seq1 = pF1KE6717.tfa, 2214 bp
seq2 = pF1KE6717/gi568815597f_230542607.tfa (gi568815597f:230542607_230793390), 250784 bp

>pF1KE6717 2214
>gi568815597f:230542607_230793390 (Chr1)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-234  (116858-117019)   100% ->
235-300  (118152-118217)   100% ->
301-381  (120535-120615)   100% ->
382-485  (121878-121981)   100% ->
486-594  (126070-126178)   100% ->
595-774  (126750-126929)   100% ->
775-899  (128910-129034)   100% ->
900-1026  (132392-132518)   100% ->
1027-1166  (136307-136446)   100% ->
1167-1228  (140968-141029)   100% ->
1229-1380  (142479-142630)   100% ->
1381-1578  (144329-144526)   100% ->
1579-1651  (145465-145537)   100% ->
1652-1794  (145814-145956)   100% ->
1795-1934  (147408-147547)   100% ->
1935-2115  (148778-148958)   100% ->
2116-2214  (150686-150784)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAAAAGTAGGATGAACCTGCCCAAGGGGCCGGACACGCTCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAAAAGTAGGATGAACCTGCCCAAGGGGCCGGACACGCTCTGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACAAGGACGAGTTCATGAAG         GAAGATTTCGATGTCGATC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 CGACAAGGACGAGTTCATGAAGGTG...CAGGAAGATTTCGATGTCGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTTTGTGTCTGACTGTAGGAAGCGGGTCCAGCTGGAAGAACTGAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116877 ATTTTGTGTCTGACTGTAGGAAGCGGGTCCAGCTGGAAGAACTGAGAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCTGGAGCTCTACTATAAACTTCTTAAAACAGCCATGGTCGAACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116927 GACCTGGAGCTCTACTATAAACTTCTTAAAACAGCCATGGTCGAACTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACAAGGATTATGCAGATTTTGTCAATCTTTCAACAAACTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116977 CAACAAGGATTATGCAGATTTTGTCAATCTTTCAACAAACTTGGTA...T

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   GTTGGCATGGACAAAGCCCTCAACCAGCTTTCTGTGCCTTTGGGACAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118150 AGGTTGGCATGGACAAAGCCCTCAACCAGCTTTCTGTGCCTTTGGGACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTACGAGAAGAGGTTCTG         AGCCTTAGATCGTCTGTCAGTGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 118200 TTACGAGAAGAGGTTCTGGTA...AAGAGCCTTAGATCGTCTGTCAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGAATTCGGGCAGTTGATGAACGAATGTCTAAACAAGAGGACATTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120558 AGGAATTCGGGCAGTTGATGAACGAATGTCTAAACAAGAGGACATTAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAAAAAG         ATGTGTGTATTGAGGCTTATACAAGTTATTCGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120608 AAAAAAAGGTA...TAGATGTGTGTATTGAGGCTTATACAAGTTATTCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCAGTTGAGAAAATTGAAAAAATCTTAAACTCTCAAAGTTCTAAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121911 TCAGTTGAGAAAATTGAAAAAATCTTAAACTCTCAAAGTTCTAAAGAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCTGCACTAGAAGCAAGCAG         CCCCCTTTTGACTGGACAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 121961 CTCTGCACTAGAAGCAAGCAGGTA...TAGCCCCCTTTTGACTGGACAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTTTGGAGAGAATTGCCACAGAATTTAATCAGTTACAGTTTCATGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126090 TTTTGGAGAGAATTGCCACAGAATTTAATCAGTTACAGTTTCATGCTGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAAAGCAAAGGCATGCCTCTTTTGGACAAAGTAAGACCG         CG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126140 CAAAGCAAAGGCATGCCTCTTTTGGACAAAGTAAGACCGGTA...CAGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TATAGCTGGCATTACAGCCATGTTACAGCAGTCACTGGAAGGTCTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126752 TATAGCTGGCATTACAGCCATGTTACAGCAGTCACTGGAAGGTCTCCTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TAGAAGGCCTTCAGACGTCTGACGTCGATATAATACGGCACTGCTTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126802 TAGAAGGCCTTCAGACGTCTGACGTCGATATAATACGGCACTGCTTGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACTTACGCCACGATTGACAAGACACGGGACGCGGAGGCCTTAGTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126852 ACTTACGCCACGATTGACAAGACACGGGACGCGGAGGCCTTAGTTGGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTACTAGTGAAACCATACATAGACGAG         GTGATTATAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 126902 AGTACTAGTGAAACCATACATAGACGAGGTC...TAGGTGATTATAGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGTTTGTTGAATCTCATCCCAATGGCCTTCAGGTCATGTATAATAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128923 AGTTTGTTGAATCTCATCCCAATGGCCTTCAGGTCATGTATAATAAACTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGGAGTTTGTTCCTCACCATTGCCGCCTTCTTCGAGAAGTCACAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128973 CTGGAGTTTGTTCCTCACCATTGCCGCCTTCTTCGAGAAGTCACAGGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGCCATCTCCAG         TGAAAAAGGCAATACTGTTCCTGGATATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 129023 TGCCATCTCCAGGTA...CAGTGAAAAAGGCAATACTGTTCCTGGATATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACTTTTTGGTGAATTCTGTTTGGCCACAAATAGTACAAGGATTAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132421 ACTTTTTGGTGAATTCTGTTTGGCCACAAATAGTACAAGGATTAGAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGTTACCCTCGCTTTTTAATCCTGGGAATCCCGATGCATTTCATGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 132471 AAGTTACCCTCGCTTTTTAATCCTGGGAATCCCGATGCATTTCATGAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1027        AAATATACCATAAGTATGGATTTTGTCAGAAGATTGGAACGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132521 A...TAGAAATATACCATAAGTATGGATTTTGTCAGAAGATTGGAACGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGTGTGGATCACAGGCTAGTGTAAAGAGATTAAGAGCCCATCCTGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136350 AGTGTGGATCACAGGCTAGTGTAAAGAGATTAAGAGCCCATCCTGCCTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CACAGCTTCAATAAGAAGTGGAACTTGCCTGTTTATTTTCAAATAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 136400 CACAGCTTCAATAAGAAGTGGAACTTGCCTGTTTATTTTCAAATAAGGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1167       ATTTAGAGAAATAGCGGGATCCTTAGAAGCAGCACTTACAGATG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136450 ...CAGATTTAGAGAAATAGCGGGATCCTTAGAAGCAGCACTTACAGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCTGGAAGATGCCCCAG         CTGAAAGTCCGTATTGCCTTTTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 141012 TCCTGGAAGATGCCCCAGGTA...TAGCTGAAAGTCCGTATTGCCTTTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GCTTCTCATAGAACTTGGAGCAGCCTTAGGAGGTGTTGGTCAGATGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142502 GCTTCTCATAGAACTTGGAGCAGCCTTAGGAGGTGTTGGTCAGATGAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GTTCTTGCCATTACTGGTGCATCGCCTGTGGAGACTCACTCTGCAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142552 GTTCTTGCCATTACTGGTGCATCGCCTGTGGAGACTCACTCTGCAGATTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGCACGATACTCTGTGTTTGTCAATGAG         CTTTCACTCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 142602 TGGCACGATACTCTGTGTTTGTCAATGAGGTA...CAGCTTTCACTCAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CCCATTTCTAATGAAAGTCCCAAGGAGATCAAGAAACCTTTGGTAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144341 CCCATTTCTAATGAAAGTCCCAAGGAGATCAAGAAACCTTTGGTAACTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TAGCAAAGAACCTTCCATCACCCAAGGAAACACTGAAGACCAAGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144391 TAGCAAAGAACCTTCCATCACCCAAGGAAACACTGAAGACCAAGGAAGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GTCCTTCGGAAACAAAGCCTGTGGTTTCCATTTCCCGCACTCAGCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144441 GTCCTTCGGAAACAAAGCCTGTGGTTTCCATTTCCCGCACTCAGCTCGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TATGTGGTTGCAGACCTGGACAAGCTTCAGGAGCAG         CTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 144491 TATGTGGTTGCAGACCTGGACAAGCTTCAGGAGCAGGTA...CAGCTTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGAACTCTTGGAAATAATCAAGCCAAAACTTGAAATGATTGGCTTTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145470 AGAACTCTTGGAAATAATCAAGCCAAAACTTGAAATGATTGGCTTTAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ATTTTTCTTCTATCTCAG         CAGCCCTGGAGGACTCCCAGAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 145520 ATTTTTCTTCTATCTCAGGTA...CAGCAGCCCTGGAGGACTCCCAGAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TCTTTTTCAGCCTGTGTGCCCTCCTTGAGTAGCAAGATCATCCAGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145837 TCTTTTTCAGCCTGTGTGCCCTCCTTGAGTAGCAAGATCATCCAGGATTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AAGTGACTCTTGCTTCGGTTTCCTAAAAAGCGCCCTGGAGGTTCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145887 AAGTGACTCTTGCTTCGGTTTCCTAAAAAGCGCCCTGGAGGTTCCCAGGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TTTACCGAAGAACCAATAAG         GAGGTCCCAACCACAGCTTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 145937 TTTACCGAAGAACCAATAAGGTC...CAGGAGGTCCCAACCACAGCTTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TCCTATGTGGACAGTGCTCTGAAGCCCTTATTCCAGCTTCAGAGCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147429 TCCTATGTGGACAGTGCTCTGAAGCCCTTATTCCAGCTTCAGAGCGGACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CAAGGATAAGCTCAAACAAGCAATAATTCAGCAGTGGCTAGAAGGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147479 CAAGGATAAGCTCAAACAAGCAATAATTCAGCAGTGGCTAGAAGGCACTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TCAGTGAAAGCACTCATAA         GTACTATGAAACCGTGTCAGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 147529 TCAGTGAAAGCACTCATAAGTA...AAGGTACTATGAAACCGTGTCAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GTATTAAACTCTGTGAAGAAGATGGAAGAGAGCCTGAAAAGGCTGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148800 GTATTAAACTCTGTGAAGAAGATGGAAGAGAGCCTGAAAAGGCTGAAACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 AGCCAGAAAAACCACTCCCGCCAACCCCGTCGGTCCCAGTGGTGGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148850 AGCCAGAAAAACCACTCCCGCCAACCCCGTCGGTCCCAGTGGTGGCATGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GCGACGACGACAAAATCAGGCTGCAGTTGGCCCTAGATGTTGAGTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148900 GCGACGACGACAAAATCAGGCTGCAGTTGGCCCTAGATGTTGAGTACTTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GGAGAGCAG         ATACAAAAGTTGGGACTACAAGCAAGTGACAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 148950 GGAGAGCAGGTA...CAGATACAAAAGTTGGGACTACAAGCAAGTGACAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 AAAAAGCTTCTCAGCTCTCGCAGAGCTTGTTGCTGCTGCCAAGGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150718 AAAAAGCTTCTCAGCTCTCGCAGAGCTTGTTGCTGCTGCCAAGGACCAGG

   2350     .    :    .
   2198 CAACAGCAGAGCAGCCT
        |||||||||||||||||
 150768 CAACAGCAGAGCAGCCT