seq1 = pF1KE6726.tfa, 2094 bp
seq2 = pF1KE6726/gi568815589f_128404806.tfa (gi568815589f:128404806_128641167), 236362 bp

>pF1KE6726 2094
>gi568815589f:128404806_128641167 (Chr9)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-321  (104071-104292)   100% ->
322-432  (110724-110834)   99% ->
433-581  (117863-118011)   100% ->
582-642  (118475-118535)   100% ->
643-897  (118787-119041)   100% ->
898-1129  (120387-120618)   100% ->
1130-1242  (122374-122486)   100% ->
1243-1312  (122651-122720)   100% ->
1313-1455  (128708-128850)   100% ->
1456-1646  (128956-129146)   100% ->
1647-1776  (131550-131679)   99% ->
1777-1881  (133181-133285)   100% ->
1882-1964  (134811-134893)   100% ->
1965-2028  (135470-135533)   100% ->
2029-2094  (136297-136362)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTCTGAGGGTCGCTGCTGGGAGACCTTGAAGGCCCTACGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGTCTGAGGGTCGCTGCTGGGAGACCTTGAAGGCCCTACGCAGTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACAAAGGTCGCCTTTGCTACTACCGCGACTGGCTGCTGCGGCGCGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 CGACAAAGGTCGCCTTTGCTACTACCGCGACTGGCTGCTGCGGCGCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GATGTTTTAGAAGAATGTATGTCTCTTCCCAAGCTATCTTCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TG...TAGGATGTTTTAGAAGAATGTATGTCTCTTCCCAAGCTATCTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATTCTGGATGGGTGGTAGAGCACGTCCTACCCCATATGCAGGAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104113 TATTCTGGATGGGTGGTAGAGCACGTCCTACCCCATATGCAGGAGAACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCTCTGTCTGAGACTTCGCCATCCTCTACGTCAGCTTCAGCCCTAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104163 ACCTCTGTCTGAGACTTCGCCATCCTCTACGTCAGCTTCAGCCCTAGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACCCTCATTTGTTCCCAAATCTCCTGACGCAAGCTCTGCCTTTTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104213 AACCCTCATTTGTTCCCAAATCTCCTGACGCAAGCTCTGCCTTTTCCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCTCCCCTGCAACACCAAATGGAACCAAG         GGCAAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104263 GCCTCCCCTGCAACACCAAATGGAACCAAGGTA...TAGGGCAAAGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCCCAGCACACAGAATCTATGGTACTTCAGTCCTCACGGGGGATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110735 GTCCCAGCACACAGAATCTATGGTACTTCAGTCCTCACGGGGGATCAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGAAGACTGCGTCCGAATGTACGAACTGGTACACAGAATGAAAGGAACA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110785 TGGAAGGCTGCGTCCGAATGTACGAACTGGTACACAGAATGAAAGGAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          GAGGGCCTGAGGCTATGGCAGGAGGAGCAGGAGAGGAAGGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110835 GTA...CAGGAGGGCCTGAGGCTATGGCAGGAGGAGCAGGAGAGGAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAAGCCCTCTCGGAGATGGCATCTGAACAACTGAAGCGGTTTGATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117904 GCAAGCCCTCTCGGAGATGGCATCTGAACAACTGAAGCGGTTTGATGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGAAGGAACTGAAGCAGCATAAAGAATTCCAGGACTTGCGGGAAGTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117954 GGAAGGAACTGAAGCAGCATAAAGAATTCCAGGACTTGCGGGAAGTAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGAAGAG         CTCCAGAGAAGCCTTGGGACACCAAGAGAAGCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 118004 GAGAAGAGGTG...CAGCTCCAGAGAAGCCTTGGGACACCAAGAGAAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAAAGCTGAGCACCGTCACAGAGCAAAG         ATTCTCAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118508 AAAAGCTGAGCACCGTCACAGAGCAAAGGTC...CAGATTCTCAACCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCTGCGGGAAGCAGAGCAGCAGCGCGTGAAGCAAGCAGAACAGGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118800 AGCTGCGGGAAGCAGAGCAGCAGCGCGTGAAGCAAGCAGAACAGGAGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTTCGGAAGGAAGAAGGCCAGATCCGCCTGCGGGCCCTCTATGCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118850 CTTCGGAAGGAAGAAGGCCAGATCCGCCTGCGGGCCCTCTATGCTCTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAGGAGATGCTGCAGCTCAGCCAGCAGCTGGATGCCTCTGAGCAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118900 GGAGGAGATGCTGCAGCTCAGCCAGCAGCTGGATGCCTCTGAGCAGCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGCCCTGCTTAAGGTCGACCTGGCTGCCTTCCAGACCCGAGGCAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118950 AAGCCCTGCTTAAGGTCGACCTGGCTGCCTTCCAGACCCGAGGCAACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGTGCAGCCTCATCTCAGGGATCATCCGGGCCTCTTCAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119000 CTGTGCAGCCTCATCTCAGGGATCATCCGGGCCTCTTCAGAGGTG...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898  AGCAGCTATCCCACAGCAGAGAGTCAAGCTGAGGCTGAGCGAGCTCTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120386 GAGCAGCTATCCCACAGCAGAGAGTCAAGCTGAGGCTGAGCGAGCTCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGGAAATGCGGGACCTCCTGATGAACTTGGGGCAGGAGATCACCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120436 GGGAAATGCGGGACCTCCTGATGAACTTGGGGCAGGAGATCACCAGAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TGCGAAGACAAGAGGAGGCAGGATGAAGAAGAGGCCCAGGTAAAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120486 TGCGAAGACAAGAGGAGGCAGGATGAAGAAGAGGCCCAGGTAAAGCTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGAGGCACAGATGCAGCAGGGACCAGAGGCCCACAAAGAGCCCCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120536 AGAGGCACAGATGCAGCAGGGACCAGAGGCCCACAAAGAGCCCCCAGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCAGCCAGGGCCCAGGAGGGAAACAGAATGAAG         ACCTCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120586 CCAGCCAGGGCCCAGGAGGGAAACAGAATGAAGGTG...CAGACCTCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTGAAGGTACAAGACATTACAATGCAGTGGTACCAGCAGCTGCAGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122382 GTGAAGGTACAAGACATTACAATGCAGTGGTACCAGCAGCTGCAGGATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTCCATGCAGTGTGTGTTGACCTTTGAGGGCCTGACCAACAGCAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122432 TTCCATGCAGTGTGTGTTGACCTTTGAGGGCCTGACCAACAGCAAGGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GTCAG         GCCAAAAAGATAAAGATGGACCTCCAGAAGGCTGCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122482 GTCAGGTA...CAGGCCAAAAAGATAAAGATGGACCTCCAGAAGGCTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ACCATCCCAGTGAGCCAAATCTCTACCATTGCAG         GCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 122687 ACCATCCCAGTGAGCCAAATCTCTACCATTGCAGGTT...CAGGCTCAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ACTGAAGGAGATCTTTGACAAGATCCACAGCCTGCTCTCTGGAAAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128715 ACTGAAGGAGATCTTTGACAAGATCCACAGCCTGCTCTCTGGAAAACCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTCAATCTGGTGGGCGCTCTGTGTCTGTCACACTTAACCCACAGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128765 TTCAATCTGGTGGGCGCTCTGTGTCTGTCACACTTAACCCACAGGGGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GACTTTGTTCAATACAAACTGGCAGAGAAATTTGTG         AAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 128815 GACTTTGTTCAATACAAACTGGCAGAGAAATTTGTGGTG...CAGAAACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGGCGAGGAGGAAGTGGCCTCTCACCATGAAGCAGCATTCCCCATTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128961 AGGCGAGGAGGAAGTGGCCTCTCACCATGAAGCAGCATTCCCCATTGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TTGTGGCATCCGGGATCTGGGAGCTCCACCCCAGAGTGGGGGACCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129011 TTGTGGCATCCGGGATCTGGGAGCTCCACCCCAGAGTGGGGGACCTCATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CTTGCTCATCTACATAAGAAGTGTCCTTACTCTGTTCCTTTCTATCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129061 CTTGCTCATCTACATAAGAAGTGTCCTTACTCTGTTCCTTTCTATCCCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TTTCAAGGAGGGAATGGCTTTGGAAGACTATCAGAG         GATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 129111 TTTCAAGGAGGGAATGGCTTTGGAAGACTATCAGAGGTA...TAGGATGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TTGGTTACCAAGTAAAGGATTCCAAAGTGGAGCAGCAAGACAACTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131555 TTGGTTACCAAGTAAAGGATTCCAAAGTGGAGCAGCAAGACAACTTTCTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AAACGCATGTCAGGGATGATCCGTCTCTACGCTGCTATCATCCAGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131605 AAACGCATGTCAGGGATGATCCGTCTCTACGCTGCTATCATCCAGCTCCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GTGGCCATATGGAAACCAACAGGAG         ATTCACCCTCATGGCT
        ||||||||||||||||| |||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 131655 GTGGCCATATGGAAACCGACAGGAGGTA...CAGATTCACCCTCATGGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TAAATCATGGATGGCGCTGGTTGGCACAGATCTTAAACATGGAGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133197 TAAATCATGGATGGCGCTGGTTGGCACAGATCTTAAACATGGAGCCCTTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TCAGATGTGACAGCCACCCTCCTCTTTGACTTCCTGGAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 133247 TCAGATGTGACAGCCACCCTCCTCTTTGACTTCCTGGAGGTA...TAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GTGTGGGAATGCCCTCATGAAGCAATACCAGGTTCAGTTCTGGAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134813 GTGTGGGAATGCCCTCATGAAGCAATACCAGGTTCAGTTCTGGAAGATGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TAATTCTCATCAAAGAGGACTACTTTCCCAG         AATTGAAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 134863 TAATTCTCATCAAAGAGGACTACTTTCCCAGGTA...TAGAATTGAAGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ATCACAAGCTCAGGACAGATGGGCTCCTTCATACGCCTCAAGCAGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135480 ATCACAAGCTCAGGACAGATGGGCTCCTTCATACGCCTCAAGCAGTTCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GGAG         AAATGTTTGCAACACAAGGACATTCCTGTCCCCAAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135530 GGAGGTA...CAGAAATGTTTGCAACACAAGGACATTCCTGTCCCCAAGG

   2200     .    :    .    :    .
   2066 GCTTTCTGACTTCCTCCTTCTGGCGCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 136334 GCTTTCTGACTTCCTCCTTCTGGCGCTCC