seq1 = pF1KE6748.tfa, 1641 bp
seq2 = pF1KE6748/gi568815582f_81138909.tfa (gi568815582f:81138909_81390574), 251666 bp

>pF1KE6748 1641
>gi568815582f:81138909_81390574 (Chr16)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-193  (106567-106695)   99% ->
194-323  (120768-120897)   100% ->
324-471  (123228-123375)   100% ->
472-619  (125732-125879)   100% ->
620-843  (129000-129223)   99% ->
844-1101  (131251-131508)   100% ->
1102-1207  (141949-142054)   100% ->
1208-1302  (146632-146726)   100% ->
1303-1414  (148387-148498)   100% ->
1415-1641  (151440-151666)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATATAATATTTGGCAGGAATAGGAAAGAACAGCTGGAGCCTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATATAATATTTGGCAGGAATAGGAAAGAACAGCTGGAGCCTGTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCAAAGTGACAG         GCAAGATTCCAGCATGGCTGCAGGGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCAAAGTGACAGGTG...CAGGCAAGATTCCAGCATGGCTGCAGGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTGCTCCGCAACGGGCCTGGGATGCACACAGTTGGGGAGTCCAGATAC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106594 CCCTGCTCCGCAATGGGCCTGGGATGCACACAGTTGGGGAGTCCAGATAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCATTGGTTCGACGGCCTTGCCCTGCTCCACAGCTTCACCATCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106644 AACCATTGGTTCGACGGCCTTGCCCTGCTCCACAGCTTCACCATCAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CG         GTGAAGTCTATTACAGGAGCAAATACCTGAGAAGCGATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106694 CGGTG...CAGGTGAAGTCTATTACAGGAGCAAATACCTGAGAAGCGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTACAACACCAATATTGAGGCAAACAGGATTGTGGTGTCTGAGTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120807 CCTACAACACCAATATTGAGGCAAACAGGATTGTGGTGTCTGAGTTTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAATGGCCTATCCGGACCCCTGCAAAAACATATTTTCCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 120857 ACAATGGCCTATCCGGACCCCTGCAAAAACATATTTTCCAAGTA...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCTTTCTCCTACTTGTCTCACACCATCCCCGATTTCACCGACAACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123228 AGCTTTCTCCTACTTGTCTCACACCATCCCCGATTTCACCGACAACTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGATCAACATCATGAAGTGCGGAGAAGACTTCTACGCGACCTCAGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123278 TGATCAACATCATGAAGTGCGGAGAAGACTTCTACGCGACCTCAGAGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATTACATCAGGAAAATCAACCCACAGACTCTGGAAACCCTGGAGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 123328 AATTACATCAGGAAAATCAACCCACAGACTCTGGAAACCCTGGAGAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GTTGATTATCGTAAATACGTGGCGGTAAATCTGGCAACGTCAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123378 A...CAGGTTGATTATCGTAAATACGTGGCGGTAAATCTGGCAACGTCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATCCCCATTATGATGAGGCTGGAAATGTTCTAAACATGGGCACATCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125775 ATCCCCATTATGATGAGGCTGGAAATGTTCTAAACATGGGCACATCCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGAAAAGGGGAAGACAAAGTATGTGATTTTTAAGATCCCTGCCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125825 GTGGAAAAGGGGAAGACAAAGTATGTGATTTTTAAGATCCCTGCCACAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACCAG         AGGGCAAGAAGCAGGGGAAGAGCCCCTGGAAGCACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125875 ACCAGGTA...TAGAGGGCAAGAAGCAGGGGAAGAGCCCCTGGAAGCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGAGGTGTTCTGCTCCATCCCATCCCGCTCCCTGCTCTCCCCAAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129036 CAGAGGTGTTCTGCTCCATCCCATCCCGCTCCCTGCTCTCCCCAAGCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACCACAGCTTTGGAGTCACCGAGAACTATGTCATCTTCCTTGAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129086 TACCACAGCTTTGGAGTCACCGAGAACTATGTCATCTTCCTTGAGCAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTTCAGGTTGGATATTCTCAAGATGGCAACCGCATACATCCGGAGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 129136 TTTCAGGTTGGATATTCTCAAGATGGCAACCGCATACATCCGGAGAATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTGGGCCTCCTGCCTGGCTTTCCACAGGGAGGAGAAG         ACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 129186 GCTGGGCCTCCTGCCTGGCTTTCCACAGGGAGGAGAAGGTG...CAGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TATATCCACATCATCGACCAAAGGACCAGGCAGCCTGTGCAGACCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131254 TATATCCACATCATCGACCAAAGGACCAGGCAGCCTGTGCAGACCAAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTACACAGACGCCATGGTGGTCTTCCATCACGTCAACGCCTACGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131304 TTACACAGACGCCATGGTGGTCTTCCATCACGTCAACGCCTACGAAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACGGCTGCATCGTGTTTGACGTCATTGCCTACGAGGACAACAGCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131354 ACGGCTGCATCGTGTTTGACGTCATTGCCTACGAGGACAACAGCCTCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAGCTCTTCTACCTGGCCAACCTGAACCAGGACTTCAAGGAGAACTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131404 CAGCTCTTCTACCTGGCCAACCTGAACCAGGACTTCAAGGAGAACTCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCTCACCTCGGTCCCCACCCTCAGGAGGTTTGCCGTGCCCCTCCACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131454 GCTCACCTCGGTCCCCACCCTCAGGAGGTTTGCCGTGCCCCTCCACGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAAG         AATGCAGAAGTGGGCACAAATTTAATCAAAGTGGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131504 ACAAGGTA...CAGAATGCAGAAGTGGGCACAAATTTAATCAAAGTGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCTACAACAGCCACGGCCCTGAAGGAAGAAGATGGCCAAGTCTACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141985 TCTACAACAGCCACGGCCCTGAAGGAAGAAGATGGCCAAGTCTACTGCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCCGGAATTTCTTTATGAAG         GCTTAGAGCTTCCACGGGTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 142035 GCCGGAATTTCTTTATGAAGGTA...TAGGCTTAGAGCTTCCACGGGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATTATGCTCACAATGGAAAGCAATACCGATATGTCTTTGCTACAGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146653 ATTATGCTCACAATGGAAAGCAATACCGATATGTCTTTGCTACAGGAGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CAGTGGAGTCCAATCCCAACCAAG         ATAATAAAATATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 146703 CAGTGGAGTCCAATCCCAACCAAGGTA...CAGATAATAAAATATGACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCTCACAAAGTCATCCTTAAAATGGAGAGAGGACGACTGCTGGCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148404 TCTCACAAAGTCATCCTTAAAATGGAGAGAGGACGACTGCTGGCCAGCGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AACCCCTGTTTGTGCCCGCGCCAGGTGCCAAGGATGAGGATGACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 148454 AACCCCTGTTTGTGCCCGCGCCAGGTGCCAAGGATGAGGATGACGGTA..

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415     GAGTAATCTTATCAGCCATTGTCTCTACTGATCCCCAAAAGCTGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148504 .AAGGAGTAATCTTATCAGCCATTGTCTCTACTGATCCCCAAAAGCTGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TTTTCTGCTCATTCTGGATGCCAAAAGCTTTACGGAATTGGCCCGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151486 TTTTCTGCTCATTCTGGATGCCAAAAGCTTTACGGAATTGGCCCGTGCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CTGTTGATGTCGATATGCACATGGATCTCCATGGATTATTCATTACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151536 CTGTTGATGTCGATATGCACATGGATCTCCATGGATTATTCATTACAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATGGACTGGGACACAAAAAAGCAGGCCGCTTCTGAGGAACAGCGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151586 ATGGACTGGGACACAAAAAAGCAGGCCGCTTCTGAGGAACAGCGGGACAG

   1700     .    :    .    :    .    :
   1611 GGCTTCCGACTGCCACGGGGCTCCTCTGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 151636 GGCTTCCGACTGCCACGGGGCTCCTCTGACC