seq1 = pF1KE6778.tfa, 1620 bp
seq2 = pF1KE6778/gi568815578r_17394077.tfa (gi568815578r:17394077_17624908), 230832 bp

>pF1KE6778 1620
>gi568815578r:17394077_17624908 (Chr20)

(complement)

1-63  (99999-100061)   98% ->
64-159  (110093-110188)   100% ->
160-252  (112841-112933)   100% ->
253-360  (115913-116020)   100% ->
361-581  (125869-126089)   100% ->
582-667  (127886-127971)   100% ->
668-1620  (129880-130832)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATGAAAATGAGTGCGAATGTCAACTCCTGCTAAAAGAAATGCTTGA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGGTATGAAAATGAGTGCGAATGTCAACTCCTGCTAAAAGAAATGCTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACGGCTTAACAAG         GAAGCTGATGAAGCCTTGCTGCATAACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100049 ACGGCTTAACAAGGTG...CAGGAAGCTGATGAAGCCTTGCTGCATAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TACGCCTTCAGCTGGAAGCCCAATTTCTGCAAGATGATATCAGTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110121 TACGCCTTCAGCTGGAAGCCCAATTTCTGCAAGATGATATCAGTGCGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGACAGGCACAAGAAG         AATCTTCTGGAAGTTCAGACCTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110171 AAGGACAGGCACAAGAAGGTA...CAGAATCTTCTGGAAGTTCAGACCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATCAGCATCCTGCAGCAGATCATCCACACCACTCCTCCAGCATCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112864 TATCAGCATCCTGCAGCAGATCATCCACACCACTCCTCCAGCATCCATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGACGAGTGGGATGAGGGAG         GAGAAGCTCCTGACGGAGCGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112914 TGACGAGTGGGATGAGGGAGGTA...CAGGAGAAGCTCCTGACGGAGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGGTGGCCGCCCTGCGGAGTCAGCTGGAGGAGGGCCGGGAGGTGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115934 GAGGTGGCCGCCCTGCGGAGTCAGCTGGAGGAGGGCCGGGAGGTGCTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCACCTGCAGGCGCAGAGAGTGGAGCTGCAGGCACAG         ACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115984 CCACCTGCAGGCGCAGAGAGTGGAGCTGCAGGCACAGGTA...CAGACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAACTCTGGAACAAGCTATTAAAAGTGCCCATGAGTGTTATGACGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125873 CAACTCTGGAACAAGCTATTAAAAGTGCCCATGAGTGTTATGACGATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATTCAGCTTTATAACGAGCAGATTGAGACACTGCGCAAGGAGATTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125923 ATTCAGCTTTATAACGAGCAGATTGAGACACTGCGCAAGGAGATTGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACAGAGCGGGTCCTGGAGAAGTCTTCTTACGACTGCCGGCAGCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125973 GACAGAGCGGGTCCTGGAGAAGTCTTCTTACGACTGCCGGCAGCTGGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCGCCCAGCAAACCCTGAAGAATGAGCTGGACCGGTATCATCGTATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126023 TCGCCCAGCAAACCCTGAAGAATGAGCTGGACCGGTATCATCGTATCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGATTGAAGGCAACAG         GCTGACCTCTGCCTTCATTGAAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 126073 GAGATTGAAGGCAACAGGTG...CAGGCTGACCTCTGCCTTCATTGAAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCCCATTCCCCTGTTCACCCAGAGCCATGGAGTCTCTCTCAGCACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127910 TCCCATTCCCCTGTTCACCCAGAGCCATGGAGTCTCTCTCAGCACTGGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCGGTGGGAAAG         ATCTTACCAGAGCTCTGCAGGATATAACA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 127960 CCGGTGGGAAAGGTA...CAGATCTTACCAGAGCTCTGCAGGATATAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCAGCAAAACCAAGACAAAAAGCCCTCCCCAAGAATGTTCCAAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129909 GCAGCAAAACCAAGACAAAAAGCCCTCCCCAAGAATGTTCCAAGGAGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGAGATTATAACAAAAGACAAAACCAACGGAGCTCTGGAAGATGCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129959 AGAGATTATAACAAAAGACAAAACCAACGGAGCTCTGGAAGATGCACCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TAAAAGGTTTGGAAGACACAAAGCTGGTACAGGTGGTACTTAAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130009 TAAAAGGTTTGGAAGACACAAAGCTGGTACAGGTGGTACTTAAAGAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGTGAATCTAAGTTTGAATCAGAAAGTAAAGAAGTAAGTCCCCTGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130059 AGTGAATCTAAGTTTGAATCAGAAAGTAAAGAAGTAAGTCCCCTGACACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAAGGGGCTCCAGAGGATGTGCCAGATGGAGGGCAGATAAGCAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130109 AGAAGGGGCTCCAGAGGATGTGCCAGATGGAGGGCAGATAAGCAAAGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTGGGAAACTATACAGGAAGGTCAAGGAGAAAGTGAGAAGCCCCAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130159 TTGGGAAACTATACAGGAAGGTCAAGGAGAAAGTGAGAAGCCCCAAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCTGAGACCCCCACTGAGCTCTACACCAAAGAGCGGCACGTGCTGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130209 CCTGAGACCCCCACTGAGCTCTACACCAAAGAGCGGCACGTGCTGGTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGGGGATGCCAATTACGTGGACCCTAGATTCTATGTCTCCTCCATCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130259 AGGGGATGCCAATTACGTGGACCCTAGATTCTATGTCTCCTCCATCACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTAAAGGTGGGGTGGCTGTTTCTGTTGCGGAAGACTCTGTGCTTTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130309 CTAAAGGTGGGGTGGCTGTTTCTGTTGCGGAAGACTCTGTGCTTTATGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGCCAGGTGGAGCCCTCTCCTGAGTCACCCAAGCCCCCTTTAGAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130359 GGCCAGGTGGAGCCCTCTCCTGAGTCACCCAAGCCCCCTTTAGAGAATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCAGGTGGGTCTGCAGGAGAAAGAAGATGGACAACCAATTGACCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130409 GCAGGTGGGTCTGCAGGAGAAAGAAGATGGACAACCAATTGACCAGCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTATAGACAAGGAGATTGAGCCAGATGGTGCAGAGCTGGAAGGCCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130459 CTATAGACAAGGAGATTGAGCCAGATGGTGCAGAGCTGGAAGGCCCTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GAGAAACGTGAGGGTGAGGAGCGGGACGAAGAGTCCAGGAGACCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130509 GAGAAACGTGAGGGTGAGGAGCGGGACGAAGAGTCCAGGAGACCCTGTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CATGGTCACACCCGGTGCAGAGGAACCGTCTATACCTGAGCCTCCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 130559 CATGGTCACACCCGGTGCAGAGGAACCATCTATACCTGAGCCTCCAAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CTGCGGCTGATCAGGATGGAGCTGAGGTGCTTGGGACTAGGAGCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130609 CTGCGGCTGATCAGGATGGAGCTGAGGTGCTTGGGACTAGGAGCAGAAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CTGCCAGAAAAAGGCCCTCCCAAGGCTTTGGCCTATAAGACAGTGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130659 CTGCCAGAAAAAGGCCCTCCCAAGGCTTTGGCCTATAAGACAGTGGAAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GGTGGAATCTATCGAGAAGATTTCCACGGAGAGCATTCAGACATATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130709 GGTGGAATCTATCGAGAAGATTTCCACGGAGAGCATTCAGACATATGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AAACCGCTGTGATCGTGGAGACCATGATTGGAAAGACAAAGTCAGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130759 AAACCGCTGTGATCGTGGAGACCATGATTGGAAAGACAAAGTCAGACAAG

   1650     .    :    .    :
   1597 AAGAAATCAGGAGAGAAGAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||
 130809 AAGAAATCAGGAGAGAAGAGCTCT