seq1 = pF1KE6750.tfa, 1767 bp
seq2 = pF1KE6750/gi568815575r_2834835.tfa (gi568815575r:2834835_3058436), 223602 bp

>pF1KE6750 1767
>gi568815575r:2834835_3058436 (ChrX)

(complement)

1-23  (98037-98059)   100% ->
24-185  (100002-100163)   98% ->
186-307  (102900-103021)   100% ->
308-430  (105172-105294)   100% ->
431-854  (108710-109133)   100% ->
855-991  (112303-112439)   100% ->
992-1126  (115238-115372)   100% ->
1127-1289  (120180-120342)   100% ->
1290-1411  (121574-121695)   100% ->
1412-1767  (123247-123602)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTACATCTGCACCATTCTTG         TTTGTGTTTCAGGAGCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  98037 ATGTTACATCTGCACCATTCTTGGTA...CAGTTTGTGTTTCAGGAGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTGCCAGCGATGCTCGCTGTACTGCTAAGTTTGGCGCCATCAGCTTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100020 GCTGCCAGCGATGCTCGCTGTACTGCTAAGTTTGGCACCATCAGCTTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGACATTTCCGCCTCCCGACCGAACATCCTTCTTCTGATGGCGGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 GCGACATTTCCGCCTCCCGACCGAACATCCTTCTTCTGATGGCGGACGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGGCATTGGGGACGTTGGCTGCTATGGCAACAACACCATGAG      
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100120 CTTGGCATTGGGGACATTGGCTGCTATGGCAACAACACCATGAGGCA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GACTCCGAATATTGACCGCCTTGCAGAGGACGGCGTGAAGCTGACCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102897 TAGGACTCCGAATATTGACCGCCTTGCAGAGGACGGCGTGAAGCTGACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACACATCTCTGCCGCATCTTTGTGCACCCCAAGCAGAGCCGCCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102947 AACACATCTCTGCCGCATCTTTGTGCACCCCAAGCAGAGCCGCCTTCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGGGCAGATACCCTGTGCGATCAG         GGATGGTTTCCAGCAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102997 ACGGGCAGATACCCTGTGCGATCAGGTC...AAGGGATGGTTTCCAGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGTTACCGTGTTCTTCAGTGGACCGGAGCATCTGGAGGTCTTCCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105188 TGGTTACCGTGTTCTTCAGTGGACCGGAGCATCTGGAGGTCTTCCAACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGAGACAACTTTTGCAAAAATACTGAAAGAGAAAGGCTATGCCACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105238 ATGAGACAACTTTTGCAAAAATACTGAAAGAGAAAGGCTATGCCACTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCATTG         GAAAATGGCATCTGGGTCTCAACTGTGAGTCAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105288 CTCATTGGTA...CAGGAAAATGGCATCTGGGTCTCAACTGTGAGTCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGTGATCATTGCCACCACCCTCTCCATCATGGCTTTGACCATTTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108744 CAGTGATCATTGCCACCACCCTCTCCATCATGGCTTTGACCATTTCTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAATGCCTTTCTCCTTGATGGGTGATTGCGCCCGCTGGGAACTCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108794 GAATGCCTTTCTCCTTGATGGGTGATTGCGCCCGCTGGGAACTCTCAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGCGTGTCAACCTGGAACAAAAACTCAACTTCCTCTTCCAAGTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108844 AAGCGTGTCAACCTGGAACAAAAACTCAACTTCCTCTTCCAAGTCCTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTGGTTGCCCTCACACTGGTAGCAGGGAAGCTCACACACCTGATACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108894 CTTGGTTGCCCTCACACTGGTAGCAGGGAAGCTCACACACCTGATACCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTCGTGGATGCCGGTCATCTGGTCAGCCCTTTCGGCCGTCCTCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108944 TCTCGTGGATGCCGGTCATCTGGTCAGCCCTTTCGGCCGTCCTCCTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCAAGCTCCTATTTTGTGGGTGCTCTGATTGTCCATGCCGATTGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108994 GCAAGCTCCTATTTTGTGGGTGCTCTGATTGTCCATGCCGATTGCTTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATGAGAAACCACACCATCACGGAGCAGCCCATGTGCTTCCAAAGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109044 GATGAGAAACCACACCATCACGGAGCAGCCCATGTGCTTCCAAAGAACGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CACCCCTTATTCTGCAGGAGGTTGCGTCCTTTCTCAAAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109094 CACCCCTTATTCTGCAGGAGGTTGCGTCCTTTCTCAAAAGGTC...TAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATAAGCATGGGCCTTTCCTCCTCTTTGTTTCCTTTCTACACGTTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112304 AATAAGCATGGGCCTTTCCTCCTCTTTGTTTCCTTTCTACACGTTCACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCCTCTTATCACTATGGAGAACTTCCTCGGGAAGAGTCTCCACGGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112354 CCCTCTTATCACTATGGAGAACTTCCTCGGGAAGAGTCTCCACGGGCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATGGGGACAACGTAGAGGAGATGGACTGGATGGTAG         GACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112404 ATGGGGACAACGTAGAGGAGATGGACTGGATGGTAGGTA...CAGGACGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATCCTTGACACTTTGGACGTGGAGGGTTTGAGCAACAGCACCCTCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115243 ATCCTTGACACTTTGGACGTGGAGGGTTTGAGCAACAGCACCCTCATTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TTTTACGTCGGATCACGGCGGTTCCCTAGAGAATCAACTTGGAAACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115293 TTTTACGTCGGATCACGGCGGTTCCCTAGAGAATCAACTTGGAAACACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGTATGGTGGCTGGAATGGAATTTATAAAG         GTGGGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115343 AGTATGGTGGCTGGAATGGAATTTATAAAGGTA...CAGGTGGGAAGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATGGGAGGATGGGAAGGTGGGATCCGCGTGCCCGGGATCTTCCGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120191 ATGGGAGGATGGGAAGGTGGGATCCGCGTGCCCGGGATCTTCCGCTGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CGGGGTGCTCCCGGCCGGCCGAGTGATTGGCGAGCCCACGAGTCTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120241 CGGGGTGCTCCCGGCCGGCCGAGTGATTGGCGAGCCCACGAGTCTGATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACGTGTTCCCCACCGTGGTCCGGCTGGCGGGCGGCGAGGTGCCCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120291 ACGTGTTCCCCACCGTGGTCCGGCTGGCGGGCGGCGAGGTGCCCCAGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AG         AGTGATTGACGGCCAAGACCTTCTGCCCTTGCTCCTGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120341 AGGTA...CAGAGTGATTGACGGCCAAGACCTTCTGCCCTTGCTCCTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GACAGCCCAACACTCAGACCACGAGTTCCTGATGCATTATTGTGAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121613 GACAGCCCAACACTCAGACCACGAGTTCCTGATGCATTATTGTGAGAGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TTCTGCACGCAGCCAGGTGGCATCAACGGGACA         GAGGAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121663 TTCTGCACGCAGCCAGGTGGCATCAACGGGACAGTG...CAGGAGGAACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATGTGGAAAGTCCACTTTGTGACGCCTGTGTTCCAGCCAGAGGGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123255 ATGTGGAAAGTCCACTTTGTGACGCCTGTGTTCCAGCCAGAGGGAGCCGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGCCTGCTATGGAAGAAAGGTCTGCCCGTGCTTTGGGGAAAAAGTAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123305 TGCCTGCTATGGAAGAAAGGTCTGCCCGTGCTTTGGGGAAAAAGTAGTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ACCACGATCCACCTTTGCTCTTTGACCTCTCAAGAGACCCTTCTGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123355 ACCACGATCCACCTTTGCTCTTTGACCTCTCAAGAGACCCTTCTGAGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CACATCCTCACACCAGCCTCAGAGCCCGTGTTCTATCAGGTGATGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123405 CACATCCTCACACCAGCCTCAGAGCCCGTGTTCTATCAGGTGATGGAACG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AGTCCAGCAGGCGGTGTGGGAACACCAGCGGACACTCAGCCCAGTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123455 AGTCCAGCAGGCGGTGTGGGAACACCAGCGGACACTCAGCCCAGTTCCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TGCAGCTGGACAGGCTGGGCAACATCTGGAGACCGTGGCTGCAGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123505 TGCAGCTGGACAGGCTGGGCAACATCTGGAGACCGTGGCTGCAGCCCTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1720 TGTGGCCCGTTCCCCCTCTGCTGGTGCCTTAGGGAAGATGACCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123555 TGTGGCCCGTTCCCCCTCTGCTGGTGCCTTAGGGAAGATGACCCACAA