seq1 = pF1KE6783.tfa, 1830 bp
seq2 = pF1KE6783/gi568815592f_158563269.tfa (gi568815592f:158563269_158864601), 301333 bp

>pF1KE6783 1830
>gi568815592f:158563269_158864601 (Chr6)

1-110  (100001-100110)   100% ->
111-329  (102127-102345)   100% ->
330-394  (119657-119721)   100% ->
395-446  (143962-144013)   100% ->
447-516  (145054-145123)   100% ->
517-595  (150532-150610)   100% ->
596-720  (154819-154943)   100% ->
721-855  (162235-162369)   100% ->
856-1034  (182212-182390)   100% ->
1035-1137  (188660-188762)   100% ->
1138-1308  (193943-194113)   100% ->
1309-1414  (197372-197477)   100% ->
1415-1517  (198808-198910)   100% ->
1518-1723  (200036-200241)   99% ->
1724-1830  (201227-201333)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAAGAAATAGATCTGAGTGCTCTCAAGGAGTTAGAACGCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAAGAAATAGATCTGAGTGCTCTCAAGGAGTTAGAACGCGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTCTCCAGGTCCTGTACCGAGACCAGGCGGTTCAAAACACAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTCTCCAGGTCCTGTACCGAGACCAGGCGGTTCAAAACACAGAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGGACACG         GAAACTGAAAACACACCTGCAGCATCTCCGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGGACACGGTA...CAGGAAACTGAAAACACACCTGCAGCATCTCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGAAAGGAGCGAAGAACACGGACTGGGAGCACAAAGAGAAGTGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102158 TGGAAAGGAGCGAAGAACACGGACTGGGAGCACAAAGAGAAGTGCTGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGCTGCCAGCAGGTGCTGGGGTTCCTGCTGCACCGGGGCGCCGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102208 GCGCTGCCAGCAGGTGCTGGGGTTCCTGCTGCACCGGGGCGCCGTGTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGGCTGCAGCCACCGCGTGTGTGCCCAGTGCCGAGTGTTCCTGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102258 GGGGCTGCAGCCACCGCGTGTGTGCCCAGTGCCGAGTGTTCCTGAGGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCCATGCCTGGAAGTGCACGGTGTGCTTCGAGGACAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102308 ACCCATGCCTGGAAGTGCACGGTGTGCTTCGAGGACAGGTA...CAGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTCAAAATAAAAACTGGAGAATGGTTCTATGAGGAACGAGCCAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119660 TGTCAAAATAAAAACTGGAGAATGGTTCTATGAGGAACGAGCCAAGAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCCAACTGGAG         GCAAACATGAGACAGTTGGAGGGCAGCTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119710 TTCCAACTGGAGGTA...CAGGCAAACATGAGACAGTTGGAGGGCAGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGCAATCTTATCAGAAGCTGAG         CAAAATTTCTGTGGTTCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 143991 TTGCAATCTTATCAGAAGCTGAGGTG...CAGCAAAATTTCTGTGGTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCTACTCCACCTCCTGTCAGCGAGAGCCAGTGCAGCCGCAGTCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145072 TCCTACTCCACCTCCTGTCAGCGAGAGCCAGTGCAGCCGCAGTCCTGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GG         TTACAGGAATTTGGTCAGTTTAGAGGATTTAATAAGTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145122 GGGTA...TAGTTACAGGAATTTGGTCAGTTTAGAGGATTTAATAAGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGGAAAATTTGTTTCTGTCTCTTGCTACCCACGTGAAAA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 150571 GTGGAAAATTTGTTTCTGTCTCTTGCTACCCACGTGAAAAGTA...TAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCTCTCCAAATCCCAGAATGATATGACTTCTGAGAAGCATCTTCTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154820 GCTCTCCAAATCCCAGAATGATATGACTTCTGAGAAGCATCTTCTCGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CGGGCCCCAGGCAGTGTGTGGGACAGACAGAGAGACGGAGCCAGTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154870 CGGGCCCCAGGCAGTGTGTGGGACAGACAGAGAGACGGAGCCAGTCTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACTGCGGTCAACGTCACCACCAGG         AAGGTCAGTGCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 154920 ACTGCGGTCAACGTCACCACCAGGGTA...CAGAAGGTCAGTGCACCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TATTCTGAAACCTCTCAATCAAGAGGATCCCAAATGCTCTACTAACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162252 TATTCTGAAACCTCTCAATCAAGAGGATCCCAAATGCTCTACTAACCCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTTTGAAGCAACAGAATCTCCCATCCAGTCCGGCACCCAGTACCATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162302 TTTTGAAGCAACAGAATCTCCCATCCAGTCCGGCACCCAGTACCATATTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCTGGAGGTTTTAGACAC         GGAAGTTTAATTAGCATTGACAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 162352 TCTGGAGGTTTTAGACACGTG...CAGGGAAGTTTAATTAGCATTGACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CACCTGTACAGAGATGGGCAATTTTGACAATGCTAATGTCACTGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182235 CACCTGTACAGAGATGGGCAATTTTGACAATGCTAATGTCACTGGAGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TAGAATTTGCCATTCATTATTGCTTCAAAACCCATTCTTTAGAAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182285 TAGAATTTGCCATTCATTATTGCTTCAAAACCCATTCTTTAGAAATATGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCAAGGCCTGTAAGAACCTTGCCTATGGAGAAGAAAAGAAGAAAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182335 ATCAAGGCCTGTAAGAACCTTGCCTATGGAGAAGAAAAGAAGAAAAAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAATCC         GTATGTGAAGACCTACCTGTTGCCCGACAGATCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182385 CAATCCGTA...TAGGTATGTGAAGACCTACCTGTTGCCCGACAGATCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCCAGGGAAAGCGCAAGACTGGAGTCCAAAGGAACACCGTGGACCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188695 CCCAGGGAAAGCGCAAGACTGGAGTCCAAAGGAACACCGTGGACCCGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTTCAGGAGACCTTGAAG         TATCAGGTGGCCCCTGCCCAGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 188745 TTTCAGGAGACCTTGAAGGTA...CAGTATCAGGTGGCCCCTGCCCAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGTGACCCGGCAGCTGCAGGTCTCGGTGTGGCATCTGGGCACGCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193966 GGTGACCCGGCAGCTGCAGGTCTCGGTGTGGCATCTGGGCACGCTGGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGAGAGTGTTTCTTGGAGAAGTGATCATTCCTCTGGCCACGTGGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194016 GGAGAGTGTTTCTTGGAGAAGTGATCATTCCTCTGGCCACGTGGGACTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAAGACAGCACAACACAGTCCTTCCGCTGGCATCCGCTCCGGGCCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 194066 GAAGACAGCACAACACAGTCCTTCCGCTGGCATCCGCTCCGGGCCAAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1309        GCGGAGAAATACGAAGACAGCGTTCCTCAGAGTAATGGAGAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194116 G...CAGGCGGAGAAATACGAAGACAGCGTTCCTCAGAGTAATGGAGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCACAGTCCGGGCTAAGCTGGTTCTCCCTTCACGGCCCAGAAAACTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197415 TCACAGTCCGGGCTAAGCTGGTTCTCCCTTCACGGCCCAGAAAACTCCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAGGCTCAAGAAG         GGACAGATCAGCCATCACTTCATGGTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 197465 GAGGCTCAAGAAGGTC...CAGGGACAGATCAGCCATCACTTCATGGTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ACTTTGTTTGGTAGTGCTAGGAGCCAAGAATTTACCTGTGCGGCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198836 ACTTTGTTTGGTAGTGCTAGGAGCCAAGAATTTACCTGTGCGGCCAGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCACCTTGAACTCATTTGTTAAGGG         CTGTCTCACTCTGCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 198886 GCACCTTGAACTCATTTGTTAAGGGGTA...CAGCTGTCTCACTCTGCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GACCAACAAAAACTGAGACTGAAGTCGCCAGTCCTGAGGAAGCAGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200052 GACCAACAAAAACTGAGACTGAAGTCGCCAGTCCTGAGGAAGCAGGCTTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCCCCAGTGGAAACACTCATTTGTCTTCAGTGGCGTAACCCCAGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200102 CCCCCAGTGGAAACACTCATTTGTCTTCAGTGGCGTAACCCCAGCTCAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGAGGCAGTCGAGCTTGGAGTTAACTGTCTGGGATCAGGCCCTCTTTGGA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200152 TGAGGCAGTCAAGCTTGGAGTTAACTGTCTGGGATCAGGCCCTCTTTGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ATGAACGACCGCTTGCTTGGAGGAACCAGACTTGGTTCAA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 200202 ATGAACGACCGCTTGCTTGGAGGAACCAGACTTGGTTCAAGTA...CAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGGAGACACAGCTGTTGGCGGGGATGCATGCTCACAATCGAAGCTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 201228 GGGAGACACAGCTGTTGGCGGGGATGCATGCTCACTATCGAAGCTCCAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GGCAGAAAGTCCTTTCCAGCCCCAATCTATGGACAGACATGACTCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201278 GGCAGAAAGTCCTTTCCAGCCCCAATCTATGGACAGACATGACTCTTGTC

   1950     .
   1825 CTGCAC
        ||||||
 201328 CTGCAC