seq1 = pF1KE6758.tfa, 1749 bp
seq2 = pF1KE6758/gi568815581f_50275209.tfa (gi568815581f:50275209_50480936), 205728 bp

>pF1KE6758 1749
>gi568815581f:50275209_50480936 (Chr17)

1-775  (100001-100775)   99% ->
776-903  (100858-100985)   100% ->
904-990  (103387-103473)   100% ->
991-1112  (103566-103687)   100% ->
1113-1269  (103860-104016)   100% ->
1270-1385  (104244-104359)   100% ->
1386-1575  (105104-105293)   100% ->
1576-1749  (105555-105728)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTAAAGAAGTCATCACCCTCACTGGATTCTGGTGATAGTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTAAAGAAGTCATCACCCTCACTGGATTCTGGTGATAGTGACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGAGTTGCCAACATTTGCCTTTCTGAAGAAGGAACCATCTTCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGGAGTTGCCAACATTTGCCTTTCTGAAGAAGGAACCATCTTCAACAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGGAGACAGCCTGAAAGGGAAGAGAAGATTGTAGTGGTTGACATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGGAGACAGCCTGAAAGGGAAGAGAAGATTGTAGTGGTTGACATCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATTGTGAAGCCTCCTGTCCTCCAGCACCAGAGTTATTTTCACCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATTGTGAAGCCTCCTGTCCTCCAGCACCAGAGTTATTTTCACCACCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCAGACATAGCTGAAACTGTCACACAAACACAGCCAGTCAGGTTGCTAA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCAGAAATAGCTGAAACTGTCACACAAACACAGCCAGTCAGGTTGCTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAGTGAAAGTGAAGATGAAGAAGAATTTATTCCTCTGGCTCAAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAGTGAAAGTGAAGATGAAGAAGAATTTATTCCTCTGGCTCAAAGGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACATGTAAGTTTCTGACCCACAAGCAACTGAGCCCTGAGGACTCTAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACATGTAAGTTTCTGACCCACAAGCAACTGAGCCCTGAGGACTCTAGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCAGTTAAAAGTGTTTTGGATCATCAAAATAATGAAGGTGCATCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCAGTTAAAAGTGTTTTGGATCATCAAAATAATGAAGGTGCATCATGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTGGAAAAAGCCCTTTCCAAAGATCCCTGAAGTTCCCCTCCATGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACTGGAAAAAGCCCTTTCCAAAGATCCCTGAAGTTCCCCTCCATGATACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCAGAGAGGAGTGCAGCAGATAACAAGGACCTGATCTTAGATCCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCAGAGAGGAGTGCAGCAGATAACAAGGACCTGATCTTAGATCCATGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCAGCTTCCAGCCTACCTGTCTACCTGCCCTGGCCAGAGCAGCAGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCAGCTTCCAGCCTACCTGTCTACCTGCCCTGGCCAGAGCAGCAGCTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGTAACCAAAACAAATTCTGACATCCTTCCACCCCAGAAGAAAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGTAACCAAAACAAATTCTGACATCCTTCCACCCCAGAAGAAAACCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCGAGTCAGAAGGTCCAGGGAAGAGGCTCACACGGATGCCGGCAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCGAGTCAGAAGGTCCAGGGAAGAGGCTCACACGGATGCCGGCAGCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ACAAGCAAGGCAGAAGGAAAGCACCCTGAGAAGACAGGAAAGAAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ACAAGCAAGGCAGAAGGAAAGCACCCTGAGAAGACAGGAAAGAAAGAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAGCACTGGTTACCAGGATGAAAGCCCAGAGGCCAGAGGAATGCTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAGCACTGGTTACCAGGATGAAAGCCCAGAGGCCAGAGGAATGCTTAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CACATCATTGTAGTGCTGGATCCAG         TGCTCTTACAGATGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100751 CACATCATTGTAGTGCTGGATCCAGGTC...CAGTGCTCTTACAGATGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGGTGGGGGCCAGCTCCTAGGAGCACTGCAGACCATGGAGTGCCGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100874 AGGTGGGGGCCAGCTCCTAGGAGCACTGCAGACCATGGAGTGCCGCTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGATTGAGGCGCAGGCTGTGCCTTGCAGTGTCACTTGGAGGAGAAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100924 TGATTGAGGCGCAGGCTGTGCCTTGCAGTGTCACTTGGAGGAGAAGGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGGCCGTCTGAG         GACAGAGAGGACTGGGTGGAGGAGCCAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100974 GGGCCGTCTGAGGTA...CAGGACAGAGAGGACTGGGTGGAGGAGCCAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGTACTGGTGTTGCTCCGGGCAGAGGCATTTGTGTCCATGATCGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103416 AGTACTGGTGTTGCTCCGGGCAGAGGCATTTGTGTCCATGATCGACAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GAAAGCAG         GGAAGCCTGGACAGCACTATGAAAGGGAAGGAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103466 GAAAGCAGGTG...CAGGGAAGCCTGGACAGCACTATGAAAGGGAAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ACGCTTCAGGGCTTTGTAACTGACATCACAGCAAAGACAGCAGGGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103599 ACGCTTCAGGGCTTTGTAACTGACATCACAGCAAAGACAGCAGGGAAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TCTGTCACTGGTGATTGTGGATCAGGAGAAATGCTTCAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103649 TCTGTCACTGGTGATTGTGGATCAGGAGAAATGCTTCAGGTT...CAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TGGAGCTGCTGTTCTTTGATTTCCTCCCCTGCACCAGTGCTCAGAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103862 TGGAGCTGCTGTTCTTTGATTTCCTCCCCTGCACCAGTGCTCAGAATCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CCAAGAAGAGGGAAACAGGGAGCAAATAAACAGACCAAGAAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103912 CCAAGAAGAGGGAAACAGGGAGCAAATAAACAGACCAAGAAGCAGCAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GAGACAACCAGAGGCCAGCATAGGGTCCATGGTATCCAGGGTAGACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103962 GAGACAACCAGAGGCCAGCATAGGGTCCATGGTATCCAGGGTAGACGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AAGAG         GCATTGGTGGATCTGCAGCTACACACAGAAGCCCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104012 AAGAGGTA...TAGGCATTGGTGGATCTGCAGCTACACACAGAAGCCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GCTCAAATTGTGCAGAGCTGGAAAGAGCTGGCCGACTTCACATGCGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104280 GCTCAAATTGTGCAGAGCTGGAAAGAGCTGGCCGACTTCACATGCGCATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CACAAAGGCTGTGGCTGAGGCGCCCTTCAA         GAAGCTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104330 CACAAAGGCTGTGGCTGAGGCGCCCTTCAAGTG...CAGGAAGCTCCGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ATGAAACTACCTTCTCCTTCTGTCTGGAGAGTGACTGGGCTGGAGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105115 ATGAAACTACCTTCTCCTTCTGTCTGGAGAGTGACTGGGCTGGAGGGGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AAGGTGGACCTTGCTGGCAGGGGACTCGCACTAGTCTGGAGGAGACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105165 AAGGTGGACCTTGCTGGCAGGGGACTCGCACTAGTCTGGAGGAGACAGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TCAGCAGCTGAACCGAGTCAGCCTGGAAATGGCCAGTGCAGTTGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105215 TCAGCAGCTGAACCGAGTCAGCCTGGAAATGGCCAGTGCAGTTGTGAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CCTATCCCTCCCCACAGCTCCTGGTACAG         GCTTATCAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105265 CCTATCCCTCCCCACAGCTCCTGGTACAGGTA...CAGGCTTATCAGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TGTTTTTCGGATAAAGAACGCCAGAATTTGCTCGCAGACATACAGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105567 TGTTTTTCGGATAAAGAACGCCAGAATTTGCTCGCAGACATACAGGTGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CCGTGGGGAAGGTGTGACATCCACTTCTCGCCGCATTGGACCAGAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105617 CCGTGGGGAAGGTGTGACATCCACTTCTCGCCGCATTGGACCAGAACTAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CCAGGCGTATCTACCTTCAGATGACCACTTTACAGCCACATCTCTCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105667 CCAGGCGTATCTACCTTCAGATGACCACTTTACAGCCACATCTCTCTTTA

   1800     .    :
   1738 GATAGTGCTGAC
        ||||||||||||
 105717 GATAGTGCTGAC