seq1 = pF1KE6768.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KE6768/gi568815597f_171158088.tfa (gi568815597f:171158088_171385541), 227454 bp

>pF1KE6768 1596
>gi568815597f:171158088_171385541 (Chr1)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-321  (109456-109644)   100% ->
322-484  (117259-117421)   100% ->
485-627  (120642-120784)   100% ->
628-827  (122699-122898)   100% ->
828-1183  (123891-124246)   99% ->
1184-1256  (125057-125129)   100% ->
1257-1596  (127115-127454)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAGCGAGTTGCCATTGTGGGAGCTGGGGTCAGCGGCCTGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAAGCGAGTTGCCATTGTGGGAGCTGGGGTCAGCGGCCTGGCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCAAGTGCTGTCTGGAAGAAGGACTGGAGCCCACCTGCTTTGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCAAGTGCTGTCTGGAAGAAGGACTGGAGCCCACCTGCTTTGAGAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGATGACCTTGGGGGGCTGTGGAGATTCACC         GAACATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 GCGATGACCTTGGGGGGCTGTGGAGATTCACCGTA...CAGGAACATGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGAAGGCAGAGCCAGTCTCTACAAGTCTGTGGTTTCCAACAGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109465 GAAGAAGGCAGAGCCAGTCTCTACAAGTCTGTGGTTTCCAACAGCTGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGATGTCTTGTTACTCAGACTTTCCATTCCCAGAAGATTATCCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109515 GGAGATGTCTTGTTACTCAGACTTTCCATTCCCAGAAGATTATCCAAACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGCCAAATTCTCAATTCCTGGAATATCTCAAAATGTATGCAAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109565 ATGTGCCAAATTCTCAATTCCTGGAATATCTCAAAATGTATGCAAACCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGACCTTCTGAAACACATTCAATTCAAG         ACCAAAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109615 TTTGACCTTCTGAAACACATTCAATTCAAGGTA...CAGACCAAAGTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGTGTAACAAAATGCTCAGATTCTGCTGTCTCTGGCCAATGGGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117270 CAGTGTAACAAAATGCTCAGATTCTGCTGTCTCTGGCCAATGGGAGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCACTATGCATGAAGAGAAGCAAGAGTCAGCCATCTTTGATGCTGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117320 TCACTATGCATGAAGAGAAGCAAGAGTCAGCCATCTTTGATGCTGTCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCTGCACTGGCTTTCTTACTAATCCTTATTTGCCACTGGATTCCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117370 GTCTGCACTGGCTTTCTTACTAATCCTTATTTGCCACTGGATTCCTTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AG         GTATTAATGCCTTTAAAGGCCAGTACTTTCATAGCCGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117420 AGGTA...TAGGTATTAATGCCTTTAAAGGCCAGTACTTTCATAGCCGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATATAAGCATCCAGATATATTTAAGGACAAGAGAGTCCTTGTGATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120681 AATATAAGCATCCAGATATATTTAAGGACAAGAGAGTCCTTGTGATTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGGGAAATTCTGGCACAGACATTGCTGTGGAGGCCAGCCACCTGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120731 ATGGGAAATTCTGGCACAGACATTGCTGTGGAGGCCAGCCACCTGGCGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAAG         GTGTTCCTCAGCACCACCGGAGGGGGATGGGTGATCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120781 AAAGGTA...CAGGTGTTCCTCAGCACCACCGGAGGGGGATGGGTGATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCGAATCTTTGACTCGGGCTACCCATGGGACATGGTGTTCATGACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122736 GCCGAATCTTTGACTCGGGCTACCCATGGGACATGGTGTTCATGACACGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTCAGAACATGTTGAGAAATTCCCTCCCAACCCCAATTGTGACTTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122786 TTTCAGAACATGTTGAGAAATTCCCTCCCAACCCCAATTGTGACTTGGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATGGAGCGAAAGATAAACAACTGGCTCAATCATGCAAATTACGGCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122836 GATGGAGCGAAAGATAAACAACTGGCTCAATCATGCAAATTACGGCTTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TACCAGAAGACAG         GACTCAGCTGAAAGAGTTTGTGCTAAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 122886 TACCAGAAGACAGGTA...TAGGACTCAGCTGAAAGAGTTTGTGCTAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GATGAGCTCCCAGGACGCATCATCACTGGGAAAGTGTTCATCAGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123919 GATGAGCTCCCAGGACGCATCATCACTGGGAAAGTGTTCATCAGGCCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CATAAAAGAGGTAAAGGAAAACTCTGTCATATTTAACAATACTTCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123969 CATAAAAGAGGTAAAGGAAAACTCTGTCATATTTAACAATACTTCAAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAGAGCCTATTGACATCATTGTCTTTGCCACTGGATACACATTTGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124019 AAGAGCCTATTGACATCATTGTCTTTGCCACTGGATACACATTTGCTTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCCTTCCTTGATGAGTCTGTAGTGAAAGTTGAAGATGGCCAGGCCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124069 CCCTTCCTTGATGAGTCTGTAGTGAAAGTTGAAGATGGCCAGGCCTCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GTACAAGTATATCTTCCCTGCGCATCTGCAAAAGCCAACCCTGGCCATTA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 124119 GTACAAGTATATCTTCCCTGCACATCTGCAAAAGCCAACCCTGGCCATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTGGCCTCATCAAACCCTTGGGCTCCATGATACCTACAGGAGAAACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124169 TTGGCCTCATCAAACCCTTGGGCTCCATGATACCTACAGGAGAAACACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GCTCGGTGGGCTGTTCGAGTCCTGAAAG         GTGTAAATAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 124219 GCTCGGTGGGCTGTTCGAGTCCTGAAAGGTA...CAGGTGTAAATAAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ACCACCACCAAGTGTCATGATAGAGGAAATTAATGCAAGGAAAGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125070 ACCACCACCAAGTGTCATGATAGAGGAAATTAATGCAAGGAAAGAAAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGCCCAGTTG         GTTTGGCTTGTGCTACTGCAAGGCTTTACAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125120 AGCCCAGTTGGTA...AAGGTTTGGCTTGTGCTACTGCAAGGCTTTACAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TCAGATTATATCACATACATAGATGAACTCCTGACCTATATCAATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127146 TCAGATTATATCACATACATAGATGAACTCCTGACCTATATCAATGCAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ACCCAACCTGTTCTCTATGCTCCTAACGGATCCACATCTGGCTCTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127196 ACCCAACCTGTTCTCTATGCTCCTAACGGATCCACATCTGGCTCTGACCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TCTTCTTTGGCCCATGCTCACCATACCAGTTCCGCTTGACTGGCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127246 TCTTCTTTGGCCCATGCTCACCATACCAGTTCCGCTTGACTGGCCCAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAATGGGAAGGAGCCAGAAATGCCATCATGACCCAGTGGGACCGAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127296 AAATGGGAAGGAGCCAGAAATGCCATCATGACCCAGTGGGACCGAACATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CAAGGTCATCAAAGCTCGAGTTGTACAAGAGTCTCCATCTCCCTTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127346 CAAGGTCATCAAAGCTCGAGTTGTACAAGAGTCTCCATCTCCCTTTGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GTTTTCTTAAAGTCTTTAGCTTTCTGGCTTTGCTTGTGGCTATTTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127396 GTTTTCTTAAAGTCTTTAGCTTTCTGGCTTTGCTTGTGGCTATTTTTCTG

   1650     .
   1588 ATTTTCCTA
        |||||||||
 127446 ATTTTCCTA