seq1 = pF1KE6769.tfa, 1602 bp
seq2 = pF1KE6769/gi568815596f_233618821.tfa (gi568815596f:233618821_233872556), 253736 bp

>pF1KE6769 1602
>gi568815596f:233618821_233872556 (Chr2)

1-867  (100001-100867)   99% ->
868-999  (148214-148345)   100% ->
1000-1087  (149029-149116)   100% ->
1088-1307  (149400-149619)   100% ->
1308-1602  (153442-153736)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGAGGACTCCAGGTTCCCCTGCCGCGGCTGGCCACAGGACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGAGGACTCCAGGTTCCCCTGCCGCGGCTGGCCACAGGACTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCTCCTCAGTGTCCAGCCCTGGGCTGAGAGTGGAAAGGTGTTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCTCCTCAGTGTCCAGCCCTGGGCTGAGAGTGGAAAGGTGTTGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCCACTGATGGCAGCCCCTGGCTCAGCATGCGGGAGGCCTTGCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCCACTGATGGCAGCCCCTGGCTCAGCATGCGGGAGGCCTTGCGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCACGCCAGAGGCCACCAGGCGGTGGTCCTCACCCCAGAGGTGAATAT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCATGCCAGAGGCCACCAGGCGGTGGTCCTCACCCCAGAGGTGAATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCACATCAAAGAAGAGAAATTTTTCACCCTGACAGCCTATGCTGTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCACATCAAAGAAGAGAAATTTTTCACCCTGACAGCCTATGCTGTTCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGACCCAGAAGGAATTTGATCGCGTTACGCTGGGCTACACTCAAGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGACCCAGAAGGAATTTGATCGCGTTACGCTGGGCTACACTCAAGGGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGAAACAGAACATCTTCTGAAGAGATATTCTAGAAGTATGGCAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGAAACAGAACATCTTCTGAAGAGATATTCTAGAAGTATGGCAATTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAACAATGTATCTTTGGCCCTTCATAGGTGTTGTGTGGAGCTACTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAACAATGTATCTTTGGCCCTTCATAGGTGTTGTGTGGAGCTACTGCATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGAGGCCCTGATCAGGCACCTGAATGCTACTTCCTTTGATGTGGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGAGGCCCTGATCAGGCACCTGAATGCTACTTCCTTTGATGTGGTTTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACAGACCCCGTTAACCTCTGCGGGGCGGTGCTGGCTAAGTACCTGTCGAT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACAGACCCCGTTAACCTCTGTGGGGCGGTGCTGGCTAAGTACCTGTCGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCCTGCTGTGTTTTTTTGGAGGTACATTCCATGTGACTTAGACTTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCCTGCTGTGTTTTTTTGGAGGTACATTCCATGTGACTTAGACTTTAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCACACAGTGTCCAAATCCTTCCTCCTATATTCCTAAGTTACTAACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCACACAGTGTCCAAATCCTTCCTCCTATATTCCTAAGTTACTAACGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AATTCAGACCACATGACATTCCTGCAAAGGGTCAAGAACATGCTCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AATTCAGACCACATGACATTCCTGCAAAGGGTCAAGAACATGCTCTACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCTGGCCCTGTCCTACATTTGCCATACTTTTTCTGCCCCTTATGCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCTGGCCCTGTCCTACATTTGCCATACTTTTTCTGCCCCTTATGCAAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTGCCTCTGAGCTTTTTCAGAGAGAGGTGTCAGTGGTGGATCTTGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTGCCTCTGAGCTTTTTCAGAGAGAGGTGTCAGTGGTGGATCTTGTCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TATGCATCCGTGTGGCTGTTCCGAGGGGACTTTGTGATGGACTACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TATGCATCCGTGTGGCTGTTCCGAGGGGACTTTGTGATGGACTACCCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCCGATCATGCCCAACATGGTCTTCATTGGGGGCATCAACTGTGCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCCGATCATGCCCAACATGGTCTTCATTGGGGGCATCAACTGTGCCAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGAAGCCACTATCTCAG         GAATTTGAAGCCTACATTAATGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100851 GGAAGCCACTATCTCAGGTC...TAGGAATTTGAAGCCTACATTAATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TCTGGAGAACATGGAATTGTGGTTTTCTCTTTGGGATCAATGGTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148238 TCTGGAGAACATGGAATTGTGGTTTTCTCTTTGGGATCAATGGTCTCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AATTCCAGAGAAGAAAGCTATGGCAATTGCTGATGCTTTGGGCAAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148288 AATTCCAGAGAAGAAAGCTATGGCAATTGCTGATGCTTTGGGCAAAATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CTCAGACA         GTCCTGTGGCGGTACACTGGAACCCGACCATCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 148338 CTCAGACAGTA...CAGGTCCTGTGGCGGTACACTGGAACCCGACCATCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AATCTTGCGAACAACACGATACTTGTTAAGTGGCTACCCCAAAACGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149062 AATCTTGCGAACAACACGATACTTGTTAAGTGGCTACCCCAAAACGATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GCTTG         GTCACCCGATGACCCGTGCCTTTATCACCCATGCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149112 GCTTGGTA...CAGGTCACCCGATGACCCGTGCCTTTATCACCCATGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GTTCCCATGGTGTTTATGAAAGCATATGCAATGGCGTTCCCATGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149436 GTTCCCATGGTGTTTATGAAAGCATATGCAATGGCGTTCCCATGGTGATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ATGCCCTTGTTTGGTGATCAGATGGACAATGCAAAGCGCATGGAGACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149486 ATGCCCTTGTTTGGTGATCAGATGGACAATGCAAAGCGCATGGAGACTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GGGAGCTGGAGTGACCCTGAATGTTCTGGAAATGACTTCTGAAGATTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149536 GGGAGCTGGAGTGACCCTGAATGTTCTGGAAATGACTTCTGAAGATTTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AAAATGCTCTAAAAGCAGTCATCAATGACAAAAG         TTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 149586 AAAATGCTCTAAAAGCAGTCATCAATGACAAAAGGTA...TAGTTACAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GAGAACATCATGCGCCTCTCCAGCCTTCACAAGGACCGCCCGGTGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153449 GAGAACATCATGCGCCTCTCCAGCCTTCACAAGGACCGCCCGGTGGAGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GCTGGACCTGGCCGTGTTCTGGGTGGAGTTTGTGATGAGGCACAAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153499 GCTGGACCTGGCCGTGTTCTGGGTGGAGTTTGTGATGAGGCACAAGGGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CGCCACACCTGCGCCCCGCAGCCCACGACCTCACCTGGTACCAGTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153549 CGCCACACCTGCGCCCCGCAGCCCACGACCTCACCTGGTACCAGTACCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TCCTTGGACGTGATTGGTTTCCTCTTGGCCGTCGTGCTGACAGTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153599 TCCTTGGACGTGATTGGTTTCCTCTTGGCCGTCGTGCTGACAGTGGCCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CATCACCTTTAAATGTTGTGCTTATGGCTACCGGAAATGCTTGGGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153649 CATCACCTTTAAATGTTGTGCTTATGGCTACCGGAAATGCTTGGGGAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1565 AAGGGCGAGTTAAGAAAGCCCACAAATCCAAGACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153699 AAGGGCGAGTTAAGAAAGCCCACAAATCCAAGACCCAT