seq1 = pF1KE6775.tfa, 1905 bp
seq2 = pF1KE6775/gi568815596r_27100439.tfa (gi568815596r:27100439_27307650), 207212 bp

>pF1KE6775 1905
>gi568815596r:27100439_27307650 (Chr2)

(complement)

1-393  (100001-100393)   100% ->
394-459  (100709-100774)   100% ->
460-511  (101117-101168)   100% ->
512-579  (101558-101625)   100% ->
580-734  (102147-102301)   99% ->
735-875  (102720-102860)   100% ->
876-1005  (103061-103190)   100% ->
1006-1094  (103784-103872)   100% ->
1095-1207  (104306-104418)   100% ->
1208-1275  (104771-104838)   100% ->
1276-1362  (105577-105663)   100% ->
1363-1544  (105804-105985)   100% ->
1545-1648  (106198-106301)   100% ->
1649-1764  (106538-106653)   100% ->
1765-1905  (107072-107212)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGTAGGGGTGAGCACCTCAGCCCCTCTTTCCCCAACCTCGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGTAGGGGTGAGCACCTCAGCCCCTCTTTCCCCAACCTCGGGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGCGTGGGCATGTCTACCTTCTCCATCATGGACTATGTGGTGTTCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGCGTGGGCATGTCTACCTTCTCCATCATGGACTATGTGGTGTTCGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCTGGTTCTCTCTCTTGCCATTGGGCTCTACCATGCTTGTCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCTGGTTCTCTCTCTTGCCATTGGGCTCTACCATGCTTGTCGTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGGGCCGGCATACTGTTGGTGAGCTGCTGATGGCGGACCGCAAAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGGGCCGGCATACTGTTGGTGAGCTGCTGATGGCGGACCGCAAAATGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCCTTCCGGTGGCACTGTCCCTGCTGGCCACCTTCCAGTCAGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGCCTTCCGGTGGCACTGTCCCTGCTGGCCACCTTCCAGTCAGCCGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATCCTGGGTGTGCCGTCAGAGATCTACCGATTTGGGACCCAATATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCATCCTGGGTGTGCCGTCAGAGATCTACCGATTTGGGACCCAATATTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCCTGGGCTGCTGCTACTTTCTGGGGCTGCTGATACCTGCACACATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCCTGGGCTGCTGCTACTTTCTGGGGCTGCTGATACCTGCACACATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATCCCCGTTTTCTACCGCCTGCATCTCACCAGTGCCTATGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100351 CATCCCCGTTTTCTACCGCCTGCATCTCACCAGTGCCTATGAGGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394   TACCTGGAGCTTCGATTCAATAAAACTGTGCGAGTGTGTGGAACTGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100707 AGTACCTGGAGCTTCGATTCAATAAAACTGTGCGAGTGTGTGGAACTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCTTCATCTTTCAGATG         GTGATCTACATGGGAGTTGTGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100757 ACCTTCATCTTTCAGATGGTA...CAGGTGATCTACATGGGAGTTGTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTATGCTCCGTCATTGGCTCTCAATGCAG         TGACTGGCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101140 CTATGCTCCGTCATTGGCTCTCAATGCAGGTG...CAGTGACTGGCTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCTGTGGCTGTCCGTGCTGGCCCTGGGCATTGTCTGTACCGTCTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101570 ATCTGTGGCTGTCCGTGCTGGCCCTGGGCATTGTCTGTACCGTCTATACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTCTG         GGTGGGCTGAAGGCCGTCATCTGGACAGATGTGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101620 GCTCTGGTA...CAGGGTGGGCTGAAGGCCGTCATCTGGACAGATGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCAGACACTGGTCATGTTCCTCGGGCAGCTGGCAGTTATCATCGTGGGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 102182 CCAGACACTGGTCATGTTCCTCGGGCAGCTGGCAGTTATCATTGTGGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGCCAAGGTGGGCGGCTTGGGGCGTGTGTGGGCCGTGGCTTCCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102232 CAGCCAAGGTGGGCGGCTTGGGGCGTGTGTGGGCCGTGGCTTCCCAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCCGCATCTCTGGGTTTGA         GCTGGATCCAGACCCCTTTGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102282 GGCCGCATCTCTGGGTTTGAGTA...CAGGCTGGATCCAGACCCCTTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCGGCACACCTTCTGGACCTTGGCCTTCGGGGGTGTCTTCATGATGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102741 GCGGCACACCTTCTGGACCTTGGCCTTCGGGGGTGTCTTCATGATGCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCTTATACGGGGTGAACCAGGCTCAGGTGCAGCGGTACCTCAGTTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102791 CCTTATACGGGGTGAACCAGGCTCAGGTGCAGCGGTACCTCAGTTCCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACGGAGAAGGCTGCTGTGCT         CTCCTGTTATGCAGTGTTCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102841 ACGGAGAAGGCTGCTGTGCTGTG...CAGCTCCTGTTATGCAGTGTTCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTTCCAGCAGGTGTCCCTCTGCGTGGGCTGCCTCATTGGCCTGGTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103082 CTTCCAGCAGGTGTCCCTCTGCGTGGGCTGCCTCATTGGCCTGGTCATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCGCGTATTACCAGGAGTATCCCATGAGCATTCAGCAGGCTCAGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103132 TCGCGTATTACCAGGAGTATCCCATGAGCATTCAGCAGGCTCAGGCAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCAGACCAG         TTCGTCCTGTACTTTGTGATGGATCTCCTGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103182 CCAGACCAGGTG...CAGTTCGTCCTGTACTTTGTGATGGATCTCCTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGGCCTGCCAGGCCTGCCAGGGCTCTTCATTGCCTGCCTCTTCAGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103816 GGGCCTGCCAGGCCTGCCAGGGCTCTTCATTGCCTGCCTCTTCAGCGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTCTCAG         CACTATATCCTCTGCTTTTAATTCATTGGCAACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103866 CTCTCAGGTA...CAGCACTATATCCTCTGCTTTTAATTCATTGGCAACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTTACGATGGAAGACCTGATTCGACCTTGGTTCCCTGAGTTCTCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104340 GTTACGATGGAAGACCTGATTCGACCTTGGTTCCCTGAGTTCTCTGAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCGGGCCATCATGCTTTCCAGAGGCCTTG         CCTTTGGCTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104390 CCGGGCCATCATGCTTTCCAGAGGCCTTGGTG...CAGCCTTTGGCTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGCTGCTTTGTCTAGGAATGGCCTATATTTCCTCCCAGATGGGACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104783 GGCTGCTTTGTCTAGGAATGGCCTATATTTCCTCCCAGATGGGACCTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTGCAG         GCAGCAATCAGCATCTTTGGCATGGTTGGGGGACC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104833 CTGCAGGTA...TAGGCAGCAATCAGCATCTTTGGCATGGTTGGGGGACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCTGCTGGGACTCTTCTGCCTTGGAATGTTCTTTCCATGTGCTAACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105612 GCTGCTGGGACTCTTCTGCCTTGGAATGTTCTTTCCATGTGCTAACCCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CT         GGTGCTGTTGTGGGCCTGTTGGCTGGGCTCGTCATGGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105662 CTGTG...CAGGGTGCTGTTGTGGGCCTGTTGGCTGGGCTCGTCATGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTCTGGATTGGCATCGGGAGCATCGTGACCAGCATGGGCTCCAGCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105843 TTCTGGATTGGCATCGGGAGCATCGTGACCAGCATGGGCTCCAGCATGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ACCCTCTCCCTCTAATGGGTCCAGCTTCTCCCTGCCCACCAATCTAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105893 ACCCTCTCCCTCTAATGGGTCCAGCTTCTCCCTGCCCACCAATCTAACCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTGCCACTGTGACCACACTGATGCCCTTGACTACCTTCTCCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105943 TTGCCACTGTGACCACACTGATGCCCTTGACTACCTTCTCCAAGTA...C

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1545   GCCCACAGGGCTGCAGCGGTTCTATTCCTTGTCTTACTTATGGTACAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106196 AGGCCCACAGGGCTGCAGCGGTTCTATTCCTTGTCTTACTTATGGTACAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGCTCACAACTCCACCACAGTGATTGTGGTGGGCCTGATTGTCAGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106246 TGCTCACAACTCCACCACAGTGATTGTGGTGGGCCTGATTGTCAGTCTAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCACTG         GGAGAATGCGAGGCCGGTCCCTGAACCCTGCAACC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106296 TCACTGGTA...CAGGGAGAATGCGAGGCCGGTCCCTGAACCCTGCAACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ATTTACCCAGTGTTGCCAAAGCTCCTGTCCCTCCTTCCGTTGTCCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106573 ATTTACCCAGTGTTGCCAAAGCTCCTGTCCCTCCTTCCGTTGTCCTGTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GAAGCGGCTCCACTGCAGGAGCTACGGCCAG         GACCACCTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106623 GAAGCGGCTCCACTGCAGGAGCTACGGCCAGGTA...CAGGACCACCTCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ACACTGGCCTGTTTCCTGAGAAGCCGAGGAATGGTGTGCTGGGGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107082 ACACTGGCCTGTTTCCTGAGAAGCCGAGGAATGGTGTGCTGGGGGACAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AGAGACAAGGAGGCCATGGCCCTGGATGGCACAGCCTATCAGGGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107132 AGAGACAAGGAGGCCATGGCCCTGGATGGCACAGCCTATCAGGGGAGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :
   1875 CTCCACCTGCATCCTCCAGGAGACCTCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 107182 CTCCACCTGCATCCTCCAGGAGACCTCCCTG