seq1 = pF1KE6708.tfa, 2217 bp
seq2 = pF1KE6708/gi568815594r_1714503.tfa (gi568815594r:1714503_1949210), 234708 bp

>pF1KE6708 2217
>gi568815594r:1714503_1949210 (Chr4)

(complement)

1-82  (93261-93342)   100% ->
83-143  (100002-100062)   100% ->
144-594  (107414-107864)   100% ->
595-738  (112639-112782)   100% ->
739-876  (114229-114366)   100% ->
877-1080  (116264-116467)   100% ->
1081-1200  (123528-123647)   100% ->
1201-1332  (125436-125567)   100% ->
1333-1476  (126080-126223)   100% ->
1477-1608  (126899-127030)   100% ->
1609-1743  (129739-129873)   100% ->
1744-1931  (132297-132484)   99% ->
1932-2070  (133409-133547)   100% ->
2071-2217  (134638-134784)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCATCTTACTGAGGAGCTGCCGCGGCCGGGCGCCCGCCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  93261 ATGGCGTCCATCTTACTGAGGAGCTGCCGCGGCCGGGCGCCCGCCCGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGCCGCCGCCTCGGTACACCGTCCCGCGGG         GTAGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  93311 CCCGCCGCCGCCTCGGTACACCGTCCCGCGGGGTA...CAGGTAGTCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGATCCTGCTCATCTCAGCTGTGCCAGCACCCTGGGGTTGAGGAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 GGGATCCTGCTCATCTCAGCTGTGCCAGCACCCTGGGGTTGAGGAACTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CT         GAATGTTCCATTTGGCTGCTGCACTCCCATCCACCCTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 CTGTG...AAGGAATGTTCCATTTGGCTGCTGCACTCCCATCCACCCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTACACATCCTCCAGAGGCGATCACCTCGGCTGTTGGGCTCTGAGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107453 GTACACATCCTCCAGAGGCGATCACCTCGGCTGTTGGGCTCTGAGGCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTGCCTTCGCATAGTGTCGAGAGCGCCATGGACCTCTACCTCTGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107503 AGTGCCTTCGCATAGTGTCGAGAGCGCCATGGACCTCTACCTCTGTGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGTGGCTGTGGGACCTCAGTGCCTTCCTGTGCGTGGCTGGCACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107553 TTTGTGGCTGTGGGACCTCAGTGCCTTCCTGTGCGTGGCTGGCACTCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCGCCCTGTTCGCGATGACTCGGTAGTAGAGAAGTCCCTCAAGTCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107603 GCGCCCTGTTCGCGATGACTCGGTAGTAGAGAAGTCCCTCAAGTCCTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGACAAGAACAAGAAGCTGGAGGAAGGCGGCCCGGTGTACAGCCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107653 AGGACAAGAACAAGAAGCTGGAGGAAGGCGGCCCGGTGTACAGCCCCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCAGAGGTGGTGGTGAAGAAGTCCCTGGGGCAGCGGGTGCTGGACGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107703 GCAGAGGTGGTGGTGAAGAAGTCCCTGGGGCAGCGGGTGCTGGACGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAAGCACTACTACCATGGCTTCCGCCTGCTATGGATCGACACCAAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107753 GAAGCACTACTACCATGGCTTCCGCCTGCTATGGATCGACACCAAGATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGGCACGCATGCTCTGGCGCATCCTCAACGGCCACAGCCTGACCCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107803 CGGCACGCATGCTCTGGCGCATCCTCAACGGCCACAGCCTGACCCGCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGCGCAGGCAG         TTTCTCCGGATCTGCGCTGACCTCTTCCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107853 GAGCGCAGGCAGGTA...CAGTTTCTCCGGATCTGCGCTGACCTCTTCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTGGTGCCGTTCCTTGTGTTCGTGGTGGTGCCGTTCATGGAGTTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112668 CCTGGTGCCGTTCCTTGTGTTCGTGGTGGTGCCGTTCATGGAGTTTCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCCTGTTGCTGTGAAGCTCTTCCCCAACATGTTGCCATCCACATTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112718 TGCCTGTTGCTGTGAAGCTCTTCCCCAACATGTTGCCATCCACATTTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACTCAGTCACTCAAG         GAGGAGAGGCTGAAGAAGGAGCTTCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112768 ACTCAGTCACTCAAGGTA...CAGGAGGAGAGGCTGAAGAAGGAGCTTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGTCAAGCTGGAGCTGGCCAAGTTCCTCCAGGACACCATCGAGGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114255 GGTCAAGCTGGAGCTGGCCAAGTTCCTCCAGGACACCATCGAGGAGATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCTTGAAGAACAAGGCAGCCAAGGGCAGCGCCACCAAAGACTTCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114305 CCTTGAAGAACAAGGCAGCCAAGGGCAGCGCCACCAAAGACTTCTCTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTTTCCAGAAG         ATCCGGGAAACAGGGGAGAGGCCCAGCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 114355 TTTTTCCAGAAGGTG...CAGATCCGGGAAACAGGGGAGAGGCCCAGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGAGGAAATCATGCGTTTTTCCAAATTATTTGAGGATGAGCTGACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116293 TGAGGAAATCATGCGTTTTTCCAAATTATTTGAGGATGAGCTGACCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACAACCTGACACGGCCGCAGCTGGTGGCCCTGTGCAAGCTGCTGGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116343 ACAACCTGACACGGCCGCAGCTGGTGGCCCTGTGCAAGCTGCTGGAGCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGTCCATCGGCACCAACAACTTCCTGCGCTTCCAGCTTACCATGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116393 CAGTCCATCGGCACCAACAACTTCCTGCGCTTCCAGCTTACCATGCGGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCGCTCCATAAAGGCAGACGACAAG         CTGATTGCTGAGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 116443 GCGCTCCATAAAGGCAGACGACAAGGTG...TAGCTGATTGCTGAGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGGTGGACAGCCTGAATGTCAAGGAGCTGCAGGCAGCGTGTCGGGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123544 GGGTGGACAGCCTGAATGTCAAGGAGCTGCAGGCAGCGTGTCGGGCACGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGCATGCGGGCCCTGGGCGTCACGGAAGACCGCCTGAGGGGTCAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123594 GGCATGCGGGCCCTGGGCGTCACGGAAGACCGCCTGAGGGGTCAGCTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCAG         TGGCTGGACCTGCACCTGCATCAGGAGATCCCCACAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123644 GCAGGTG...CAGTGGCTGGACCTGCACCTGCATCAGGAGATCCCCACAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CGCTGCTCATCCTGTCCCGGGCCATGTACCTCCCGGACACCCTCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125473 CGCTGCTCATCCTGTCCCGGGCCATGTACCTCCCGGACACCCTCTCTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCCGACCAGCTCAAGTCCACACTGCAGACCCTCCCAGAGATTGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 125523 GCCGACCAGCTCAAGTCCACACTGCAGACCCTCCCAGAGATTGTGGTA..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333     GCAAAGGAAGCACAGGTGAAAGTGGCCGAGGTGGAGGGCGAGCAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125573 .AAGGCAAAGGAAGCACAGGTGAAAGTGGCCGAGGTGGAGGGCGAGCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGGACAACAAGGCCAAGCTGGAGGCCACGCTGCAGGAGGAGGCGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126126 TGGACAACAAGGCCAAGCTGGAGGCCACGCTGCAGGAGGAGGCGGCCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CAGCAGGAGCACCGTGAGAAGGAGCTGCAGAAGCGCTCGGAGGTGGCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 126176 CAGCAGGAGCACCGTGAGAAGGAGCTGCAGAAGCGCTCGGAGGTGGCGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1477        AAGGATTTTGAGCCCGAACGTGTGGTAGCTGCTCCCCAAAGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126226 A...CAGAAGGATTTTGAGCCCGAACGTGTGGTAGCTGCTCCCCAAAGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CGGGGACCGAGCCACAGCCAGAAATGCCTGACACAGTCCTGCAGTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126942 CGGGGACCGAGCCACAGCCAGAAATGCCTGACACAGTCCTGCAGTCAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ACCTTGAAGGACACTGCCCCGGTGCTGGAGGGCTTGAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126992 ACCTTGAAGGACACTGCCCCGGTGCTGGAGGGCTTGAAGGTA...CAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GGAAGAGATCACGAAGGAGGAAATCGACATCCTCAGCGATGCCTGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129741 GGAAGAGATCACGAAGGAGGAAATCGACATCCTCAGCGATGCCTGCTCTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGCTGCAGGAGCAGAAGAAGTCACTCACCAAGGAGAAGGAGGAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129791 AGCTGCAGGAGCAGAAGAAGTCACTCACCAAGGAGAAGGAGGAGCTGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CTGCTGAAGGAGGATGTGCAGGACTACAGCGAG         GACTTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 129841 CTGCTGAAGGAGGATGTGCAGGACTACAGCGAGGTG...TAGGACTTGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GGAGATCAAGAAGGAACTTTCAAAGACTGGTGAAGAAAAATACGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 132305 GGAGATCAAGAAGGAACTTTCAAAGACTGGTGAAGAAAAGTACGTGGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AATCTAAAGCCAGCAAGAGATTGACAAAAAGGGTGCAGCAAATGATCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132355 AATCTAAAGCCAGCAAGAGATTGACAAAAAGGGTGCAGCAAATGATCGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CAGATCGATGGCTTGATCTCGCAGCTGGAGATGGACCAGCAGGCTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132405 CAGATCGATGGCTTGATCTCGCAGCTGGAGATGGACCAGCAGGCTGGCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GCTGGCCCCGGCCAACGGCATGCCCACGGG         GGAGAACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 132455 GCTGGCCCCGGCCAACGGCATGCCCACGGGGTG...CAGGGAGAACGTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TCAGTGTCGCTGAGCTCATCAACGCCATGAAGCAAGTCAAGCACATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133420 TCAGTGTCGCTGAGCTCATCAACGCCATGAAGCAAGTCAAGCACATTCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GAAAGCAAGCTCACCAGCCTGGCCGCAGCACTGGATGAAAACAAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133470 GAAAGCAAGCTCACCAGCCTGGCCGCAGCACTGGATGAAAACAAGGATGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 CAAGGTCAACATCGACGACCTCGTCAAG         GTGATTGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 133520 CAAGGTCAACATCGACGACCTCGTCAAGGTG...TAGGTGATTGAGCTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 TGGACAAAGAAGATGTTCACATCTCCACCAGCCAGGTGGCTGAGATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134651 TGGACAAAGAAGATGTTCACATCTCCACCAGCCAGGTGGCTGAGATTGTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GCAACACTGGAAAAAGAGGAGAAGGTGGAGGAGAAGGAGAAGGCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134701 GCAACACTGGAAAAAGAGGAGAAGGTGGAGGAGAAGGAGAAGGCCAAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :
   2184 GAAGGCAGAGAAGGAGGTCGCAGAGGTGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134751 GAAGGCAGAGAAGGAGGTCGCAGAGGTGAAGAGC