCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGATGCTGTTACGCAGATTGAGGGCTGTCCACACCAAGCAGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAGATGCTGTTACGCAGATTGAGGGCTGTCCACACCAAGCAGGATGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGTTTGCCAACCTCCTGGATGCGGTGGGGGAGTTTGGCACATTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGTTTGCCAACCTCCTGGATGCGGTGGGGGAGTTTGGCACATTCCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGGCTAGTAGCCCTCACCTTTATCCCCAGCATCATGTCGGCCTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGGCTAGTAGCCCTCACCTTTATCCCCAGCATCATGTCGGCCTTCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTTTGCTGACCACTTCGTGTTCACAGCCCAGAAGCCCTATTGCAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTTTGCTGACCACTTCGTGTTCACAGCCCAGAAGCCCTATTGCAATACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCTGGATCCTGGCAGTGGGCCCCCACCTGTCCAAAGCTGAGCAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCTGGATCCTGGCAGTGGGCCCCCACCTGTCCAAAGCTGAGCAGCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCTGACCATACCCCAAGCACCCAATGGCAGTTTCCTGACATGCTTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCTGACCATACCCCAAGCACCCAATGGCAGTTTCCTGACATGCTTCATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTTCCTGTGCCTTGGAATCTGGATTCTATCATCCAGTTTGGCCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTTCCTGTGCCTTGGAATCTGGATTCTATCATCCAGTTTGGCCTCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACACAGACACATGCCAAGATGGGTGGATCTATCCTGACGCTAAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACACAGACACATGCCAAGATGGGTGGATCTATCCTGACGCTAAGAAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATCACTGATCAATGAG         TTTGACTTGGTATGTGGCATGGAGA
        ||| ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100501 ATCGCTGATCAATGAGGTA...CAGTTTGACTTGGTATGTGGCATGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGAAGAAGGACACTGCACAGATCATGTTCATGGCAGGGCTCCCGATAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101253 CGAAGAAGGACACTGCACAGATCATGTTCATGGCAGGGCTCCCGATAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCTCTCATCTTCAGGCTCATAACTGACAA         GATGGGCCGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101303 TCTCTCATCTTCAGGCTCATAACTGACAAGTG...TAGGATGGGCCGCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCTGCCATCCTGCTGTCACTGCTGGGGCTGATCATCTTCGGCTTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101552 CCCTGCCATCCTGCTGTCACTGCTGGGGCTGATCATCTTCGGCTTTGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CAGCCTTCATGAACAGCTTTCACCTGTATTTGTTCTTTCGCTTTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101602 CAGCCTTCATGAACAGCTTTCACCTGTATTTGTTCTTTCGCTTTGGCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCGCAGTCAGTGGTGGGCTACGCCATCAGCAGCATTTCTTTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101652 TCGCAGTCAGTGGTGGGCTACGCCATCAGCAGCATTTCTTTGGGTG...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776   CCACTGAGTGGTTAGTGGGTGAGCACCGGGCCCACGCCATTATCCTGG
        >>|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 102926 AGCCACTGAGTGGTTAGTGGGTGAGCACCGGGCCCATGCCATTATCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GACACTGCTTTTTCGCTGTTGGGGCCATGTTGCTGACAGGGATCGCCTAC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 102976 GACACTGCTTTTTCGCTGTTGGGGCCGTGTTGCTGACAGGGATCGCCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGTCTTCCCCACTGGCAGCTGCTGTTTCTGGTGGGTGGGATACTTGTGAT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103026 AGTCTTCCCCACTGGCAGCTGCTGTTTCTGGTGGGTGGGATACTTGTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCCCTTCATCTCCTATATCTG         GATTCTCCCGGAGTCCCCGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103076 CCCCTTCATCTCCTATATCTGGTG...CAGGATTCTCCCGGAGTCCCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GGTGGCTGATGATGAAAGGGAAGGTGAAGGAGGCCAAGCAGGTGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106993 GGTGGCTGATGATGAAAGGGAAGGTGAAGGAGGCCAAGCAGGTGCTGTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TACGCCGCAAGTGTGAACAAGAAGACCATTCCTTCAAATCTGCTGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107043 TACGCCGCAAGTGTGAACAAGAAGACCATTCCTTCAAATCTGCTGGACGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 G         CTGCAGCTGCCCAGAAAGAAGGTGACTCGGGCCTCTGTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107093 GGTA...TAGCTGCAGCTGCCCAGAAAGAAGGTGACTCGGGCCTCTGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGGACTTCTGTAAGAATAGGCAGCTCTGCAAGGTGACCTTGGTGATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107402 TGGACTTCTGTAAGAATAGGCAGCTCTGCAAGGTGACCTTGGTGATGAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TGTGTGTG         GTTTACCGTCAGTTACACCTATTTTACGTTGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107452 TGTGTGTGGTG...CAGGTTTACCGTCAGTTACACCTATTTTACGTTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCTGAGAATGAGAGAGCTGGGCGTGAGCGTCCACTTCAGACACGTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107734 CCTGAGAATGAGAGAGCTGGGCGTGAGCGTCCACTTCAGACACGTGGTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCAGCATCATGGAGGTGCCTGCCCGGCTGTGCTGCATCTTTCTCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107784 CCAGCATCATGGAGGTGCCTGCCCGGCTGTGCTGCATCTTTCTCCTCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CAGATTGGGAGGAAGTGGAGCCTGGCTGTGACTCTCCTCCAAGCCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107834 CAGATTGGGAGGAAGTGGAGCCTGGCTGTGACTCTCCTCCAAGCCATCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTGGTGCTTGCTTCTCCTTTTCCTCCCTGAAG         GGGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107884 CTGGTGCTTGCTTCTCCTTTTCCTCCCTGAAGGTA...CAGGGGAGGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GCCTCAGACTCAAGTGGCCACGTTGTCCGGCCACAGAGCTGAAATCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109541 GCCTCAGACTCAAGTGGCCACGTTGTCCGGCCACAGAGCTGAAATCCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 ACGATCTTGGTGCTCATGCTCAGAGAGTTCAGCCTGGCCGCCACTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109591 ACGATCTTGGTGCTCATGCTCAGAGAGTTCAGCCTGGCCGCCACTGTCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TGTGTTCTTCCTCTACACCGCTGAGCTCCTCCCCACTGTGCTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109641 TGTGTTCTTCCTCTACACCGCTGAGCTCCTCCCCACTGTGCTCAGGTA..

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533     GGCGACAGGTCTGGGGCTGGTGTCTCTGGCCTCGGTGGCTGGAGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109691 .CAGGGCGACAGGTCTGGGGCTGGTGTCTCTGGCCTCGGTGGCTGGAGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATCTTGTCCCTGACAATCATCAGCCAGACCCCCTCCCTCCTGCCCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110344 ATCTTGTCCCTGACAATCATCAGCCAGACCCCCTCCCTCCTGCCCATCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TCTCTGCTGCGTCTTAGCCATCGTGGCCTTTTCCCTCTCCTCCCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110394 TCTCTGCTGCGTCTTAGCCATCGTGGCCTTTTCCCTCTCCTCCCTGCTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CGGAAACGCGAGATCAGCCCCTCTCCGAGAGCCTGAACCACTCCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110444 CGGAAACGCGAGATCAGCCCCTCTCCGAGAGCCTGAACCACTCCTCACAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 ATAAG         GAATAAGGTCAAGGACATGAAGACTAAGGAAACATC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110494 ATAAGGTA...CAGGAATAAGGTCAAGGACATGAAGACTAAGGAAACATC

   1850     .    :
   1770 ATCTGATGATGTC
        |||||||||||||
 112208 ATCTGATGATGTC