seq1 = pF1KE6771.tfa, 1689 bp
seq2 = pF1KE6771/gi568815593f_71487426.tfa (gi568815593f:71487426_71756857), 269432 bp

>pF1KE6771 1689
>gi568815593f:71487426_71756857 (Chr5)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-196  (105501-105567)   100% ->
197-281  (108855-108939)   100% ->
282-383  (112234-112335)   100% ->
384-511  (115081-115208)   100% ->
512-624  (116931-117043)   100% ->
625-738  (139215-139328)   100% ->
739-803  (144696-144760)   100% ->
804-903  (147518-147617)   100% ->
904-999  (147726-147821)   100% ->
1000-1072  (153578-153650)   100% ->
1073-1149  (156394-156470)   100% ->
1150-1216  (158786-158852)   100% ->
1217-1373  (161672-161828)   99% ->
1374-1488  (162644-162758)   100% ->
1489-1574  (165244-165329)   100% ->
1575-1689  (169318-169432)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGCCGTCCTGAGGTTAGCCCTGCGGCCGTGTGCCCGCGCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGCCGTCCTGAGGTTAGCCCTGCGGCCGTGTGCCCGCGCCTCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGGGCCGCGCGCCTATCACGGGGACTCGGTGGCCTCGCTGGGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGGGCCGCGCGCCTATCACGGGGACTCGGTGGCCTCGCTGGGCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCGGACTTGGGCTCTGCCCTCTACCAG         GAGAACTACAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 AGCCGGACTTGGGCTCTGCCCTCTACCAGGTA...TAGGAGAACTACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGATGAAAGCACTAGTAAATCAGCTCCATGAACGAGTGGAGCATATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105513 CAGATGAAAGCACTAGTAAATCAGCTCCATGAACGAGTGGAGCATATAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTAG         GAGGTGGTGAGAAAGCCCGAGCACTTCACATATCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105563 ACTAGGTA...TAGGAGGTGGTGAGAAAGCCCGAGCACTTCACATATCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGGAAAACTATTGCCCAGAGAAAGAATTGACAATCTCATAGACCCAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108891 GAGGAAAACTATTGCCCAGAGAAAGAATTGACAATCTCATAGACCCAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282         GTCTCCATTTCTGGAATTATCCCAGTTTGCAGGTTACCAGTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108941 TG...TAGGTCTCCATTTCTGGAATTATCCCAGTTTGCAGGTTACCAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATATGACAATGAGGAGGTGCCAGGAGGTGGCATTATTACAGGCATTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112276 ATATGACAATGAGGAGGTGCCAGGAGGTGGCATTATTACAGGCATTGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGTATCAGG         AGTAGAATGCATGATTATTGCCAATGATGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112326 GAGTATCAGGGTG...CAGAGTAGAATGCATGATTATTGCCAATGATGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCGTCAAAGGAGGTGCCTACTACCCAGTGACTGTGAAAAAACAATTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115112 ACCGTCAAAGGAGGTGCCTACTACCCAGTGACTGTGAAAAAACAATTACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCCCAAGAAATTGCCATGCAAAACAGGCTCCCCTGCATCTACTTAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115162 GGCCCAAGAAATTGCCATGCAAAACAGGCTCCCCTGCATCTACTTAGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    512       TTGATTCGGGAGGAGCATACTTACCTCGACAAGCAGATGTGTTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115212 ...CAGTTGATTCGGGAGGAGCATACTTACCTCGACAAGCAGATGTGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCAGATCGAGACCACTTTGGCCGTACATTCTATAATCAGGCAATTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116975 CCAGATCGAGACCACTTTGGCCGTACATTCTATAATCAGGCAATTATGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTCTAAAAATATTGCACAG         ATCGCAGTGGTCATGGGCTCCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 117025 TTCTAAAAATATTGCACAGGTA...CAGATCGCAGTGGTCATGGGCTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCACCGCAGGAGGAGCCTATGTGCCTGCCATGGCTGATGAAAACATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139237 GCACCGCAGGAGGAGCCTATGTGCCTGCCATGGCTGATGAAAACATCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTACGCAAGCAGGGTACCATTTTCTTGGCAGGACCCCCCTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 139287 GTACGCAAGCAGGGTACCATTTTCTTGGCAGGACCCCCCTTGGTA...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739  GTTAAAGCGGCAACTGGGGAAGAAGTATCTGCTGAGGATCTTGGAGGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144695 GGTTAAAGCGGCAACTGGGGAAGAAGTATCTGCTGAGGATCTTGGAGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGATCTTCATTGCAG         AAAGTCTGGAGTAAGTGACCACTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 144745 CTGATCTTCATTGCAGGTG...TAGAAAGTCTGGAGTAAGTGACCACTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCTTTGGATGATCATCATGCCCTTCACTTAACTAGGAAGGTTGTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147543 GCTTTGGATGATCATCATGCCCTTCACTTAACTAGGAAGGTTGTGAGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCTAAATTATCAGAAGAAATTGGAT         GTCACCATTGAACCTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 147593 TCTAAATTATCAGAAGAAATTGGATGTG...CAGGTCACCATTGAACCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGAAGAGCCTTTATTTCCTGCTGATGAATTGTATGGAATAGTTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147742 CTGAAGAGCCTTTATTTCCTGCTGATGAATTGTATGGAATAGTTGGTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AACCTTAAGAGGAGCTTTGATGTCCGAGAG         GTCATTGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 147792 AACCTTAAGAGGAGCTTTGATGTCCGAGAGGTA...TAGGTCATTGCTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AATCGTGGATGGAAGCAGATTCACTGAGTTCAAAGCCTTTTATGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153589 AATCGTGGATGGAAGCAGATTCACTGAGTTCAAAGCCTTTTATGGAGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CATTAGTTACAG         GATTTGCTCGAATATTTGGGTACCCAGTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 153639 CATTAGTTACAGGTA...GAGGATTTGCTCGAATATTTGGGTACCCAGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GGTATCGTTGGAAACAACGGAGTTCTCTTTTCTGAATCTGCAAAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 156423 GGTATCGTTGGAAACAACGGAGTTCTCTTTTCTGAATCTGCAAAAAAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150        GGTACTCACTTTGTCCAGTTATGCTGCCAAAGAAATATTCCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156473 A...TAGGGTACTCACTTTGTCCAGTTATGCTGCCAAAGAAATATTCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGCTGTTCCTTCAAAACATTACTG         GATTTATGGTTGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 158829 TGCTGTTCCTTCAAAACATTACTGGTA...CAGGATTTATGGTTGGTAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GAGTATGAAGCTGAAGGAATTGCCAAGGATGGTGCCAAGATGGTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161689 GAGTATGAAGCTGAAGGAATTGCCAAGGATGGTGCCAAGATGGTGGCCGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGTGGCCTGTGCCCAAGTGCCTAAGATAACCCTCATCATTGGGGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161739 TGTGGCCTGTGCCCAAGTGCCTAAGATAACCCTCATCATTGGGGGCTCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 ATGGAGCCGGAAACTATGGGATGTGTGGCAGAGCGTATAG         C
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||>>>...>>>|
 161789 ATGGAGCCGGAAACTATGGGATGTGTGGCAGAGCATATAGGTA...CAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 CCAAGATTTCTCTACATTTGGCCAAATGCTCGTATCTCAGTGATGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162645 CCAAGATTTCTCTACATTTGGCCAAATGCTCGTATCTCAGTGATGGGAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AGAGCAGGCAGCCAATGTGTTGGCCACGATAACAAAGGACCAAAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162695 AGAGCAGGCAGCCAATGTGTTGGCCACGATAACAAAGGACCAAAGAGCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GGGAAGGAAAGCAG         TTCTCCAGTGCTGATGAAGCGGCTTTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 162745 GGGAAGGAAAGCAGGTC...TAGTTCTCCAGTGCTGATGAAGCGGCTTTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 AAAGAGCCCATCATTAAGAAGTTTGAAGAGGAAGGAAACCCTTACTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165271 AAAGAGCCCATCATTAAGAAGTTTGAAGAGGAAGGAAACCCTTACTATTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CAGCGCAAG         GGTATGGGATGATGGGATCATTGATCCAGCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 165321 CAGCGCAAGGTG...CAGGGTATGGGATGATGGGATCATTGATCCAGCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 ACACCAGACTGGTCTTGGGTCTCAGTTTTAGTGCAGCCCTCAACGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169350 ACACCAGACTGGTCTTGGGTCTCAGTTTTAGTGCAGCCCTCAACGCACCA

   1800     .    :    .    :    .    :
   1657 ATAGAGAAGACTGACTTCGGTATCTTCAGGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 169400 ATAGAGAAGACTGACTTCGGTATCTTCAGGATG