seq1 = pF1KE6734.tfa, 2733 bp
seq2 = pF1KE6734/gi568815593r_172238372.tfa (gi568815593r:172238372_172554352), 315981 bp

>pF1KE6734 2733
>gi568815593r:172238372_172554352 (Chr5)

(complement)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-156  (131857-131937)   100% ->
157-232  (148001-148076)   100% ->
233-309  (159714-159790)   100% ->
310-401  (172226-172317)   100% ->
402-427  (180538-180563)   100% ->
428-562  (191484-191618)   100% ->
563-667  (195476-195580)   100% ->
668-785  (200348-200465)   100% ->
786-1012  (203764-203990)   100% ->
1013-1062  (207021-207070)   100% ->
1063-1188  (208092-208217)   100% ->
1189-2733  (214437-215981)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCCGCGGCGCAGCATCGTGGAGGTGAAGGTGCTAGACGTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCCGCGGCGCAGCATCGTGGAGGTGAAGGTGCTAGACGTGCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGCGGGTGCCCAACAAGCATTAT         GTCTACATCATCCGGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 GCGGCGGGTGCCCAACAAGCATTATGTG...CAGGTCTACATCATCCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCACGTGGTCCAGCGGCTCCACCGAGGCCATTTACCGGCGCTACAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131873 TCACGTGGTCCAGCGGCTCCACCGAGGCCATTTACCGGCGCTACAGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTTTGACCTCCAG         ATGCAGATGTTGGACAAATTTCCCAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 131923 TTTTTTGACCTCCAGGTA...TAGATGCAGATGTTGGACAAATTTCCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAAGGAGGACAGAAGGACCCCAAGCAGCGGATCATCCCCTTTCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148027 GGAAGGAGGACAGAAGGACCCCAAGCAGCGGATCATCCCCTTTCTGCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233          GTAAGATTCTCTTCAGACGAAGCCACATCCGGGACGTGGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148077 GTA...CAGGTAAGATTCTCTTCAGACGAAGCCACATCCGGGACGTGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTCAAACGCCTGATACCAATTGATGAATACTGTAAG         GCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 159755 GTCAAACGCCTGATACCAATTGATGAATACTGTAAGGTA...CAGGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATCCAGCTGCCCCCCTACATCTCTCAGTGTGATGAGGTGCTGCAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172231 CATCCAGCTGCCCCCCTACATCTCTCAGTGTGATGAGGTGCTGCAGTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTGAGACAAGACCTGAGGACCTGAATCCCCCCAAAGA         GGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 172281 TTGAGACAAGACCTGAGGACCTGAATCCCCCCAAAGAGTA...CAGGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CACATTGGGAAAAAGAAATCTG         GGGGTGACCAAACCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 180542 CACATTGGGAAAAAGAAATCTGGTA...CAGGGGGTGACCAAACCTCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GGACCCCATGGTCCTGGAGCAGTATGTGGTGGTAGCCAACTACCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191503 GGACCCCATGGTCCTGGAGCAGTATGTGGTGGTAGCCAACTACCAGAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGGAGAGTTCGGAGATCAGCCTCAGCGTGGGGCAGGTGGTGGACATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191553 AGGAGAGTTCGGAGATCAGCCTCAGCGTGGGGCAGGTGGTGGACATCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GAGAAGAATGAGTCAG         GTTGGTGGTTCGTCAGCACTGCCGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 191603 GAGAAGAATGAGTCAGGTG...CAGGTTGGTGGTTCGTCAGCACTGCCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGAGCAAGGCTGGGTCCCTGCAACGTGCCTCGAAGGCCAGGATGGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195501 GGAGCAAGGCTGGGTCCCTGCAACGTGCCTCGAAGGCCAGGATGGGGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGGATGAGTTTTCTCTGCAGCCTGAAGAAG         AGGAGAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 195551 AGGATGAGTTTTCTCTGCAGCCTGAAGAAGGTA...CAGAGGAGAAGTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 ACAGTCATCTACCCGTACACAGCTCGGGACCAGGATGAAATGAACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200359 ACAGTCATCTACCCGTACACAGCTCGGGACCAGGATGAAATGAACCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GAGAGGGGCTGTGGTGGAGGTCATCCAGAAAAACCTGGAAGGCTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200409 GAGAGGGGCTGTGGTGGAGGTCATCCAGAAAAACCTGGAAGGCTGGTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGATCAG         GTACCAGGGCAAAGAAGGCTGGGCCCCCGCCTCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200459 AGATCAGGTA...CAGGTACCAGGGCAAAGAAGGCTGGGCCCCCGCCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TACCTAAAGAAGAACAGTGGGGAGCCCTTGCCCCCGAAGCCAGGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203798 TACCTAAAGAAGAACAGTGGGGAGCCCTTGCCCCCGAAGCCAGGCCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTCACCCTCCCACCCGGGTGCCCTTGACTTGGATGGTGTTTCCCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203848 CTCACCCTCCCACCCGGGTGCCCTTGACTTGGATGGTGTTTCCCGGCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGAACGCGGTGGGCAGGGAGAAGGAGCTGCTCAGCAGCCAGAGGGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203898 AGAACGCGGTGGGCAGGGAGAAGGAGCTGCTCAGCAGCCAGAGGGACGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGGTTTGAAGGCCGCCCGGTGCCCGACGGTGACGCCAAGCAGA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 203948 CGGTTTGAAGGCCGCCCGGTGCCCGACGGTGACGCCAAGCAGAGTG...T

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1013   GATCACCAAAGATGAGGCAGAGACCCCCTCCTCGCCGGGACATGACCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207019 AGGATCACCAAAGATGAGGCAGAGACCCCCTCCTCGCCGGGACATGACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TT         CCTCGAGGCCTCAACCTGCCGAAGCCGCCCATCCCGCCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207069 TTGTA...CAGCCTCGAGGCCTCAACCTGCCGAAGCCGCCCATCCCGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CAAGTGGAGGAAGAGTATTACACCATCGCCGAATTCCAGACAACCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208131 CAAGTGGAGGAAGAGTATTACACCATCGCCGAATTCCAGACAACCATCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGACGGCATCAGCTTCCAGGCAGGCCTGAAGGTCGAG         GTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 208181 AGACGGCATCAGCTTCCAGGCAGGCCTGAAGGTCGAGGTG...CAGGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCGAGAAAAACTTGAGTGGCTGGTGGTACATTCAGATTGAAGATAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214441 TCGAGAAAAACTTGAGTGGCTGGTGGTACATTCAGATTGAAGATAAGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GGGTGGGCCCCGGCCACCTTCATTGACAAGTACAAGAAGACGAGCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214491 GGGTGGGCCCCGGCCACCTTCATTGACAAGTACAAGAAGACGAGCAACGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GTCGAGACCCAACTTTCTGGCTCCCCTGCCCCACGAGGTGACCCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214541 GTCGAGACCCAACTTTCTGGCTCCCCTGCCCCACGAGGTGACCCAGCTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GGCTGGGGGAAGCAGCAGCGCTGGAGAACAACACGGGCAGCGAAGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214591 GGCTGGGGGAAGCAGCAGCGCTGGAGAACAACACGGGCAGCGAAGCCACG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GGCCCCTCCCGGCCCCTGCCTGACGCACCGCATGGTGTCATGGACTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214641 GGCCCCTCCCGGCCCCTGCCTGACGCACCGCATGGTGTCATGGACTCGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GTTGCCATGGTCTAAAGACTGGAAGGGCAGTAAGGATGTCCTGAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214691 GTTGCCATGGTCTAAAGACTGGAAGGGCAGTAAGGATGTCCTGAGGAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CATCTTCAGACATGTCTGCGTCAGCAGGCTACGAGGAGATCTCAGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214741 CATCTTCAGACATGTCTGCGTCAGCAGGCTACGAGGAGATCTCAGACCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GACATGGAGGAGAAGCCCAGCCTCCCTCCGCGGAAAGAATCCATCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214791 GACATGGAGGAGAAGCCCAGCCTCCCTCCGCGGAAAGAATCCATCATCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GTCGGAGGGGGAGCTGCTGGAGCGGGAGCGGGAGCGGCAGAGGACGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214841 GTCGGAGGGGGAGCTGCTGGAGCGGGAGCGGGAGCGGCAGAGGACGGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGCTCCGGGGCCCCACTCCCAAGCCTCCGGGCGTGATTTTGCCGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214891 AGCTCCGGGGCCCCACTCCCAAGCCTCCGGGCGTGATTTTGCCGATGATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CCAGCCAAACACATCCCTCCAGCCCGGGACAGCAGGAGGCCAGAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214941 CCAGCCAAACACATCCCTCCAGCCCGGGACAGCAGGAGGCCAGAGCCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 ACCTGACAAAAGCAGACTGTTCCAGCTGAAAAATGACATGGGGCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214991 ACCTGACAAAAGCAGACTGTTCCAGCTGAAAAATGACATGGGGCTGGAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GTGGCCACAAGGTCTTGGCCAAGGAAGTGAAGAAGCCCAACCTCCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215041 GTGGCCACAAGGTCTTGGCCAAGGAAGTGAAGAAGCCCAACCTCCGGCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 ATCTCCAAATCCAAAACTGACCTGCCAGAGGAGAAGCCAGATGCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215091 ATCTCCAAATCCAAAACTGACCTGCCAGAGGAGAAGCCAGATGCCACTCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CCAGAATCCCTTCTTGAAGTCCAGACCTCAGGTTAGGCCAAAACCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215141 CCAGAATCCCTTCTTGAAGTCCAGACCTCAGGTTAGGCCAAAACCAGCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 CTTCCCCCAAAACGGAGCCACCTCAGGGCGAAGACCAAGTCGACATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215191 CTTCCCCCAAAACGGAGCCACCTCAGGGCGAAGACCAAGTCGACATCTGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 AACCTCAGGAGTAAGCTCAGGCCTGCCAAGTCCCAAGACAAGTCCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215241 AACCTCAGGAGTAAGCTCAGGCCTGCCAAGTCCCAAGACAAGTCCTTGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GGATGGGGAGGGCCCCCAGGCAGTAGGGGGCCAAGACGTGGCCTTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215291 GGATGGGGAGGGCCCCCAGGCAGTAGGGGGCCAAGACGTGGCCTTCAGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 GAAGCTTCCTCCCAGGAGAGGGGCCTGGCCGCGCCCAGGACAGGACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215341 GAAGCTTCCTCCCAGGAGAGGGGCCTGGCCGCGCCCAGGACAGGACGGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 AAACAGGATGGTCTCAGCCCAAAAGAGATTTCCTGCAGAGCCCCTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215391 AAACAGGATGGTCTCAGCCCAAAAGAGATTTCCTGCAGAGCCCCTCCGAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 GCCAGCCAAGACCACAGATCCTGTGTCTAAGAGCGTGCCTGTTCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215441 GCCAGCCAAGACCACAGATCCTGTGTCTAAGAGCGTGCCTGTTCCTCTCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AAGAGGCTCCCCAGCAGAGACCTGTGGTCCCACCCCGCAGACCACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215491 AAGAGGCTCCCCAGCAGAGACCTGTGGTCCCACCCCGCAGACCACCTCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 CCAAAGAAAACCTCTTCGTCATCCAGGCCGCTCCCAGAGGTCAGAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215541 CCAAAGAAAACCTCTTCGTCATCCAGGCCGCTCCCAGAGGTCAGAGGTCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 ACAGTGTGAAGGCCACGAAAGCAGGGCAGCTCCCACCCCAGGCCGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215591 ACAGTGTGAAGGCCACGAAAGCAGGGCAGCTCCCACCCCAGGCCGTGCTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 TCCTCGTCCCTCCAAAAGCCAAACCTTTTCTCTCCAACTCTTTGGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215641 TCCTCGTCCCTCCAAAAGCCAAACCTTTTCTCTCCAACTCTTTGGGGGGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 CAGGATGACACGCGAGGCAAAGGCAGCCTGGGGCCATGGGGGACCGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215691 CAGGATGACACGCGAGGCAAAGGCAGCCTGGGGCCATGGGGGACCGGCAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 GATTGGAGAAAACAGGGAGAAAGCAGCTGCAGCCTCTGTCCCCAATGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215741 GATTGGAGAAAACAGGGAGAAAGCAGCTGCAGCCTCTGTCCCCAATGCCG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2543 ACGGCCTGAAGGACTCTTTGTATGTGGCCGTGGCCGACTTTGAAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215791 ACGGCCTGAAGGACTCTTTGTATGTGGCCGTGGCCGACTTTGAAGGAGAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2593 AAAGACACCAGCAGCTTCCAGGAAGGGACAGTGTTTGAAGTCCGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215841 AAAGACACCAGCAGCTTCCAGGAAGGGACAGTGTTTGAAGTCCGGGAGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2643 GAACAGCAGTGGCTGGTGGTTCTGCCAGGTCCTGAGCGGAGCCCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215891 GAACAGCAGTGGCTGGTGGTTCTGCCAGGTCCTGAGCGGAGCCCCTTCCT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :
   2693 GGGAAGGGTGGATTCCTTCCAACTATCTCAGAAAGAAGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215941 GGGAAGGGTGGATTCCTTCCAACTATCTCAGAAAGAAGCCG