seq1 = pF1KE6754.tfa, 2142 bp
seq2 = pF1KE6754/gi568815595r_124983893.tfa (gi568815595r:124983893_125311349), 327457 bp

>pF1KE6754 2142
>gi568815595r:124983893_125311349 (Chr3)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-198  (120829-120975)   100% ->
199-390  (123922-124113)   100% ->
391-622  (133376-133607)   100% ->
623-736  (175568-175681)   100% ->
737-824  (190664-190751)   100% ->
825-912  (192494-192581)   98% ->
913-1059  (201015-201161)   100% ->
1060-1705  (203224-203869)   100% ->
1706-1803  (219152-219249)   100% ->
1804-1921  (219794-219911)   100% ->
1922-1982  (222980-223040)   100% ->
1983-2142  (227298-227457)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCAGATGTCCCAGGTGCAGGAGCTCTTCCATGAGGCAGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCCAGATGTCCCAGGTGCAGGAGCTCTTCCATGAGGCAGCCCAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GATGCCCTGGCCCAGCCCCAGCCCTGGTGGAAGACCCAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGGATGCCCTGGCCCAGCCCCAGCCCTGGTGGAAGACCCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTTCATGTGGGAGCCTGTGCTGTTTGGGACCTGGGATGGTGTGTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120869 TGTTCATGTGGGAGCCTGTGCTGTTTGGGACCTGGGATGGTGTGTTCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCTGCATGATCAACATCTTTGGGGTTGTGCTCTTCCTGAGGACTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120919 TCCTGCATGATCAACATCTTTGGGGTTGTGCTCTTCCTGAGGACTGGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGGTG         GGAAACACAGGAGTGCTCCTGGGCATGTTCCTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120969 GCTGGTGGTG...CAGGGAAACACAGGAGTGCTCCTGGGCATGTTCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTCCTTCGTCATCCTGGTGGCCCTCGTCACGGTGCTGTCTGGCATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123956 TGTCCTTCGTCATCCTGGTGGCCCTCGTCACGGTGCTGTCTGGCATTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCGGGGAGCGCAGCAGCATCGGCAGCGGTGGCGTCTACTCCATGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124006 GTCGGGGAGCGCAGCAGCATCGGCAGCGGTGGCGTCTACTCCATGATCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCGGTCCTGGGTGGGCAGACGGGAGGCACCATCGGGCTGCTCTATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124056 CTCGGTCCTGGGTGGGCAGACGGGAGGCACCATCGGGCTGCTCTATGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGGACAG         TGTGTTGCAGGTGCCATGTATATCACCGGCTTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 124106 TTGGACAGGTG...CAGTGTGTTGCAGGTGCCATGTATATCACCGGCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGAATCCATCTCGGATTTGCTGGGCCTCGGGAATATCTGGGCTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133409 GCTGAATCCATCTCGGATTTGCTGGGCCTCGGGAATATCTGGGCTGTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGAATTTCAGTTGCGGTGCTTCTGGCCTTGCTGGGCATTAACCTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133459 AGGAATTTCAGTTGCGGTGCTTCTGGCCTTGCTGGGCATTAACCTCGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGTCAAATGGATAATCCGCCTCCAGCTGCTGTTGCTGTTCCTGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133509 GTGTCAAATGGATAATCCGCCTCCAGCTGCTGTTGCTGTTCCTGCTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGTCCACACTGGACTTTGTGGTGGGTTCTTTCACCCACCTGGACCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 133559 GTGTCCACACTGGACTTTGTGGTGGGTTCTTTCACCCACCTGGACCCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623         AACATGGTTTCATTGGATATTCACCCGAACTGCTACAGAACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133609 TA...CAGAACATGGTTTCATTGGATATTCACCCGAACTGCTACAGAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACACGCTGCCCGATTACAGCCCGGGGGAATCTTTTTTCACTGTCTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175610 ACACGCTGCCCGATTACAGCCCGGGGGAATCTTTTTTCACTGTCTTTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTTTTCTTCCCAGCGGCTACAG         GAGTCATGGCCGGCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 175660 GTTTTCTTCCCAGCGGCTACAGGTA...CAGGAGTCATGGCCGGCTTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATGGGGGGCGACCTCAGGGAGCCTGCCGCCAGCATTCCCCTGGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190683 CATGGGGGGCGACCTCAGGGAGCCTGCCGCCAGCATTCCCCTGGGCTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGCAGCTGTTGGCATCTC         GTGGTTTCTGTACATCGTCTTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||| |||||
 190733 TGGCAGCTGTTGGCATCTCGTA...CAGGTGGTTTCTGTACATCATCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCTTCCTCCTGGGCGCCATCTGCACTCGAGAGGCCCTTCGCTATGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192516 GTCTTCCTCCTGGGCGCCATCTGCACTCGAGAGGCCCTTCGCTATGACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGATAGCGGAAAAG         GTATCCCTCATGGGCTTCCTGTTCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 192566 CCTGATAGCGGAAAAGGTG...CAGGTATCCCTCATGGGCTTCCTGTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTTTGGGCTTATACATCTCGTCCCTGGCTTCCTGCATGGGAGGACTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201040 TTTTGGGCTTATACATCTCGTCCCTGGCTTCCTGCATGGGAGGACTTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGAGCTCCCCGCATCCTGCAGTGCATTGCCCAGGAGAAAGTGATCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201090 GGAGCTCCCCGCATCCTGCAGTGCATTGCCCAGGAGAAAGTGATCCCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACTTGCCTGTCTGGGACAAGGG         AAGGGGCCAAACAAAACAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 201140 ACTTGCCTGTCTGGGACAAGGGGTG...CAGAAGGGGCCAAACAAAACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCGTGGCTGCCATCTGCCTGACCAGCTTGGTGACCATGGCCTTTGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203243 CCGTGGCTGCCATCTGCCTGACCAGCTTGGTGACCATGGCCTTTGTTTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGGGTCAAGTGAACGTTCTGGCCCCCATCGTCACCATCAACTTCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203293 GTGGGTCAAGTGAACGTTCTGGCCCCCATCGTCACCATCAACTTCATGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GACATACGTTGCAGTGGACTACTCTTACTTCTCCCTGTCCATGTGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203343 GACATACGTTGCAGTGGACTACTCTTACTTCTCCCTGTCCATGTGTTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCAGCCTGACCCCGGTGCCTGAGCCGGTGCTCAGGGAGGGCGCAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203393 GCAGCCTGACCCCGGTGCCTGAGCCGGTGCTCAGGGAGGGCGCAGAAGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTCCACTGCTCTGAGCACCTGCTCTTAGAGAAAGCTCCCAGTTACGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203443 CTCCACTGCTCTGAGCACCTGCTCTTAGAGAAAGCTCCCAGTTACGGCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGAGGGACCTGCCCAAAGAGTCTTGGAGGGCACGCTACTGGAATTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203493 TGAGGGACCTGCCCAAAGAGTCTTGGAGGGCACGCTACTGGAATTCACCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGGACATGGATCAGCTCCTCCAGCTAACCAGGAAGCTTGAGAGTAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203543 AGGACATGGATCAGCTCCTCCAGCTAACCAGGAAGCTTGAGAGTAGCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCCAGGCAAGGAGAGGGTAACAGGACCCCAGAAAGTCAGAAGAGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203593 CCCAGGCAAGGAGAGGGTAACAGGACCCCAGAAAGTCAGAAGAGGAAAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CAAGAAGGCCACCAAGCAGACCCTACAAGATAGCTTCCTCTTGGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203643 CAAGAAGGCCACCAAGCAGACCCTACAAGATAGCTTCCTCTTGGACCTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AATCCCCTCCTTCTTTCCCTGTCGAGATCTCTGACAGGTTGCCCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203693 AATCCCCTCCTTCTTTCCCTGTCGAGATCTCTGACAGGTTGCCCGCTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TCCTGGGAGGGGCAGGAGTCCTGCTGGAACAAGCAGACTTCCAAGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203743 TCCTGGGAGGGGCAGGAGTCCTGCTGGAACAAGCAGACTTCCAAGAGCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AGGGACTCAGCCTGAGGGAACATATGGAGAGCAACTTGTTCCTGAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203793 AGGGACTCAGCCTGAGGGAACATATGGAGAGCAACTTGTTCCTGAGCTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 GCAACCAATCAGAGTCCAGTGGAGAAG         ATTTCTTCCTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 203843 GCAACCAATCAGAGTCCAGTGGAGAAGGTG...TAGATTTCTTCCTGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TCCAGGCTCCAAGAACAAGATGTCTGGAGAAGATCCACTTCTTTCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219166 TCCAGGCTCCAAGAACAAGATGTCTGGAGAAGATCCACTTCTTTCTATAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CCACATGTGCAACCCCTGGGTCTCCCTGTTGGGG         GCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 219216 CCACATGTGCAACCCCTGGGTCTCCCTGTTGGGGGTG...CAGGCTGTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GGTCCCTTCTCATCATGTTTGTGATACAGTGGGTGTATACCCTGGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219801 GGTCCCTTCTCATCATGTTTGTGATACAGTGGGTGTATACCCTGGTTAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 ATGGGTGTTGCTGCCATCGTGTATTTCTACATTGGCCGGGCCAGTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219851 ATGGGTGTTGCTGCCATCGTGTATTTCTACATTGGCCGGGCCAGTCCAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GCTTCACCTTG         GATCAGCCTCCAACTTCAGCTTTTTCCGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 219901 GCTTCACCTTGGTA...CAGGATCAGCCTCCAACTTCAGCTTTTTCCGGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 GGATGAGGTCTCTCTTGCTCCCCTCCTGCAG         GAGCTTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| |
 223010 GGATGAGGTCTCTCTTGCTCCCCTCCTGCAGGTC...CAGGAGCTTGCGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 TCCCCCCAGGAGCAGATCATCTTGGCGCCGTCCCTGGCTAAGGTTGACAT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227308 TCCCCTCAGGAGCAGATCATCTTGGCGCCGTCCCTGGCTAAGGTTGACAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GGAGATGACTCAGCTCACCCAGGAGAATGCAGACTTCGCCACTCGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227358 GGAGATGACTCAGCTCACCCAGGAGAATGCAGACTTCGCCACTCGGGATC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 GCTACCACCACTCCTCCCTCGTGAACCGGGAGCAGCTGATGCCTCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227408 GCTACCACCACTCCTCCCTCGTGAACCGGGAGCAGCTGATGCCTCACTAC