seq1 = pF1KE6724.tfa, 2079 bp
seq2 = pF1KE6724/gi568815595f_155793516.tfa (gi568815595f:155793516_156037689), 244174 bp

>pF1KE6724 2079
>gi568815595f:155793516_156037689 (Chr3)

1-27  (77356-77382)   100% ->
28-209  (100003-100184)   100% ->
210-324  (104412-104526)   100% ->
325-422  (110348-110445)   100% ->
423-526  (112645-112748)   100% ->
527-720  (117177-117370)   100% ->
721-886  (117599-117764)   100% ->
887-1038  (120904-121055)   100% ->
1039-1212  (122504-122677)   100% ->
1213-1318  (125718-125823)   100% ->
1319-1434  (128672-128787)   100% ->
1435-1560  (131726-131851)   100% ->
1561-1676  (138250-138365)   100% ->
1677-1807  (141401-141531)   100% ->
1808-1980  (142823-142995)   100% ->
1981-2079  (144076-144174)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTGTGCAACGGAGACTCCAAG         CTGGAGAATGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  77356 ATGGCTCTGTGCAACGGAGACTCCAAGGTC...CAGCTGGAGAATGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGGAGACCTTAAGGATGGCCACCACCACTATGAAGGAGCTGTTGTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 AGGAGACCTTAAGGATGGCCACCACCACTATGAAGGAGCTGTTGTCATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGATGCTGGTGCTCAGTACGGGAAAGTCATAGACCGAAGAGTGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 TGGATGCTGGTGCTCAGTACGGGAAAGTCATAGACCGAAGAGTGAGGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTTCGTGCAGTCTGAAATTTTCCCCTTGGAAACACCAGCATTTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100117 CTGTTCGTGCAGTCTGAAATTTTCCCCTTGGAAACACCAGCATTTGCTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGGAACAAGGATTCCG         TGCTATTATCATCTCTGGAGGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100167 AAAGGAACAAGGATTCCGGTA...CAGTGCTATTATCATCTCTGGAGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTAATTCTGTGTATGCTGAAGATGCTCCCTGGTTTGATCCAGCAATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104435 CTAATTCTGTGTATGCTGAAGATGCTCCCTGGTTTGATCCAGCAATATTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTATTGGCAAGCCTGTTCTTGGAATTTGCTATGGTATGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104485 ACTATTGGCAAGCCTGTTCTTGGAATTTGCTATGGTATGCAGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  ATGATGAATAAGGTATTTGGAGGTACTGTGCACAAAAAAAGTGTCAGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110347 GATGATGAATAAGGTATTTGGAGGTACTGTGCACAAAAAAAGTGTCAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGATGGAGTTTTCAACATTAGTGTGGATAATACATGTTCATTATTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110397 AAGATGGAGTTTTCAACATTAGTGTGGATAATACATGTTCATTATTCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423         GGGCCTTCAGAAGGAAGAAGTTGTTTTGCTTACACATGGAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110447 TA...TAGGGGCCTTCAGAAGGAAGAAGTTGTTTTGCTTACACATGGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAGTGTAGACAAAGTAGCTGATGGATTCAAGGTTGTGGCACGTTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112687 TAGTGTAGACAAAGTAGCTGATGGATTCAAGGTTGTGGCACGTTCTGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACATAGTAGCAG         GCATAGCAAATGAATCTAAAAAGTTATAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112737 ACATAGTAGCAGGTG...AAGGCATAGCAAATGAATCTAAAAAGTTATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGAGCACAGTTCCACCCTGAAGTTGGCCTTACAGAAAATGGAAAAGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117206 GGAGCACAGTTCCACCCTGAAGTTGGCCTTACAGAAAATGGAAAAGTAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACTGAAGAATTTCCTTTATGATATAGCTGGATGCAGTGGAACCTTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117256 ACTGAAGAATTTCCTTTATGATATAGCTGGATGCAGTGGAACCTTCACCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCAGAACAGAGAACTTGAGTGTATTCGAGAGATCAAAGAGAGAGTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117306 TGCAGAACAGAGAACTTGAGTGTATTCGAGAGATCAAAGAGAGAGTAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACGTCAAAAGTTTTG         GTTTTACTCAGTGGTGGAGTAGACTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117356 ACGTCAAAAGTTTTGGTA...TAGGTTTTACTCAGTGGTGGAGTAGACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AACAGTTTGTACAGCTTTGCTAAATCGTGCTTTGAACCAAGAACAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117625 AACAGTTTGTACAGCTTTGCTAAATCGTGCTTTGAACCAAGAACAAGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGCTGTGCACATTGATAATGGCTTTATGAGAAAACGAGAAAGCCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117675 TTGCTGTGCACATTGATAATGGCTTTATGAGAAAACGAGAAAGCCAGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTTGAAGAGGCCCTCAAAAAGCTTGGAATTCAGGTCAAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117725 GTTGAAGAGGCCCTCAAAAAGCTTGGAATTCAGGTCAAAGGTA...CAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATAAATGCTGCTCATTCTTTCTACAATGGAACAACAACCCTACCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120905 GATAAATGCTGCTCATTCTTTCTACAATGGAACAACAACCCTACCAATAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGATGAAGATAGAACCCCACGGAAAAGAATTAGCAAAACGTTAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120955 CAGATGAAGATAGAACCCCACGGAAAAGAATTAGCAAAACGTTAAATATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACCACAAGTCCTGAAGAGAAAAGAAAAATCATTGGGGATACTTTTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121005 ACCACAAGTCCTGAAGAGAAAAGAAAAATCATTGGGGATACTTTTGTTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 G         ATTGCCAATGAAGTAATTGGAGAAATGAACTTGAAACCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121055 GGTA...TAGATTGCCAATGAAGTAATTGGAGAAATGAACTTGAAACCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGAGGTTTTCCTTGCCCAAGGTACTTTACGGCCTGATCTAATTGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122544 AGGAGGTTTTCCTTGCCCAAGGTACTTTACGGCCTGATCTAATTGAAAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCATCCCTTGTTGCAAGTGGCAAAGCTGAACTCATCAAAACCCATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122594 GCATCCCTTGTTGCAAGTGGCAAAGCTGAACTCATCAAAACCCATCACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGACACAGAGCTCATCAGAAAGTTGAGAGAGGAG         GGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 122644 TGACACAGAGCTCATCAGAAAGTTGAGAGAGGAGGTA...TAGGGAAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TAATAGAACCTCTGAAAGATTTTCATAAAGATGAAGTGAGAATTTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125725 TAATAGAACCTCTGAAAGATTTTCATAAAGATGAAGTGAGAATTTTGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGAGAACTTGGACTTCCAGAAGAGTTAGTTTCCAGGCATCCATTTCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 125775 AGAGAACTTGGACTTCCAGAAGAGTTAGTTTCCAGGCATCCATTTCCAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1319         GTCCTGGCCTGGCAATCAGAGTAATATGTGCTGAAGAACCTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125825 TA...TAGGTCCTGGCCTGGCAATCAGAGTAATATGTGCTGAAGAACCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATATTTGTAAGGACTTTCCTGAAACCAACAATATTTTGAAAATAGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128714 ATATTTGTAAGGACTTTCCTGAAACCAACAATATTTTGAAAATAGTAGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GATTTTTCTGCAAGTGTTAAAAAG         CCACATACCCTATTACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 128764 GATTTTTCTGCAAGTGTTAAAAAGGTA...CAGCCACATACCCTATTACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GAGAGTCAAAGCCTGCACAACAGAAGAGGATCAGGAGAAGCTGATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131743 GAGAGTCAAAGCCTGCACAACAGAAGAGGATCAGGAGAAGCTGATGCAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTACCAGTCTGCATTCACTGAATGCCTTCTTGCTGCCAATTAAAACTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131793 TTACCAGTCTGCATTCACTGAATGCCTTCTTGCTGCCAATTAAAACTGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGTGTGCAG         GGTGACTGTCGTTCCTACAGTTACGTGTGTGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 131843 GGTGTGCAGGTG...CAGGGTGACTGTCGTTCCTACAGTTACGTGTGTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AATCTCCAGTAAAGATGAACCTGACTGGGAATCACTTATTTTTCTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138282 AATCTCCAGTAAAGATGAACCTGACTGGGAATCACTTATTTTTCTGGCTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GGCTTATACCTCGCATGTGTCACAACGTTAACAG         AGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 138332 GGCTTATACCTCGCATGTGTCACAACGTTAACAGGTG...CAGAGTTGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TATATATTTGGCCCACCAGTTAAAGAACCTCCTACAGATGTTACTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141408 TATATATTTGGCCCACCAGTTAAAGAACCTCCTACAGATGTTACTCCCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TTTCTTGACAACAGGGGTGCTCAGTACTTTACGCCAAGCTGATTTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141458 TTTCTTGACAACAGGGGTGCTCAGTACTTTACGCCAAGCTGATTTTGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CCCATAACATTCTCAGGGAGTCTG         GGTATGCTGGGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 141508 CCCATAACATTCTCAGGGAGTCTGGTA...TAGGGTATGCTGGGAAAATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AGCCAGATGCCGGTGATTTTGACACCATTACATTTTGATCGGGACCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142840 AGCCAGATGCCGGTGATTTTGACACCATTACATTTTGATCGGGACCCACT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TCAAAAGCAGCCTTCATGCCAGAGATCTGTGGTTATTCGAACCTTTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142890 TCAAAAGCAGCCTTCATGCCAGAGATCTGTGGTTATTCGAACCTTTATTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CTAGTGACTTCATGACTGGTATACCTGCAACACCTGGCAATGAGATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142940 CTAGTGACTTCATGACTGGTATACCTGCAACACCTGGCAATGAGATCCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GTAGAG         GTGGTATTAAAGATGGTCACTGAGATTAAGAAGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142990 GTAGAGGTA...TAGGTGGTATTAAAGATGGTCACTGAGATTAAGAAGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TCCTGGTATTTCTCGAATTATGTATGACTTAACATCAAAGCCCCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144111 TCCTGGTATTTCTCGAATTATGTATGACTTAACATCAAAGCCCCCAGGAA

   2200     .    :
   2066 CTACTGAGTGGGAG
        ||||||||||||||
 144161 CTACTGAGTGGGAG