seq1 = pF1KE6747.tfa, 2568 bp
seq2 = pF1KE6747/gi568815586f_123612566.tfa (gi568815586f:123612566_123858029), 245464 bp

>pF1KE6747 2568
>gi568815586f:123612566_123858029 (Chr12)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-196  (106058-106136)   100% ->
197-294  (109786-109883)   100% ->
295-432  (112089-112226)   99% ->
433-521  (113632-113720)   98% ->
522-648  (115218-115344)   100% ->
649-731  (121361-121443)   100% ->
732-825  (122966-123059)   100% ->
826-1038  (124494-124706)   100% ->
1039-1189  (131220-131370)   100% ->
1190-1326  (131636-131772)   100% ->
1327-1514  (132032-132219)   100% ->
1515-1605  (132317-132407)   98% ->
1606-1724  (135042-135160)   100% ->
1725-1935  (136010-136220)   100% ->
1936-2055  (138545-138664)   100% ->
2056-2175  (139718-139837)   100% ->
2176-2293  (141855-141972)   100% ->
2294-2465  (144250-144421)   100% ->
2466-2568  (145362-145464)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTCCCTGTTCCGGAGCGAGACCATGTGCCTGGCGCAGCTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGTCCCTGTTCCGGAGCGAGACCATGTGCCTGGCGCAGCTCTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGTCGGGCACGGCCTACGAGTGCCTCAGCGCCCTGGGCGAGAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGTCGGGCACGGCCTACGAGTGCCTCAGCGCCCTGGGCGAGAAAGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTCCAGTTCCGAGAC         CTCAACCAGAACGTAAGTTCTTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTCCAGTTCCGAGACGTG...CAGCTCAACCAGAACGTAAGTTCTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAAGAAAATTTGTTGGTGAGGTGAAGAGGTGTGAAGAGCTAGAGCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106082 CAAAGAAAATTTGTTGGTGAGGTGAAGAGGTGTGAAGAGCTAGAGCGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTGG         TGTATTTGGTACAGGAAATTAATAGAGCTGATATTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106132 ATTGGGTA...CAGTGTATTTGGTACAGGAAATTAATAGAGCTGATATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCTTCCTGAAGGAGAGGCCAGCCCTCCTGCGCCACCCCTGAAACAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109822 CCCTTCCTGAAGGAGAGGCCAGCCCTCCTGCGCCACCCCTGAAACAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTAGAAATGCAG         GAGCAGTTGCAGAAGCTCGAGGTTGAACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 109872 CTAGAAATGCAGGTA...TAGGAGCAGTTGCAGAAGCTCGAGGTTGAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAGAGAAGTCACTAAGAACAAGGAGAAACTGAGGAAAAACTTGCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112118 GAGAGAAGTCACTAAGAACAAGGAGAAACTGAGGAAAAACTTGCTGGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGATAGAGTACACTCACATGCTGAGAGTGACAAAGACCTTTGTGAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112168 TGATAGAGTACACTCACATGCTGAGAGTGACAAAGACCTTTGTGAAACGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACGTTGAG         TTTGAACCCACTTATGAAGAATTCCCTTCCTT
        || ||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112218 AATGTTGAGGTA...TAGTTTGAACCCACTTATGAAGAATTCCCTTCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAGAGCGATTCTTTGTTGGATTACAGCTGTATGCAGAGGCTGGGAGCAA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113664 AGAGAGTGATTCTTTGTTGGATTACAGCTGTATGCAGAGGCTGGGAGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AACTGGG         ATTTGTGTCTGGCCTAATTAACCAAGGAAAAGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113714 AACTGGGGTA...CAGATTTGTGTCTGGCCTAATTAACCAAGGAAAAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAGCATTTGAAAAAATGTTGTGGAGAGTCTGCAAAGGGTACACCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115252 GAAGCATTTGAAAAAATGTTGTGGAGAGTCTGCAAAGGGTACACCATCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTCCTATGCAGAACTGGATGAATCCCTTGAAGACCCTGAAACA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 115302 GTCCTATGCAGAACTGGATGAATCCCTTGAAGACCCTGAAACAGTG...T

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   GGGGAAGTCATAAAATGGTATGTCTTTTTAATATCCTTTTGGGGAGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121359 AGGGGGAAGTCATAAAATGGTATGTCTTTTTAATATCCTTTTGGGGAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGATTGGCCACAAGGTTAAGAAGATATGTGATTG         CTACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121409 CAGATTGGCCACAAGGTTAAGAAGATATGTGATTGGTA...CAGCTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTGCCACGTGTACCCCTATCCAAACACAGCCGAGGAGCGGAGGGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122972 CTGCCACGTGTACCCCTATCCAAACACAGCCGAGGAGCGGAGGGAGATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGAGGGGCTGAACACCCGCATCCAGGATCTCTACACT         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123022 AGGAGGGGCTGAACACCCGCATCCAGGATCTCTACACTGTG...CAGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTGCACAAAACCGAGGACTATTTGAGGCAAGTGCTATGTAAAGCCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124497 CTGCACAAAACCGAGGACTATTTGAGGCAAGTGCTATGTAAAGCCGCCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTCTGTCTACAGCCGTGTGATCCAGGTGAAGAAAATGAAGGCCATCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124547 GTCTGTCTACAGCCGTGTGATCCAGGTGAAGAAAATGAAGGCCATCTATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACATGCTGAACATGTGCAGCTTTGACGTGACCAACAAGTGCCTCATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124597 ACATGCTGAACATGTGCAGCTTTGACGTGACCAACAAGTGCCTCATTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGGTCTGGTGTCCCGAGGCGGATCTGCAGGACCTGCGCCGGGCACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124647 GAGGTCTGGTGTCCCGAGGCGGATCTGCAGGACCTGCGCCGGGCACTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGAGGGCTCG         AGAGAGAGTGGTGCTACAATCCCCTCATTCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 124697 GGAGGGCTCGGTA...AAGAGAGAGAGTGGTGCTACAATCCCCTCATTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGAATATAATCCCCACAAAAGAAACACCCCCCACTCGGATCCGCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131251 TGAATATAATCCCCACAAAAGAAACACCCCCCACTCGGATCCGCACCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAATTCACCGAGGGATTTCAGAACATCGTGGATGCTTATGGAGTCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131301 AAATTCACCGAGGGATTTCAGAACATCGTGGATGCTTATGGAGTCGGAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTACAGAGAAGTCAATCCAG         CTCTCTTTACCATCATCACCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 131351 CTACAGAGAAGTCAATCCAGGTT...CAGCTCTCTTTACCATCATCACCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCCGTTTTTATTTGCTGTGATGTTTGGAGACTTCGGACATGGCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131657 TCCCGTTTTTATTTGCTGTGATGTTTGGAGACTTCGGACATGGCTTTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATGTTTTTATTTGCCCTCTTGTTGGTGTTAAATGAAAATCATCCCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131707 ATGTTTTTATTTGCCCTCTTGTTGGTGTTAAATGAAAATCATCCCAGACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AAATCAGTCACAAGAG         ATCATGAGGATGTTTTTTAATGGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 131757 AAATCAGTCACAAGAGGTA...CAGATCATGAGGATGTTTTTTAATGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GGTACATCCTCCTGCTGATGGGGCTGTTCTCAGTGTACACTGGCCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132057 GGTACATCCTCCTGCTGATGGGGCTGTTCTCAGTGTACACTGGCCTCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TACAACGACTGCTTTTCAAAGTCAGTCAACCTGTTCGGCTCTGGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132107 TACAACGACTGCTTTTCAAAGTCAGTCAACCTGTTCGGCTCTGGGTGGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CGTGTCGGCCATGTACAGCTCCAGCCACCCACCCGCAGAGCATAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132157 CGTGTCGGCCATGTACAGCTCCAGCCACCCACCCGCAGAGCATAAGAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGGTGCTTTGGAA         CGACAGCGTCGTTAGACACAACAGCATT
        |||||||||||||>>>...>>> |||||||||||||||||||||||||||
 132207 TGGTGCTTTGGAAGTA...CAGTGACAGCGTCGTTAGACACAACAGCATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTGCAGCTGGATCCAAGCATTCCTGGAGTGTTCCGAGGCCCTTATCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132345 TTGCAGCTGGATCCAAGCATTCCTGGAGTGTTCCGAGGCCCTTATCCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGGCATTGATCCT         ATTTGGAACTTGGCCACAAATCGCCTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 132395 TGGCATTGATCCTGTG...TAGATTTGGAACTTGGCCACAAATCGCCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CTTTTCTAAACTCTTTCAAAATGAAAATGTCCGTGATTTTAGGAATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135070 CTTTTCTAAACTCTTTCAAAATGAAAATGTCCGTGATTTTAGGAATCATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CATATGACTTTTGGAGTCATTCTGGGAATATTTAACCACTT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 135120 CATATGACTTTTGGAGTCATTCTGGGAATATTTAACCACTTGTA...TAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GCACTTCAGGAAGAAGTTCAACATTTACCTGGTTTCCATCCCGGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136010 GCACTTCAGGAAGAAGTTCAACATTTACCTGGTTTCCATCCCGGAACTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TCTTCATGCTCTGTATCTTTGGATACCTTATATTTATGATTTTCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136060 TCTTCATGCTCTGTATCTTTGGATACCTTATATTTATGATTTTCTACAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TGGCTGGTTTTTTCAGCAGAAACCTCCAGAGTTGCTCCCAGCATTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136110 TGGCTGGTTTTTTCAGCAGAAACCTCCAGAGTTGCTCCCAGCATTCTGAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGAATTTATTAACATGTTTTTATTCCCAGCCAGTAAAACAAGTGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136160 TGAATTTATTAACATGTTTTTATTCCCAGCCAGTAAAACAAGTGGCCTTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ACACAGGGCAG         GAGTATGTCCAGAGAGTGCTGCTGGTTGTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 136210 ACACAGGGCAGGTG...CAGGAGTATGTCCAGAGAGTGCTGCTGGTTGTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 ACAGCATTGTCTGTCCCTGTCCTCTTCTTGGGAAAGCCACTGTTTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138575 ACAGCATTGTCTGTCCCTGTCCTCTTCTTGGGAAAGCCACTGTTTTTGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GTGGCTTCACAATGGGCGTAGTTGCTTCGGGGTGAACCGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 138625 GTGGCTTCACAATGGGCGTAGTTGCTTCGGGGTGAACCGGGTA...TAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GTGGCTACACACTTATAAGGAAAGATAGTGAGGAAGAAGTTTCATTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139719 GTGGCTACACACTTATAAGGAAAGATAGTGAGGAAGAAGTTTCATTGCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GGAAGCCAAGATATAGAAGAGGGAAATCACCAGGTGGAAGATGGATGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139769 GGAAGCCAAGATATAGAAGAGGGAAATCACCAGGTGGAAGATGGATGTAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 AGAAATGGCGTGTGAAGAG         TTTAATTTTGGAGAAATATTAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 139819 AGAAATGGCGTGTGAAGAGGTA...CAGTTTAATTTTGGAGAAATATTAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TGACCCAAGTAATCCATTCCATCGAGTACTGTCTGGGATGCATCTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141877 TGACCCAAGTAATCCATTCCATCGAGTACTGTCTGGGATGCATCTCCAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 ACCGCCTCCTACCTGAGGCTCTGGGCGCTTAGCCTGGCTCACGCAC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 141927 ACCGCCTCCTACCTGAGGCTCTGGGCGCTTAGCCTGGCTCACGCACGTA.

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2294      AGTTGTCTGATGTCCTGTGGGCCATGCTGATGCGCGTGGGCCTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141977 ..CAGAGTTGTCTGATGTCCTGTGGGCCATGCTGATGCGCGTGGGCCTCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 GCGTTGACACCACCTATGGCGTCTTGCTACTGCTCCCGGTTATCGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144295 GCGTTGACACCACCTATGGCGTCTTGCTACTGCTCCCGGTTATCGCGCTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 TTTGCAGTTTTGACCATTTTCATCCTTCTGATCATGGAAGGGCTTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144345 TTTGCAGTTTTGACCATTTTCATCCTTCTGATCATGGAAGGGCTTTCTGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 GTTTCTTCACGCCATACGCCTCCACTG         GGTAGAATTTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 144395 GTTTCTTCACGCCATACGCCTCCACTGGTG...TAGGGTAGAATTTCAGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 ACAAATTCTACGTTGGTGCAGGCACCAAATTTGTTCCTTTCTCATTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145376 ACAAATTCTACGTTGGTGCAGGCACCAAATTTGTTCCTTTCTCATTCAGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .
   2530 CTACTTTCATCAAAGTTCAATAACGACGACAGTGTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145426 CTACTTTCATCAAAGTTCAATAACGACGACAGTGTGGCA