seq1 = pF1KE6749.tfa, 1626 bp
seq2 = pF1KE6749/gi568815593f_6637544.tfa (gi568815593f:6637544_6854942), 217399 bp

>pF1KE6749 1626
>gi568815593f:6637544_6854942 (Chr5)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-137  (101140-101186)   100% ->
138-258  (102189-102309)   100% ->
259-366  (104947-105054)   100% ->
367-495  (106169-106297)   100% ->
496-709  (108671-108884)   100% ->
710-836  (110921-111047)   100% ->
837-937  (112014-112114)   100% ->
938-1110  (112788-112960)   100% ->
1111-1269  (113496-113654)   100% ->
1270-1434  (115330-115494)   100% ->
1435-1626  (117208-117399)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCCTTGTCCTGAAGAAGCAGCTATGAGAAGAGAGGTGGTGAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCCTTGTCCTGAAGAAGCAGCTATGAGAAGAGAGGTGGTGAAACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCGAAACTGTGGTGAAAGACCTTTGGCCGACGGCTGAT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 GATCGAAACTGTGGTGAAAGACCTTTGGCCGACGGCTGATGTG...CAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TACAGATATTTGGCAGCTTTAGTACAGGTCTTTATCTTCCAACTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101141 TACAGATATTTGGCAGCTTTAGTACAGGTCTTTATCTTCCAACTAGGTG.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    138      CGACATAGACCTGGTGGTCTTCGGGAAATGGGAGCGTCCTCCTTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101191 ..CAGCGACATAGACCTGGTGGTCTTCGGGAAATGGGAGCGTCCTCCTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACAGCTGCTGGAGCAAGCCCTGCGGAAGCACAACGTGGCTGAGCCGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102234 ACAGCTGCTGGAGCAAGCCCTGCGGAAGCACAACGTGGCTGAGCCGTGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATCAAAGTCCTTGACAAGGCTACG         GTACCAATAATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102284 CCATCAAAGTCCTTGACAAGGCTACGGTG...CAGGTACCAATAATAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTCACAGATCAGGAGACTGAAGTGAAAGTTGACATCAGCTTTAACATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104962 CTCACAGATCAGGAGACTGAAGTGAAAGTTGACATCAGCTTTAACATGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACGGGCGTCCGGGCAGCGGAGTTCATCAAGAATTACATGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105012 GACGGGCGTCCGGGCAGCGGAGTTCATCAAGAATTACATGAAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   AAATATTCATTGCTGCCTTACTTGATTTTAGTATTGAAACAGTTCCTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106167 AGAAATATTCATTGCTGCCTTACTTGATTTTAGTATTGAAACAGTTCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCAGAGGGACCTGAATGAAGTTTTTACAGGTGGAATTAGCTCATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106217 CTGCAGAGGGACCTGAATGAAGTTTTTACAGGTGGAATTAGCTCATACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTAATTTTAATGGCCATTAGCTTTCTACAG         TTGCATCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106267 CCTAATTTTAATGGCCATTAGCTTTCTACAGGTA...CAGTTGCATCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAATTGATGCCCGGAGAGCTGATGAAAACCTTGGAATGCTTCTTGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108681 GAATTGATGCCCGGAGAGCTGATGAAAACCTTGGAATGCTTCTTGTAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTTTTGAACTCTATGGGAGAAATTTTAATTACTTGAAAACCGGTATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108731 TTTTTTGAACTCTATGGGAGAAATTTTAATTACTTGAAAACCGGTATTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AATCAAAGAAGGAGGTGCCTATATCGCCAAAGAGGAGATCATGAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108781 AATCAAAGAAGGAGGTGCCTATATCGCCAAAGAGGAGATCATGAAAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGACCAGCGGGTACAGACCGTCGATGCTGTGCATTGAGGACCCCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108831 TGACCAGCGGGTACAGACCGTCGATGCTGTGCATTGAGGACCCCCTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCAG         GGAATGACGTTGGCCGGAGCTCCTATGGCGCCATGCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108881 CCAGGTA...CAGGGAATGACGTTGGCCGGAGCTCCTATGGCGCCATGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGTGAAGCAGGTCTTCGATTATGCCTACATAGTGCTCAGCCATGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110958 GGTGAAGCAGGTCTTCGATTATGCCTACATAGTGCTCAGCCATGCTGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACCGCTGGCCAGGTCCTATCCAAACAGAGACGCCGAAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111008 CACCGCTGGCCAGGTCCTATCCAAACAGAGACGCCGAAAGGTA...CAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACTTTAGGAAGAATCATCAAAGTAACTCAGGAGGTGATTGACTACCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112015 ACTTTAGGAAGAATCATCAAAGTAACTCAGGAGGTGATTGACTACCGGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTGGATCAAAGAGAAGTGGGGCAGCAAAGCCCACCCGTCGCCAGGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112065 GTGGATCAAAGAGAAGTGGGGCAGCAAAGCCCACCCGTCGCCAGGCATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938          ACAGCAGGATCAAGATCAAAGAGCGAATAGCCACATGCAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112115 GTG...CAGACAGCAGGATCAAGATCAAAGAGCGAATAGCCACATGCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGGGAGCAGACGCAGAACCGAGAGCCCGAGTCTCCCTATGGCCAGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112829 GGGGAGCAGACGCAGAACCGAGAGCCCGAGTCTCCCTATGGCCAGCGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GACTTTGTCGCTGTCCAGCCCCCAGCTCCTGTCTTCAGGCTCCTCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112879 GACTTTGTCGCTGTCCAGCCCCCAGCTCCTGTCTTCAGGCTCCTCGGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTTCTGTGTCTTCACTTTCTGGGAGTGACGTT         GATTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112929 CTTCTGTGTCTTCACTTTCTGGGAGTGACGTTGTA...AAGGATTCAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACACCGCCCTGCACAACGCCCAGTGTTTACCAGTTCAGTCTGCAAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113505 ACACCGCCCTGCACAACGCCCAGTGTTTACCAGTTCAGTCTGCAAGCGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGCTCCTCTCATGGCCGGCTTACCCACCGCCTTGCCAATGCCCAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113555 AGCTCCTCTCATGGCCGGCTTACCCACCGCCTTGCCAATGCCCAGTGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AACCTCAGCCCACCACTTCCAGAACACTGATCATGACAACCAACAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113605 AACCTCAGCCCACCACTTCCAGAACACTGATCATGACAACCAACAATCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270          ACCAGGTTTACTATACCTCCACCGACCCTAGGGGTTGCTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113655 GTA...TAGACCAGGTTTACTATACCTCCACCGACCCTAGGGGTTGCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGTTCCTTGCAGACAAGCTGGTGTAGAAGGAACTGCGTCTTTGAAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115371 TGTTCCTTGCAGACAAGCTGGTGTAGAAGGAACTGCGTCTTTGAAAGCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCCACCACATGTCTTCCCCGGCCATTCCCTCAGCGTCCCCCAACCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115421 TCCACCACATGTCTTCCCCGGCCATTCCCTCAGCGTCCCCCAACCCGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCGAGCCCTCATCTGTATCATAAG         CAGCACAACGGCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115471 TCGAGCCCTCATCTGTATCATAAGGTA...CAGCAGCACAACGGCATGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ACTGTCCATGAAGGGCTCTCACGGCCACACCCAAGGCGGCGGCTACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117225 ACTGTCCATGAAGGGCTCTCACGGCCACACCCAAGGCGGCGGCTACAGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTGTGGGTAGCGGAGGTGTGCGGCCCCCTGTGGGCAACAGGGGACACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117275 CTGTGGGTAGCGGAGGTGTGCGGCCCCCTGTGGGCAACAGGGGACACCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CAGTATAACCGCACCGGCTGGAGGAGGAAAAAACACACACACACACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117325 CAGTATAACCGCACCGGCTGGAGGAGGAAAAAACACACACACACACGGGA

   1700     .    :    .    :    .
   1602 CAGTCTGCCCGTGAGCCTCAGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||
 117375 CAGTCTGCCCGTGAGCCTCAGCAGA