seq1 = pF1KE6789.tfa, 1740 bp
seq2 = pF1KE6789/gi568815595r_42979692.tfa (gi568815595r:42979692_43181431), 201740 bp

>pF1KE6789 1740
>gi568815595r:42979692_43181431 (Chr3)

(complement)

1-1740  (100001-101740)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACCTCTCGGCGGTGTTCAACGCCCTCCTGGTGTCGGTGCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACCTCTCGGCGGTGTTCAACGCCCTCCTGGTGTCGGTGCTGGCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCCTGTGGAAGCATGTGCGGCTGCGTGAGCATGCAGCCACACTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCCTGTGGAAGCATGTGCGGCTGCGTGAGCATGCAGCCACACTGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGCTGGCCCTCAGCCGACAGGCCACAGAGCCAGCCCCAGCACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGCTGGCCCTCAGCCGACAGGCCACAGAGCCAGCCCCAGCACTGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCGACTACCCGAAGGCACTGCAGATCCTGATGGAGGGCGGCACACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCGACTACCCGAAGGCACTGCAGATCCTGATGGAGGGCGGCACACACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGTGCACGGGCCGCACGCACACAGACCGCATCTGCCGCTTCAAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGTGCACGGGCCGCACGCACACAGACCGCATCTGCCGCTTCAAGTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTGCTACTCCAACGAGGCTGAGGAGTTCATCTTCTTCCATGGCAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTGCTACTCCAACGAGGCTGAGGAGTTCATCTTCTTCCATGGCAACACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTGTCATGCTGCCCAACCTGGGCTCCCGGCGCTTCCAGCCAGCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCTGTCATGCTGCCCAACCTGGGCTCCCGGCGCTTCCAGCCAGCCCTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGACCTATCCACCGTGGAGGACCACAACACTCAGTACTTCAACTTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGACCTATCCACCGTGGAGGACCACAACACTCAGTACTTCAACTTCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCTGCCTGCTGCTGCCCTGCGCTTCATGCCCAAGCCGGTGTTCGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCTGCCTGCTGCTGCCCTGCGCTTCATGCCCAAGCCGGTGTTCGTGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACGTGGCCCTCATCGCCAACCGCTTCAACCCCGACAACCTCATGCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACGTGGCCCTCATCGCCAACCGCTTCAACCCCGACAACCTCATGCACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTTCATGACGACCTGCTGCCACTCTTCTACACCCTGCGGCAGTTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTTCATGACGACCTGCTGCCACTCTTCTACACCCTGCGGCAGTTTCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCTGGCCCACGAGGCACGGCTCTTCTTCATGGAGGGCTGGGGCGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCTGGCCCACGAGGCACGGCTCTTCTTCATGGAGGGCTGGGGCGAGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCACACTTCGACCTCTACAAGCTGCTCAGCCCCAAGCAGCCTCTCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCACACTTCGACCTCTACAAGCTGCTCAGCCCCAAGCAGCCTCTCCTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCACAGCTGAAGACCCTGGGCCGGCTGCTGTGCTTCTCCCATGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGCACAGCTGAAGACCCTGGGCCGGCTGCTGTGCTTCTCCCATGCTTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGGCCTCTCCAAGATCACTACCTGGTACCAGTATGGCTTTGTGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGGCCTCTCCAAGATCACTACCTGGTACCAGTATGGCTTTGTGCAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAGGGCCCGAAGGCCAACATCCTCGTCTCAGGCAATGAGATCCGGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CAGGGCCCGAAGGCCAACATCCTCGTCTCAGGCAATGAGATCCGGCAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCACGGTTCATGACAGAAAAGCTGAACGTGAGCCACACAGGAGTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCACGGTTCATGACAGAAAAGCTGAACGTGAGCCACACAGGAGTCCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TAGGCGAGGAGTACATTCTGGTCTTTAGCCGAACCCAGAACAGACTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TAGGCGAGGAGTACATTCTGGTCTTTAGCCGAACCCAGAACAGACTCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGAATGAGGCAGAGCTGCTGCTGGCACTGGCCCAGGAGTTCCAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAATGAGGCAGAGCTGCTGCTGGCACTGGCCCAGGAGTTCCAGATGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GACAGTGACAGTGTCCCTGGAGGACCACACCTTTGCTGATGTCGTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GACAGTGACAGTGTCCCTGGAGGACCACACCTTTGCTGATGTCGTGCGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGGTCAGCAATGCCTCCATGCTGGTCAGCATGCATGGGGCCCAGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGGTCAGCAATGCCTCCATGCTGGTCAGCATGCATGGGGCCCAGCTGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACCACCCTCTTCCTGCCCCGTGGGGCAACTGTGGTAGAGCTCTTCCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ACCACCCTCTTCCTGCCCCGTGGGGCAACTGTGGTAGAGCTCTTCCCATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TGCTGTCAATCCCGACCACTACACTCCCTATAAGACGCTGGCCATGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TGCTGTCAATCCCGACCACTACACTCCCTATAAGACGCTGGCCATGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CTGGCATGGACCTCCAGTATGTAGCCTGGCGGAACATGATGCCAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CTGGCATGGACCTCCAGTATGTAGCCTGGCGGAACATGATGCCAGAGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ACAGTCACACACCCTGAGCGGCCCTGGGATCAGGGGGGCATCACCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ACAGTCACACACCCTGAGCGGCCCTGGGATCAGGGGGGCATCACCCATCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGACCGGGCTGAGCAAGCCCGTATCCTGCAAAGCCGTGAGGTCCCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGACCGGGCTGAGCAAGCCCGTATCCTGCAAAGCCGTGAGGTCCCACGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ATCTCTGTTGCCGGAACCCCGAGTGGCTCTTCCGAATCTACCAGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ATCTCTGTTGCCGGAACCCCGAGTGGCTCTTCCGAATCTACCAGGACACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AAGGTGGACATCCCATCCCTCATTCAAACCATACGGCGCGTGGTGAAGGG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AAGGTGGACATCCCGTCCCTCATTCAAACCATACGGCGCGTGGTGAAGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CCGGCCAGGACCACGGAAGCAGAAGTGGACAGTCGGCCTATATCCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CCGGCCAGGACCACGGAAGCAGAAGTGGACAGTCGGCCTATATCCAGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 AGGTGCGGGAGGCACGGTGCCAGGCGTCAGTGCATGGCGCCTCCGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 AGGTGCGGGAGGCACGGTGCCAGGCGTCAGTGCATGGCGCCTCCGAGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 CGCCTCACTGTCTCCTGGCAGATCCCATGGAACCTTAAATACCTGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 CGCCTCACTGTCTCCTGGCAGATCCCATGGAACCTTAAATACCTGAAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GAGGGAGGTGAAGTACGAGGTGTGGCTGCAGGAGCAGGGGGAGAACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 GAGGGAGGTGAAGTACGAGGTGTGGCTGCAGGAGCAGGGGGAGAACACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ACGTGCCTTACATCCTGGCTCTGCAGAACCACACCTTCACTGAGAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 ACGTGCCTTACATCCTGGCTCTGCAGAACCACACCTTCACTGAGAACATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 AAGCCCTTCACCACCTACCTGGTGTGGGTCCGCTGCATCTTCAACAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 AAGCCCTTCACCACCTACCTGGTGTGGGTCCGCTGCATCTTCAACAAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CCTCCTGGGACCCTTTGCAGATGTGCTGGTGTGCAACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 CCTCCTGGGACCCTTTGCAGATGTGCTGGTGTGCAACACG