seq1 = pF1KE6752.tfa, 1875 bp
seq2 = pF1KE6752/gi568815596f_27396905.tfa (gi568815596f:27396905_27623436), 226532 bp

>pF1KE6752 1875
>gi568815596f:27396905_27623436 (Chr2)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-216  (100340-100495)   100% ->
217-285  (100658-100726)   100% ->
286-354  (101351-101419)   100% ->
355-428  (101820-101893)   100% ->
429-495  (102238-102304)   100% ->
496-549  (102493-102546)   100% ->
550-644  (104231-104325)   100% ->
645-750  (106610-106715)   100% ->
751-869  (108814-108932)   100% ->
870-968  (109577-109675)   100% ->
969-1066  (109884-109981)   100% ->
1067-1143  (110331-110407)   100% ->
1144-1240  (110777-110873)   100% ->
1241-1338  (111073-111170)   98% ->
1339-1422  (111264-111347)   100% ->
1423-1572  (121884-122033)   100% ->
1573-1707  (125556-125690)   100% ->
1708-1875  (126365-126532)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGGCACAAAACGGTTTCAACATGTCATTGAGACCCCGGAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGGCACAAAACGGTTTCAACATGTCATTGAGACCCCGGAGCCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGTGGGAG         TTGTCTGGGTACGAGGCAGCTGTGCCAATCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGTGGGAGGTG...TAGTTGTCTGGGTACGAGGCAGCTGTGCCAATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGAGAAGTCAAACCCACTGACCCAGGATCTAGACAAAGCAGATGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100371 CGGAGAAGTCAAACCCACTGACCCAGGATCTAGACAAAGCAGATGCTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACATTGTTCGACTGCTAGGGCAATGTGATGCTGAGATCTTCCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100421 AACATTGTTCGACTGCTAGGGCAATGTGATGCTGAGATCTTCCAGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGGCAAGCCCTGTCCACATACCAG         AGACTCTACAGCGAAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100471 GGGGCAAGCCCTGTCCACATACCAGGTA...CAGAGACTCTACAGCGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATTCTGACCACCATGGTACAGGTGGCTGGGAAAGTTCAGGAAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100674 CCATTCTGACCACCATGGTACAGGTGGCTGGGAAAGTTCAGGAAGTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAG         GAGCCAGATGGGGGGCTGGTTGTGCTGAGTGGAGGGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100724 AAGGTA...CAGGAGCCAGATGGGGGGCTGGTTGTGCTGAGTGGAGGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACCTCTGGCCGGATGGCATTCCTCATGTCG         GTGTCCTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101389 CACCTCTGGCCGGATGGCATTCCTCATGTCGGTG...CAGGTGTCCTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATCAGCTGATGAAAGGTCTGGGACAGAAACCTCTTTACACCTACCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101830 ATCAGCTGATGAAAGGTCTGGGACAGAAACCTCTTTACACCTACCTCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCAGGTGGTGACAG         GTCTGTGGTGGCCTCTAGGGAGGGGAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101880 GCAGGTGGTGACAGGTA...TAGGTCTGTGGTGGCCTCTAGGGAGGGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGAAGATAGTGCCTTGCACGGGATTGAGGAACTGAAGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102265 AGAAGATAGTGCCTTGCACGGGATTGAGGAACTGAAGAAGGTC...TAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGGCTGCCGGGAAGAAGAGAGTGATTGTCATTGGCATTTCTGTGGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102494 TGGCTGCCGGGAAGAAGAGAGTGATTGTCATTGGCATTTCTGTGGGACTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCT         GCTCCCTTTGTGGCAGGCCAGATGGACTGCTGCATGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102544 TCTGTG...CAGGCTCCCTTTGTGGCAGGCCAGATGGACTGCTGCATGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CAACACAGCTGTCTTCTTGCCAGTCCTGGTTGGCTTCAATCCAGTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104269 CAACACAGCTGTCTTCTTGCCAGTCCTGGTTGGCTTCAATCCAGTGAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGCCAG         AAATGACCCCATTGAAGACTGGAGTTCAACATTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104319 TGGCCAGGTG...CAGAAATGACCCCATTGAAGACTGGAGTTCAACATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CGACAAGTAGCAGAGCGGATGCAGAAAATGCAGGAGAAACAGAAAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106644 CGACAAGTAGCAGAGCGGATGCAGAAAATGCAGGAGAAACAGAAAGCTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGTGCTCAATCCTGCCATCGGG         CCCGAGGGTCTCAGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106694 TGTGCTCAATCCTGCCATCGGGGTA...CAGCCCGAGGGTCTCAGCGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CCTCCCGGATGAAAGGTGGAAGTGCCACCAAGATTCTGCTGGAAACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108833 CCTCCCGGATGAAAGGTGGAAGTGCCACCAAGATTCTGCTGGAAACCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTATTAGCAGCCCATAAGACTGTGGACCAGGGCATTGCAGCATCTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108883 TTATTAGCAGCCCATAAGACTGTGGACCAGGGCATTGCAGCATCTCAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870          ATGCCTCCTGGAAATCTTGCGGACATTTGAGCGAGCTCATC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108933 GTA...CAGATGCCTCCTGGAAATCTTGCGGACATTTGAGCGAGCTCATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AGGTGACCTACAGCCAAAGCCCCAAGATTGCCACCCTGATGAAGAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109618 AGGTGACCTACAGCCAAAGCCCCAAGATTGCCACCCTGATGAAGAGTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AGCACCAG         TCTGGAGAAGAAAGGCCACGTGTACCTGGTTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109668 AGCACCAGGTG...CAGTCTGGAGAAGAAAGGCCACGTGTACCTGGTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CTGGCAGACCCTGGGCATCATTGCCATCATGGATGGAGTAGAGTGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109917 CTGGCAGACCCTGGGCATCATTGCCATCATGGATGGAGTAGAGTGCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ACACCTTTGGTGCTG         ATTTCCGAGATGTCCGTGGCTTTCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109967 ACACCTTTGGTGCTGGTG...CAGATTTCCGAGATGTCCGTGGCTTTCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ATTGGTGATCACAGTGACATGTTTAACCAGAAGGCTGAGCTCACCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110357 ATTGGTGATCACAGTGACATGTTTAACCAGAAGGCTGAGCTCACCAACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 G         GGTCCCCAGTTCACCTTCTCCCAGGAGGACTTCCTGACTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110407 GGTC...CAGGGTCCCCAGTTCACCTTCTCCCAGGAGGACTTCCTGACTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 CCATCCTTCCCTCTCTCACGGAAATCGATACTGTGGTCTTCATTTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110817 CCATCCTTCCCTCTCTCACGGAAATCGATACTGTGGTCTTCATTTTCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CTGGATG         ACAACCTCACGGAGGTGCAGACTATAGTGGAGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110867 CTGGATGGTG...TAGACAACCTCACGGAGGTGCAGACTATAGTGGAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 GGTGAAAGAGAAGACCAACCACATCCAGGCCCTGGCACACAGCACCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111107 GGTGAAAGAGAAGACCAACCACATCCAGGCCCTGGCACACAGCACCGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 GTCAGACCTTGCCG         ATCCCTCTGAAGAAGCTCTTTCCCTCC
        |||||||||||| |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111157 GTCAGACCTTGCTGGTG...CAGATCCCTCTGAAGAAGCTCTTTCCCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 ATCATCAGCATCACATGGCCACTGCTTTTCTTTGAATATGAAGGGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111291 ATCATCAGCATCACATGGCCACTGCTTTTCTTTGAATATGAAGGGAACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CATCCAG         AAGTTCCAGCGTGAGCTAAGCACCAAATGGGTGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111341 CATCCAGGTA...CAGAAGTTCCAGCGTGAGCTAAGCACCAAATGGGTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TGAATACAGTGAGTACAGGTGCTCATGTGCTTCTTGGTAAGATCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121918 TGAATACAGTGAGTACAGGTGCTCATGTGCTTCTTGGTAAGATCCTACAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 AACCACATGTTGGACCTTCGGATTAGCAACTCCAAGCTCTTCTGGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121968 AACCACATGTTGGACCTTCGGATTAGCAACTCCAAGCTCTTCTGGCGGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 GCTGGCCATGCTGCAG         CGGTTCTCTGGACAGTCCAAGGCTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 122018 GCTGGCCATGCTGCAGGTA...TAGCGGTTCTCTGGACAGTCCAAGGCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 GATGCATCGAGAGCCTCCTCCGAGCGATCCACTTTCCCCAGCCACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125581 GATGCATCGAGAGCCTCCTCCGAGCGATCCACTTTCCCCAGCCACTGTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 GATGATATTCGGGCTGCTCCCATCTCCTGCCATGTCCAGGTTGCACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125631 GATGATATTCGGGCTGCTCCCATCTCCTGCCATGTCCAGGTTGCACATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GAAGGAACAG         GTGATACCCATCGCCTTGCTGAGCCTCCTAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125681 GAAGGAACAGGTA...CAGGTGATACCCATCGCCTTGCTGAGCCTCCTAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 TCCGGTGCTCGATCACTGAGGCTCAGGCACACCTGGCTGCAGCTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126396 TCCGGTGCTCGATCACTGAGGCTCAGGCACACCTGGCTGCAGCTCCTTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 GTCTGTGAGGCTGTCAGGAGTGCTCTTGCTGGGCCAGGTCAGAAGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126446 GTCTGTGAGGCTGTCAGGAGTGCTCTTGCTGGGCCAGGTCAGAAGCGCAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .
   1839 TGCGGACCCCCTCGAGATCCTAGAGCCTGACGTTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126496 TGCGGACCCCCTCGAGATCCTAGAGCCTGACGTTCAG