seq1 = pF1KE6770.tfa, 1665 bp
seq2 = pF1KE6770/gi568815585f_93127457.tfa (gi568815585f:93127457_94503214), 1375758 bp

>pF1KE6770 1665
>gi568815585f:93127457_94503214 (Chr13)

1-161  (100001-100161)   100% ==
312-711  (702690-703089)   99% ->
712-877  (900273-900438)   100% ->
878-1008  (1158893-1159023)   100% ->
1009-1152  (1178524-1178667)   100% ->
1153-1289  (1254958-1255094)   100% ->
1290-1465  (1271010-1271185)   100% ->
1466-1665  (1275559-1275758)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTTCTTGGATCGGGGCTGTGATTCTTCCCCTCTTGGGGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTTCTTGGATCGGGGCTGTGATTCTTCCCCTCTTGGGGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCCTCCCCGCCGGGGCGGATGTGAAGGCTCGGAGCTGCGGAGAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCCTCCCCGCCGGGGCGGATGTGAAGGCTCGGAGCTGCGGAGAGGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCAGGCGTACGGTGCCAAGGGATTCAGCCTGGCGGACATCCCCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCAGGCGTACGGTGCCAAGGGATTCAGCCTGGCGGACATCCCCTACCAG

    150     .    :
    151 GAGATCGCAGG
        |||||||||||
 100151 GAGATCGCAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    312 ATTTG ACGAATTTTTCCGAGAGCTCCTGGAGAATGCAGAAAAGTCACTA
        || ||-|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 702690 ATCTGCA GAATTTTTCCGAGAGCTCCTGGAGAATGCAGAAAAGTCACTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    361 AATGATATGTTTGTACGGACCTATGGCATGCTGTACATGCAGAATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 702739 AATGATATGTTTGTACGGACCTATGGCATGCTGTACATGCAGAATTCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    411 AGTCTTCCAGGACCTCTTCACAGAGCTGAAAAGGTACTACACTGGGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 702789 AGTCTTCCAGGACCTCTTCACAGAGCTGAAAAGGTACTACACTGGGGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    461 ATGTGAATCTGGAGGAAATGCTCAATGACTTTTGGGCTCGGCTCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 702839 ATGTGAATCTGGAGGAAATGCTCAATGACTTTTGGGCTCGGCTCCTGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511 CGGATGTTTCAGCTGATAAACCCTCAGTATCACTTCAGTGAAGACTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 702889 CGGATGTTTCAGCTGATAAACCCTCAGTATCACTTCAGTGAAGACTACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561 GGAATGTGTGAGCAAATACACTGACCAGCTCAAGCCATTTGGAGACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 702939 GGAATGTGTGAGCAAATACACTGACCAGCTCAAGCCATTTGGAGACGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611 CCCGGAAACTGAAGATTCAGGTTACCCGCGCCTTCATTGCTGCCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 702989 CCCGGAAACTGAAGATTCAGGTTACCCGCGCCTTCATTGCTGCCAGGACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 TTTGTCCAGGGGCTGACTGTGGGCAGAGAAGTTGCAAACCGAGTTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 703039 TTTGTCCAGGGGCTGACTGTGGGCAGAGAAGTTGCAAACCGAGTTTCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 G         GTCAGCCCAACCCCAGGGTGTATCCGTGCCCTCATGAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 703089 GGTA...CAGGTCAGCCCAACCCCAGGGTGTATCCGTGCCCTCATGAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 TGCTGTACTGCCCATACTGTCGGGGGCTTCCCACTGTGAGGCCCTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 900313 TGCTGTACTGCCCATACTGTCGGGGGCTTCCCACTGTGAGGCCCTGCAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 AACTACTGTCTCAACGTCATGAAGGGCTGCTTGGCAAATCAGGCTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 900363 AACTACTGTCTCAACGTCATGAAGGGCTGCTTGGCAAATCAGGCTGACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 CGACACAGAGTGGAATCTGTTTATAG         ATGCAATGCTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 900413 CGACACAGAGTGGAATCTGTTTATAGGTA...CAGATGCAATGCTCTTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 TGGCAGAGCGACTGGAGGGGCCATTCAACATTGAGTCGGTCATGGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1158908 TGGCAGAGCGACTGGAGGGGCCATTCAACATTGAGTCGGTCATGGACCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 ATAGATGTCAAGATTTCTGAAGCCATTATGAACATGCAAGAAAACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1158958 ATAGATGTCAAGATTTCTGAAGCCATTATGAACATGCAAGAAAACAGCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 GCAGGTGTCTGCAAAG         GTCTTTCAGGGATGTGGTCAGCCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
1159008 GCAGGTGTCTGCAAAGGTA...CAGGTCTTTCAGGGATGTGGTCAGCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 AACCTGCTCCAGCCCTCAGATCTGCCCGCTCAGCTCCTGAAAATTTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1178549 AACCTGCTCCAGCCCTCAGATCTGCCCGCTCAGCTCCTGAAAATTTTAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 ACACGTTTCAGGCCCTACAATCCTGAGGAAAGACCAACAACTGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1178599 ACACGTTTCAGGCCCTACAATCCTGAGGAAAGACCAACAACTGCTGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CACAAGCTTGGACCGGCTG         GTCACAGACATAAAAGAGAAAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
1178649 CACAAGCTTGGACCGGCTGGTG...CAGGTCACAGACATAAAAGAGAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 TGAAGCTCTCTAAAAAGGTCTGGTCAGCATTACCCTACACTATCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1254980 TGAAGCTCTCTAAAAAGGTCTGGTCAGCATTACCCTACACTATCTGCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 GACGAGAGCGTGACAGCGGGCACGTCCAACGAGGAGGAATGCTGGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1255030 GACGAGAGCGTGACAGCGGGCACGTCCAACGAGGAGGAATGCTGGAACGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 GCACAGCAAAGCCAG         ATACTTGCCTGAGATCATGAATGATG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
1255080 GCACAGCAAAGCCAGGTG...CAGATACTTGCCTGAGATCATGAATGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 GGCTCACCAACCAGATCAACAATCCCGAGGTGGATGTGGACATCACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1271036 GGCTCACCAACCAGATCAACAATCCCGAGGTGGATGTGGACATCACTCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CCTGACACTTTCATCAGACAGCAGATTATGGCTCTCCGTGTGATGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1271086 CCTGACACTTTCATCAGACAGCAGATTATGGCTCTCCGTGTGATGACCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CAAACTAAAAAACGCCTACAATGGCAATGATGTCAATTTCCAGGACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1271136 CAAACTAAAAAACGCCTACAATGGCAATGATGTCAATTTCCAGGACACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466          GTGATGAATCCAGTGGCTCAGGGAGTGGCAGTGGGTGCATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1271186 GTA...TAGGTGATGAATCCAGTGGCTCAGGGAGTGGCAGTGGGTGCATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GATGACGTGTGTCCCACGGAGTTTGAGTTTGTCACCACAGAGGCCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1275600 GATGACGTGTGTCCCACGGAGTTTGAGTTTGTCACCACAGAGGCCCCCGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 AGTGGATCCCGACCGGAGAGAGGTGGACTCTTCTGCAGCCCAGCGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1275650 AGTGGATCCCGACCGGAGAGAGGTGGACTCTTCTGCAGCCCAGCGTGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 ACTCCCTGCTCTCCTGGTCTCTCACCTGCATTGTCCTGGCACTGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1275700 ACTCCCTGCTCTCCTGGTCTCTCACCTGCATTGTCCTGGCACTGCAGAGA

   1400     .
   1657 CTGTGCAGA
        |||||||||
1275750 CTGTGCAGA