seq1 = pF1KE6712.tfa, 2802 bp
seq2 = pF1KE6712/gi568815593f_141376117.tfa (gi568815593f:141376117_141611170), 235054 bp

>pF1KE6712 2802
>gi568815593f:141376117_141611170 (Chr5)

1-2430  (100001-102430)   99% ->
2431-2489  (118691-118749)   100% ->
2490-2578  (129277-129365)   100% ->
2579-2802  (134831-135054)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCCCAGAGGCCTGGAGGAGCGGACTGGTAAGCACCGGGAGGGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCCCAGAGGCCTGGAGGAGCGGACTGGTAAGCACCGGGAGGGTAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAGTTTTGCTTCTGCTTGGTGCCTTGAACAAGGCTTCCACGGTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAGTTTTGCTTCTGCTTGGTGCCTTGAACAAGGCTTCCACGGTCATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTATGAGATCCCGGAGGAAAGAGAGAAGGGTTTCGCTGTGGGCAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTATGAGATCCCGGAGGAAAGAGAGAAGGGTTTCGCTGTGGGCAACGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCGCGAACCTTGGTTTGGATCTCGGTAGCCTCTCAGCCCGCAGGTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCGCGAACCTTGGTTTGGATCTCGGTAGCCTCTCAGCCCGCAGGTTCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGGTGTCTGGAGCTAGCCGAAGATTCTTTGAGGTGAACCGGGAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGGTGTCTGGAGCTAGCCGAAGATTCTTTGAGGTGAACCGGGAGACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGAGATGTTTGTGAACGACCGTCTGGATCGAGAGGAGCTGTGTGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGAGATGTTTGTGAACGACCGTCTGGATCGAGAGGAGCTGTGTGGGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCCCTCTTGCACTGTAACTCTGGAGTTGGTAGTGGAGAACCCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCCCTCTTGCACTGTAACTCTGGAGTTGGTAGTGGAGAACCCGCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGTTCAGCGTGGAAGTGGTGATCCAGGACATCAACGACAACAATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGTTCAGCGTGGAAGTGGTGATCCAGGACATCAACGACAACAATCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTTTCCCTACCCAGGAAATGAAATTGGAGATTAGCGAGGCCGTGGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTTTCCCTACCCAGGAAATGAAATTGGAGATTAGCGAGGCCGTGGCTCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGACGCGCTTTCCGCTCGAGAGCGCGCACGATCCCGATGTGGGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGACGCGCTTTCCGCTCGAGAGCGCGCACGATCCCGATGTGGGAAGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCTTTACAAACCTATGAGCTGAGCCGAAATGAATACTTTGCGCTTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTCTTTACAAACCTATGAGCTGAGCCGAAATGAATACTTTGCGCTTCGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCAGACGCGGGAGGACAGCACCAAGTACGCGGAGCTGGTGTTGGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCAGACGCGGGAGGACAGCACCAAGTACGCGGAGCTGGTGTTGGAGCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCCTGGACCGAGAACGGGAGCCTAGTCTCCAGTTAGTGCTGACGGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCCTGGACCGAGAACGGGAGCCTAGTCTCCAGTTAGTGCTGACGGCGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGACGGAGGGACCCCAGCTCTCTCCGCCAGCCTGCCTATTCACATCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGACGGAGGGACCCCAGCTCTCTCCGCCAGCCTGCCTATTCACATCAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCTGGACGCGAACGACAATGCGCCTGTCTTCAACCAGTCCTTGTACCGG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGCTGGACGCGAATGACAATGCGCCTGTCTTCAACCAGTCCTTGTACCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCGCGCGTCCTGGAGGATGCACCCTCCGGCACGCGCGTGGTACAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCGCGCGTCCTGGAGGATGCACCCTCCGGCACGCGCGTGGTACAAGTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCAACGGATCTGGATGAAGGCCCCAACGGTGAAATTATTTACTCCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCAACGGATCTGGATGAAGGCCCCAACGGTGAAATTATTTACTCCTTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCAGCCACAACCGCGCCGGCGTGCGGCAACTATTCGCCTTAGACCTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCAGCCACAACCGCGCCGGCGTGCGGCAACTATTCGCCTTAGACCTTGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACCGGGATGCTGACAATCAAGGGTCGGCTGGACTTCGAGGACACCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACCGGGATGCTGACAATCAAGGGTCGGCTGGACTTCGAGGACACCAAACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCATGAGATTTACATCCAGGCCAAAGACAAGGGCGCCAATCCCGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCATGAGATTTACATCCAGGCCAAAGACAAGGGCGCCAATCCCGAAGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CACATTGCAAAGTGTTGGTGGAGGTTGTGGATGTGAATGACAACGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CACATTGCAAAGTGTTGGTGGAGGTTGTGGATGTGAATGACAACGCCCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGATCACAGTCACCTCCGTGTACAGCCCAGTACCCGAGGATGCCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGATCACAGTCACCTCCGTGTACAGCCCAGTACCCGAGGATGCCCCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGGGACTGTCATCGCTTTGCTCAGTGTGACTGACCTGGATGCTGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGGGACTGTCATCGCTTTGCTCAGTGTGACTGACCTGGATGCTGGCGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ACGGGCTGGTGACCTGCGAAGTTCCACCGGGTCTCCCTTTCAGCCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ACGGGCTGGTGACCTGCGAAGTTCCACCGGGTCTCCCTTTCAGCCTTACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TCTTCCCTCAAGAATTACTTCACTTTGAAAACCAGTGCAGACCTGGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TCTTCCCTCAAGAATTACTTCACTTTGAAAACCAGTGCAGACCTGGATCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGAGACTGTGCCAGAATACAACCTCAGCATCACCGCCCGAGACGCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGAGACTGTGCCAGAATACAACCTCAGCATCACCGCCCGAGACGCCGGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CCCCTTCCCTCTCAGCCCTTACAATAGTGCGTGTTCAAGTGTCCGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CCCCTTCCCTCTCAGCCCTTACAATAGTGCGTGTTCAAGTGTCCGACATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AATGACAACCCTCCACAATCTTCTCAATCTTCCTACGACGTTTACATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AATGACAACCCTCCACAATCTTCTCAATCTTCCTACGACGTTTACATTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 AGAAAACAACCTCCCCGGGGCTCCAATACTAAACCTAAGTGTCTGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 AGAAAACAACCTCCCCGGGGCTCCAATACTAAACCTAAGTGTCTGGGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CCGACGCCCCGCAGAATGCTCGGCTTTCTTTCTTTCTCTTGGAGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CCGACGCCCCGCAGAATGCTCGGCTTTCTTTCTTTCTCTTGGAGCAAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GCTGAAACCGGGCTAGTGGGTCGCTATTTCACAATAAATCGTGACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GCTGAAACCGGGCTAGTGGGTCGCTATTTCACAATAAATCGTGACAATGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CATAGTGTCATCCTTAGTGCCCCTAGACTATGAGGATCGGCGGGAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CATAGTGTCATCCTTAGTGCCCCTAGACTATGAGGATCGGCGGGAATTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 AATTAACAGCTCATATCAGCGATGGGGGCACCCCGGTCCTAGCCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 AATTAACAGCTCATATCAGCGATGGGGGCACCCCGGTCCTAGCCACCAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 ATCAGCGTGAACATATTTGTCACTGATCGCAATGACAATGCCCCCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 ATCAGCGTGAACATATTTGTCACTGATCGCAATGACAATGCCCCCCAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CCTATATCCTCGGCCAGGTGGGAGCTCGGTGGAGATGCTGCCTCGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 CCTATATCCTCGGCCAGGTGGGAGCTCGGTGGAGATGCTGCCTCGAGGTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 CCTCAGCTGGCCACCTAGTGTCACGGGTGGTAGGCTGGGACGCGGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 CCTCAGCTGGCCACCTAGTGTCACGGGTGGTAGGCTGGGACGCGGATGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 GGGCACAATGCCTGGCTCTCCTACAGTCTCTTGGGATCCCCTAACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 GGGCACAATGCCTGGCTCTCCTACAGTCTCTTGGGATCCCCTAACCAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 CCTTTTTGCCATAGGGCTGCACACTGGTCAAATCAGTACTGCCCGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 CCTTTTTGCCATAGGGCTGCACACTGGTCAAATCAGTACTGCCCGTCCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 TCCAAGACACAGATTCACCCAGGCAGACTCTCACGGTCTTGATCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 TCCAAGACACAGATTCACCCAGGCAGACTCTCACGGTCTTGATCAAAGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 AATGGGGAGCCTTCGCTCTCCACCACTGCTACCCTCACTGTGTCAGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 AATGGGGAGCCTTCGCTCTCCACCACTGCTACCCTCACTGTGTCAGTAAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CGAGGACTCTCCTGAAGCCCGAGCCGAGTTCCCCTCTGGCTCTGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CGAGGACTCTCCTGAAGCCCGAGCCGAGTTCCCCTCTGGCTCTGCCCCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 GGGAGCAGAAAAAAAATCTCACCTTTTATCTACTTCTTTCTCTAATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 GGGAGCAGAAAAAAAATCTCACCTTTTATCTACTTCTTTCTCTAATCCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 GTTTCTGTGGGGTTTGTGGTCACAGTGTTCGGAGTAATCATATTCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 GTTTCTGTGGGGTTTGTGGTCACAGTGTTCGGAGTAATCATATTCAAAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 TTACAAGTGGAAGCAGTCTAGAGACCTATACCGAGCCCCGGTGAGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 TTACAAGTGGAAGCAGTCTAGAGACCTATACCGAGCCCCGGTGAGCTCAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 TGTACCGAACACCAGGGCCCTCCTTGCACGCGGACGCCGTGCGGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 TGTACCGAACACCAGGGCCCTCCTTGCACGCGGACGCCGTGCGGGGAGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 CTGATGTCGCCGCACCTTTACCATCAGGTGTATCTCACCACGGACTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 CTGATGTCGCCGCACCTTTACCATCAGGTGTATCTCACCACGGACTCCCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 CCGCAGCGACCCGCTGCTGAAGAAACCTGGTGCAGCCAGTCCACTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 CCGCAGCGACCCGCTGCTGAAGAAACCTGGTGCAGCCAGTCCACTGGCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 GCCGCCAGAACACGCTGCGGAGCTGTGATCCGGTGTTCTATAGGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 GCCGCCAGAACACGCTGCGGAGCTGTGATCCGGTGTTCTATAGGCAGGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 TTGGGTGCAGAGAGCGCCCCTCCCGGACAG         CAAGCCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102401 TTGGGTGCAGAGAGCGCCCCTCCCGGACAGGTA...CAGCAAGCCCCGCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2442 CAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118702 CAACACGGACTGGCGTTTCTCTCAGGCCCAGAGACCCGGCACCAGCGGGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2490        CTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118752 A...CAGCTCCCAAAATGGCGATGACACCGGCACCTGGCCCAACAACCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 TTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 129320 TTTGACACAGAGATGCTGCAAGCCATGATCTTGGCGTCCGCCAGTGGTA.

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2579      AAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129370 ..CAGAAGCTGCTGATGGGAGCTCCACCCTGGGAGGGGGTGCCGGCACCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2624 TGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCCAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134876 TGGGATTGAGCGCCCGCTACGGACCCCAGTTCACCCTGCAGCACGTGCCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2674 GACTACCGCCAGAATGTCTACATCCCAGGCAGCAATGCCACACTGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134926 GACTACCGCCAGAATGTCTACATCCCAGGCAGCAATGCCACACTGACCAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2724 CGCAGCTGGCAAGCGGGATGGCAAGGCCCCAGCAGGTGGCAATGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134976 CGCAGCTGGCAAGCGGGATGGCAAGGCCCCAGCAGGTGGCAATGGCAACA

   2800     .    :    .    :    .
   2774 AGAAGAAGTCGGGCAAGAAGGAGAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 135026 AGAAGAAGTCGGGCAAGAAGGAGAAGAAG