seq1 = pF1KE6716.tfa, 2265 bp
seq2 = pF1KE6716/gi568815595f_196785182.tfa (gi568815595f:196785182_197030920), 245739 bp

>pF1KE6716 2265
>gi568815595f:196785182_197030920 (Chr3)

1-1513  (100001-101513)   99% ->
1514-1619  (114485-114590)   100% ->
1620-1758  (114743-114881)   100% ->
1759-1806  (115184-115231)   100% ->
1807-1884  (118352-118429)   100% ->
1885-2022  (138233-138370)   100% ->
2023-2106  (142615-142698)   100% ->
2107-2157  (144452-144502)   100% ->
2158-2265  (145632-145739)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAAAACAGAGGAAAATTCTATGGAGGAAAGGAATCCACTTAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAAAACAGAGGAAAATTCTATGGAGGAAAGGAATCCACTTAGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTGAGAAATGGAATACTGGGTTTGGAGGCTTTAAGAAGTTTTATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTGAGAAATGGAATACTGGGTTTGGAGGCTTTAAGAAGTTTTATTTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAACACTTGTGCATTCTGAAAGCTAAGCTGGGAAGGCCAGTTACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCAACACTTGTGCATTCTGAAAGCTAAGCTGGGAAGGCCAGTTACTTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATAGACAGTTGAGACATTTCCAGGGTAGAAAGAAAGCTCTTCAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATAGACAGTTGAGACATTTCCAGGGTAGAAAGAAAGCTCTTCAAATCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAAACGTGGATCAAGGATGAACACCTTTGTGCTAAGACCAAGTTCAATG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAAACGTGGATCAAGGATGAACCCCTTTGTGCTAAGACCAAGTTCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCTACTCAAAATGTTAGTACTTTGTCCTCTAAAGTGAAAAGAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGCTACTCAAAATGTTAGTACTTTGTCCTCTAAAGTGAAAAGAAAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTAAACACTTCATTTCCTCCTCAAAGACTCTCCTGAGACTCCAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTAAACACTTCATTTCCTCCTCAAAGACTCTCCTGAGACTCCAAGCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGCTGTTGTCATCAGCAAAGAATTCTGACCATGAATACTGCAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAGCTGTTGTCATCAGCAAAGAATTCTGACCATGAATACTGCAGAGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAAATCTCTTGAAGGCAGTTACTGACTTTCCATCAAATAGTGCTTTAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAAATCTCTTGAAGGCAGTTACTGACTTTCCATCAAATAGTGCTTTAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGGCCAATGGTCACAGACCTAGGACAGACCCACAACCTTCTGACTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGGCCAATGGTCACAGACCTAGGACAGACCCACAACCTTCTGACTTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATGAAGTTCAATGGGGAGAGCCAAAGTCCAGGTGAGAGTGGCACGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATGAAGTTCAATGGGGAGAGCCAAAGTCCAGGTGAGAGTGGCACGATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGTCACCTTGAACAACCATAAGAGAAAGGGCTTTTGTTACGGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGTCACCTTGAACAACCATAAGAGAAAGGGCTTTTGTTACGGCTGCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAAGGGCCGGAGCACCACAGGAATGGGGGACCCTTGATTCCAAAAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAAGGGCCGGAGCACCACAGGAATGGGGGACCCTTGATTCCAAAAAAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCAACTTAACCAACATAGAAGGATAAAATTATCTCCTCTTATGATGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCAACTTAACCAACATAGAAGGATAAAATTATCTCCTCTTATGATGTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGAAATTATCCATGATTAGATTTCGGTACAGGATTCTCAGATCCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGAAATTATCCATGATTAGATTTCGGTACAGGATTCTCAGATCCCAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCAGAACCAAAAGCAAGGTTTGCAAGCTAAGAAAAGCCCAGCGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCAGAACCAAAAGCAAGGTTTGCAAGCTAAGAAAAGCCCAGCGAAGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGTACAGAAAGTCACTGGGGACCATCAAGAGACCCGTAGGGAGAACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGTACAGAAAGTCACTGGGGACCATCAAGAGACCCGTAGGGAGAACGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGGGTGGCAGTTGCAGCCCATTTCCTTCCCCAGAACCTAAAGACCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGGGTGGCAGTTGCAGCCCATTTCCTTCCCCAGAACCTAAAGACCCTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGTCGGCATCAGCCGTACTTTCCAGATATGGACAGCAGTGCTGTGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGTCGGCATCAGCCGTACTTTCCAGATATGGACAGCAGTGCTGTGGTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGGGACGAACTCTCATGTGCCTGATTGCCACACTAAAGGAAGCTCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGGGACGAACTCTCATGTGCCTGATTGCCACACTAAAGGAAGCTCTTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGGGCAAGGAGCTTAGTTTAGACGAAGCATTCCCTGACCAACAGAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGGGCAAGGAGCTTAGTTTAGACGAAGCATTCCCTGACCAACAGAATGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGTGCCACAAACGCCTGGGACCAGTCATCCTGTTCTTCTCCTAAGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGTGCCACAAACGCCTGGGACCAGTCATCCTGTTCTTCTCCTAAGTGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GTGTACAGAGCTGATTCATGACATCCCCTTACCAGAACATCGTTCTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GTGTACAGAGCTGATTCATGACATCCCCTTACCAGAACATCGTTCTAATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCATGTTCATTTCAGAAACTGAAAGAGAAATTATGACTCTGGGTCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCATGTTCATTTCAGAAACTGAAAGAGAAATTATGACTCTGGGTCAGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AATCAGACAAGTTCTGTCAGTGATGACAGAGTAAAACTGTCAGTGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AATCAGACAAGTTCTGTCAGTGATGACAGAGTAAAACTGTCAGTGTCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AGCAGATACATCTGTGAGTAGCGTAGATGGGCCTGTGTCCCAAAAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AGCAGATACATCTGTGAGTAGCGTAGATGGGCCTGTGTCCCAAAAGGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TTCAAAATGAGAACTCATACCAGATGGAGGAGGATGGATCTCTCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TTCAAAATGAGAACTCATACCAGATGGAGGAGGATGGATCTCTCAAGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AGCATTCTTAGTTCTGAGTTGCTGGACCACCCTTACTGTAAAAGTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AGCATTCTTAGTTCTGAGTTGCTGGACCACCCTTACTGTAAAAGTCCACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GGAGGCTCCCTTGGTGTGCAGTGGACTCAAACTAGAAAATCAAGTAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GGAGGCTCCCTTGGTGTGCAGTGGACTCAAACTAGAAAATCAAGTAGGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GTGGAAAGAACAGTCAGAAAGCCTCTCCAGTGGATGATGAACAGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GTGGAAAGAACAGTCAGAAAGCCTCTCCAGTGGATGATGAACAGCTGTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GTCTGTCTTTCTG         GATTCCTAGATGAGGTTATGAAGAAGTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GTCTGTCTTTCTGGTA...AAGGATTCCTAGATGAGGTTATGAAGAAGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TGGCAGTTTGGTTCCACTCAGTGAAAAAGAAGTCCTTGGAAGATTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114513 TGGCAGTTTGGTTCCACTCAGTGAAAAAGAAGTCCTTGGAAGATTAAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 ATGTCTTTAATGAAGACTTTTCTAATAG         AAAACCATTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114563 ATGTCTTTAATGAAGACTTTTCTAATAGGTA...CAGAAAACCATTTATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 AATAGGGAAATAACAAACTATCGGGCCAGACATCAAAAATGTAACTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114756 AATAGGGAAATAACAAACTATCGGGCCAGACATCAAAAATGTAACTTCCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TATCTTCTATAATAAACACATGCTGGATATGGACGACCTGGCGACTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114806 TATCTTCTATAATAAACACATGCTGGATATGGACGACCTGGCGACTCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 ATGGTCAGAACTGGCTGAATGACCAG         GTCATTAATATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114856 ATGGTCAGAACTGGCTGAATGACCAGGTT...TAGGTCATTAATATGTAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GGTGAGCTGATAATGGATGCAGTCCCAGACAAA         GTTCACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115199 GGTGAGCTGATAATGGATGCAGTCCCAGACAAAGTA...TAGGTTCACTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 CTTCAACAGCTTTTTTCATAGACAGCTGGTAACCAAAGGATATAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118360 CTTCAACAGCTTTTTTCATAGACAGCTGGTAACCAAAGGATATAATGGAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 TAAAAAGATGGACTAAAAAG         GTGGATTTGTTTAAAAAGAGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118410 TAAAAAGATGGACTAAAAAGGTA...CAGGTGGATTTGTTTAAAAAGAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 CTTCTGTTGATTCCTATTCACCTGGAAGTCCACTGGTCTCTCATTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138254 CTTCTGTTGATTCCTATTCACCTGGAAGTCCACTGGTCTCTCATTACTGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 GACACTCTCTAATCGAATTATTTCATTTTATGATTCCCAAGGCATTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138304 GACACTCTCTAATCGAATTATTTCATTTTATGATTCCCAAGGCATTCATT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 TTAAGTTTTGTGTAGAG         AATATAAGAAAGTATTTGCTGACT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 138354 TTAAGTTTTGTGTAGAGGTA...CAGAATATAAGAAAGTATTTGCTGACT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 GAAGCCAGAGAAAAAAATAGACCTGAATTTCTTCAGGGTTGGCAGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142639 GAAGCCAGAGAAAAAAATAGACCTGAATTTCTTCAGGGTTGGCAGACTGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 TGTTACGAAG         TGTATTCCACAACAGAAAAACGACAGTGACT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 142689 TGTTACGAAGGTA...CAGTGTATTCCACAACAGAAAAACGACAGTGACT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 GTGGAGTCTTTGTGCTCCAG         TACTGCAAGTGCCTCGCCTTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 144483 GTGGAGTCTTTGTGCTCCAGGTA...CAGTACTGCAAGTGCCTCGCCTTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 GAGCAGCCTTTCCAGTTTTCACAAGAAGACATGCCCCGAGTGCGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145653 GAGCAGCCTTTCCAGTTTTCACAAGAAGACATGCCCCGAGTGCGGAAGAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .
   2229 GATTTACAAGGAGCTATGTGAGTGCCGGCTCATGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145703 GATTTACAAGGAGCTATGTGAGTGCCGGCTCATGGAC