seq1 = pF1KE6772.tfa, 1839 bp
seq2 = pF1KE6772/gi568815575r_130029560.tfa (gi568815575r:130029560_130265656), 236097 bp

>pF1KE6772 1839
>gi568815575r:130029560_130265656 (ChrX)

(complement)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-249  (109054-109196)   100% ->
250-349  (116089-116188)   100% ->
350-474  (117781-117905)   100% ->
475-605  (118034-118164)   100% ->
606-696  (120088-120178)   100% ->
697-781  (125040-125124)   100% ->
782-858  (125786-125862)   100% ->
859-967  (126956-127064)   100% ->
968-1075  (128472-128579)   100% ->
1076-1164  (128926-129014)   100% ->
1165-1305  (129472-129612)   100% ->
1306-1448  (132202-132344)   100% ->
1449-1573  (133858-133982)   100% ->
1574-1770  (135491-135687)   100% ->
1771-1839  (136029-136097)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCGGTGTGGAGGCCTGGCGGCGGGTGCTTTGAAGCAGAAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCGGTGTGGAGGCCTGGCGGCGGGTGCTTTGAAGCAGAAGCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCTTGGTGCGGACCGTGTGCGTCCGAAGCCCGAGGCAGAGGAACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCTTGGTGCGGACCGTGTGCGTCCGAAGCCCGAGGCAGAGGAACCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCCAG         GCAACTTGTTCCAGCGATGGCATGTTCCTCTAGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCCAGGTG...TAGGCAACTTGTTCCAGCGATGGCATGTTCCTCTAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCCAGATGACAAGACAAATGGCTAGCTCTGGTGCATCAGGGGGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109089 CTCCAGATGACAAGACAAATGGCTAGCTCTGGTGCATCAGGGGGCAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGATAATTCTGTGTTAGTCCTTATTGTGGGCTTATCAACAGTAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109139 CGATAATTCTGTGTTAGTCCTTATTGTGGGCTTATCAACAGTAGGAGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGCCTAT         GCCTACAAGACTATGAAAGAGGATGAAAAAAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109189 GTGCCTATGTA...CAGGCCTACAAGACTATGAAAGAGGATGAAAAAAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACAATGAAAGAATTTCAGGGTTAGGGCTGACACCAGAACAGAAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116122 TACAATGAAAGAATTTCAGGGTTAGGGCTGACACCAGAACAGAAACAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAGGCCGCGTTATCTG         CTTCAGAAGGAGAGGAAGTTCCTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116172 AAAGGCCGCGTTATCTGGTG...CAGCTTCAGAAGGAGAGGAAGTTCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGACAAGGCGCCAAGTCATGTTCCTTTCCTGCTAATTGGTGGAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117805 AAGACAAGGCGCCAAGTCATGTTCCTTTCCTGCTAATTGGTGGAGGCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGCTTTTGCTGCAGCCAGATCCATCCGGGCTCGGGATCCTGGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117855 GCTGCTTTTGCTGCAGCCAGATCCATCCGGGCTCGGGATCCTGGGGCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 G         GTACTGATTGTATCTGAAGATCCTGAGCTGCCGTACATGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117905 GGTA...AAGGTACTGATTGTATCTGAAGATCCTGAGCTGCCGTACATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GACCTCCTCTTTCAAAAGAACTGTGGTTTTCAGATGACCCAAATGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118074 GACCTCCTCTTTCAAAAGAACTGTGGTTTTCAGATGACCCAAATGTCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGACACTGCGATTCAAACAGTGGAATGGAAAAGAGAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118124 AAGACACTGCGATTCAAACAGTGGAATGGAAAAGAGAGAAGGTG...CAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATATATTTCCAGCCACCTTCTTTCTATGTCTCTGCTCAGGACCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120088 CATATATTTCCAGCCACCTTCTTTCTATGTCTCTGCTCAGGACCTGCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATATTGAGAATGGTGGTGTGGCTGTCCTCACTGGGAAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 120138 ATATTGAGAATGGTGGTGTGGCTGTCCTCACTGGGAAGAAGGTG...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTAGTACAGCTGGATGTGAGAGACAACATGGTGAAACTTAATGATGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125040 GTAGTACAGCTGGATGTGAGAGACAACATGGTGAAACTTAATGATGGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCAAATAACCTATGAAAAGTGCTTGATTGCAACAG         GAGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125090 TCAAATAACCTATGAAAAGTGCTTGATTGCAACAGGTG...CAGGAGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTCCAAGAAGTCTGTCTGCCATTGATAGGGCTGGAGCAGAGGTGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125792 CTCCAAGAAGTCTGTCTGCCATTGATAGGGCTGGAGCAGAGGTGAAGAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGAACAACGCTTTTCAGAAAG         ATTGGAGACTTTAGAAGCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 125842 AGAACAACGCTTTTCAGAAAGGTA...CAGATTGGAGACTTTAGAAGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGAGAAGATTTCACGGGAAGTCAAATCAATTACGATTATCGGTGGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126976 GGAGAAGATTTCACGGGAAGTCAAATCAATTACGATTATCGGTGGGGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCCTTGGTAGCGAACTGGCCTGTGCTCTTGGCAGAAAGG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 127026 TCCTTGGTAGCGAACTGGCCTGTGCTCTTGGCAGAAAGGGTG...CAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGAGCCTTGGGCACAGAAGTGATTCAACTCTTCCCCGAGAAAGGAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128474 CGAGCCTTGGGCACAGAAGTGATTCAACTCTTCCCCGAGAAAGGAAATAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGGAAAGATCCTCCCCGAATACCTCAGCAACTGGACCATGGAAAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128524 GGGAAAGATCCTCCCCGAATACCTCAGCAACTGGACCATGGAAAAAGTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GACGAG         AGGGGGTTAAGGTGATGCCCAATGCTATTGTGCAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128574 GACGAGGTA...CAGAGGGGGTTAAGGTGATGCCCAATGCTATTGTGCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TCCGTTGGAGTCAGCAGTGGCAAGTTACTTATCAAGCTGAAAGACGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128961 TCCGTTGGAGTCAGCAGTGGCAAGTTACTTATCAAGCTGAAAGACGGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAAG         GTAGAAACTGACCACATAGTGGCAGCTGTGGGCCTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129011 GAAGGTA...CAGGTAGAAACTGACCACATAGTGGCAGCTGTGGGCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGCCCAATGTTGAGTTGGCCAAGACTGGTGGCCTGGAAATAGACTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129509 AGCCCAATGTTGAGTTGGCCAAGACTGGTGGCCTGGAAATAGACTCAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTTGGTGGCTTCCGGGTAAATGCAGAGCTACAAGCACGCTCTAACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129559 TTTGGTGGCTTCCGGGTAAATGCAGAGCTACAAGCACGCTCTAACATCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGTG         GCAGGAGATGCTGCATGCTTCTACGATATAAAGTTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129609 GGTGGTA...CAGGCAGGAGATGCTGCATGCTTCTACGATATAAAGTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GAAGGAGGCGGGTAGAGCACCATGATCACGCTGTTGTGAGTGGAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132239 GAAGGAGGCGGGTAGAGCACCATGATCACGCTGTTGTGAGTGGAAGATTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCTGGAGAAAATATGACTGGAGCTGCTAAGCCGTACTGGCATCAGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132289 GCTGGAGAAAATATGACTGGAGCTGCTAAGCCGTACTGGCATCAGTCAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GTTCTG         GAGTGATTTGGGCCCCGATGTTGGCTATGAAGCTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132339 GTTCTGGTA...TAGGAGTGATTTGGGCCCCGATGTTGGCTATGAAGCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TTGGTCTTGTGGACAGTAGTTTGCCCACAGTTGGTGTTTTTGCAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133893 TTGGTCTTGTGGACAGTAGTTTGCCCACAGTTGGTGTTTTTGCAAAAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACTGCACAAGACAACCCCAAATCTGCCACAGAGCAGTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 133943 ACTGCACAAGACAACCCCAAATCTGCCACAGAGCAGTCAGGTA...CAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 AACTGGTATCCGATCAGAGAGTGAGACAGAGTCCGAGGCCTCAGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135492 AACTGGTATCCGATCAGAGAGTGAGACAGAGTCCGAGGCCTCAGAAATTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CTATTCCTCCCAGCACCCCGGCAGTTCCACAGGCTCCCGTCCAGGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135542 CTATTCCTCCCAGCACCCCGGCAGTTCCACAGGCTCCCGTCCAGGGGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GACTACGGCAAAGGTGTCATCTTCTACCTCAGGGACAAAGTGGTCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135592 GACTACGGCAAAGGTGTCATCTTCTACCTCAGGGACAAAGTGGTCGTGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GATTGTGCTATGGAACATCTTTAACCGAATGCCAATAGCAAGGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 135642 GATTGTGCTATGGAACATCTTTAACCGAATGCCAATAGCAAGGAAGGTA.

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1771      ATCATTAAGGACGGTGAGCAGCATGAAGATCTCAATGAAGTAGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135692 ..CAGATCATTAAGGACGGTGAGCAGCATGAAGATCTCAATGAAGTAGCC

   1950     .    :    .    :
   1816 AAACTATTCAACATTCATGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||
 136074 AAACTATTCAACATTCATGAAGAC