seq1 = pF1KE6706.tfa, 3012 bp
seq2 = pF1KE6706/gi568815595f_149029724.tfa (gi568815595f:149029724_149272219), 242496 bp

>pF1KE6706 3012
>gi568815595f:149029724_149272219 (Chr3)

1-217  (100001-100217)   100% ->
218-712  (110281-110775)   100% ->
713-884  (111294-111465)   100% ->
885-970  (111572-111657)   100% ->
971-1163  (115631-115823)   100% ->
1164-1245  (120876-120957)   100% ->
1246-1400  (123771-123925)   100% ->
1401-1509  (125384-125492)   99% ->
1510-1691  (127627-127808)   100% ->
1692-1872  (128943-129123)   100% ->
1873-2106  (130323-130556)   100% ->
2107-2292  (132425-132610)   100% ->
2293-2481  (132967-133155)   100% ->
2482-2589  (134119-134226)   100% ->
2590-2796  (137311-137517)   100% ->
2797-2887  (138170-138260)   100% ->
2888-3012  (142372-142496)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCAGCTGTACAACCTGCACCCGTTCGGGTCGCAGCAGGTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCAGCTGTACAACCTGCACCCGTTCGGGTCGCAGCAGGTGGTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCAAGCTGGAGCCGGACCGGTTCTGTGGCGGGGGGCGTGACGCGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCAAGCTGGAGCCGGACCGGTTCTGTGGCGGGGGGCGTGACGCGCTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGTGGCGGCGGGCTGCAAGGTGGAGGCGTTCGCGGTGGCCGGCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGTGGCGGCGGGCTGCAAGGTGGAGGCGTTCGCGGTGGCCGGCCAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGTGCCAGCCGCGGTGCGCCTTCTCCACGCTGGGCCGGGTGTTGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGTGCCAGCCGCGGTGCGCCTTCTCCACGCTGGGCCGGGTGTTGCGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCTACAGCGAGGCTG         GAGATTATTTGGTAGCAATTGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCTACAGCGAGGCTGGTG...CAGGAGATTATTTGGTAGCAATTGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAAAACAAAGCTACATTTCTACGTGCTTATGTGAACTGGAGAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110305 AGAAAAACAAAGCTACATTTCTACGTGCTTATGTGAACTGGAGAAATAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGACTGAAAACTCTCGTGTGTGTATCCGAATGATTGGGCATAATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110355 AGGACTGAAAACTCTCGTGTGTGTATCCGAATGATTGGGCATAATGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGACCATTCAGCAAAGCCTTCAGAGACCAGATGTACATTATTGAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110405 GGGACCATTCAGCAAAGCCTTCAGAGACCAGATGTACATTATTGAAATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGCTTTCGGAGGCCCCCTTGTGCATTTCCTGTTGCCCTGTGAAAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110455 CGCTTTCGGAGGCCCCCTTGTGCATTTCCTGTTGCCCTGTGAAAGGAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTTCTCGTTGGCTGCACAAATAAATTAGTCTTATTTAGTTTGAAGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110505 CTTCTCGTTGGCTGCACAAATAAATTAGTCTTATTTAGTTTGAAGTACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GATCATTAATGAGGAATTCTCACTATTGGACTTTGAACGTTCTTTAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110555 GATCATTAATGAGGAATTCTCACTATTGGACTTTGAACGTTCTTTAATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TACACATAGATAATATCACTCCTGTTGAGGTTTCTTTTTGTGTTGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110605 TACACATAGATAATATCACTCCTGTTGAGGTTTCTTTTTGTGTTGGATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTTGCTGTCATGTCAGACTTAGAAGTCTTAATCGTAAAACTGGAGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110655 GTTGCTGTCATGTCAGACTTAGAAGTCTTAATCGTAAAACTGGAGTCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCCTAAAAATGGAGAGAGAGTTCACCACCATCCACATAAGACCAACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110705 CCCTAAAAATGGAGAGAGAGTTCACCACCATCCACATAAGACCAACAATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GAATAAGACGGACAGAAGAAG         GCATCAGTAATGAAATTTCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110755 GAATAAGACGGACAGAAGAAGGTA...AAGGCATCAGTAATGAAATTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAGCTTGAGTCAGATGATTTTGTCATCTGCCAGAAGCCCCTGGAACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111314 CAGCTTGAGTCAGATGATTTTGTCATCTGCCAGAAGCCCCTGGAACTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGGTGAAAAAAGTGAACAGTCTGGATTATCTGTTACACTGGAGTCTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111364 TGGTGAAAAAAGTGAACAGTCTGGATTATCTGTTACACTGGAGTCTACGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GATTAGCTGATGAAAAAAGAAAATATTCCCACTTTCAGCACCTGCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111414 GATTAGCTGATGAAAAAAGAAAATATTCCCACTTTCAGCACCTGCTCTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AG         ACGTTTTGCTCCTGATATTTCGTCCTATGTCTTGTCTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111464 AGGTA...CAGACGTTTTGCTCCTGATATTTCGTCCTATGTCTTGTCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGACATCAAGCTACATTCCCTCCAGCTGCTACCCATTTACCAGACCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111611 TGACATCAAGCTACATTCCCTCCAGCTGCTACCCATTTACCAGACCGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    971       GTTCTCTTACATCTGATGGAAAAAATTTGTCTCAGGAAAAAGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111661 ...CAGGTTCTCTTACATCTGATGGAAAAAATTTGTCTCAGGAAAAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTGCTGAGTCTCTTTTGCTTTTTCTCCTTACCTCATGTGGGCTATCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115675 TTGCTGAGTCTCTTTTGCTTTTTCTCCTTACCTCATGTGGGCTATCTCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CATGGTTGTCAAATCTGTTGAATTGATGTCAGTCTACCAGTATCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115725 CATGGTTGTCAAATCTGTTGAATTGATGTCAGTCTACCAGTATCCTGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGTCTCAGCAGGCAGTACTCACGCCACAATTTTTGCACGTCATTACAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 115775 AGTCTCAGCAGGCAGTACTCACGCCACAATTTTTGCACGTCATTACAAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1164         TAACAACCTGCAGTGTTTCACTGTGCGGTGCAGTGCGGCGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115825 TA...CAGTAACAACCTGCAGTGTTTCACTGTGCGGTGCAGTGCGGCGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 AGCTCGTGAGGAGGACCCGTACATGGACACCACCCTGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 120918 AGCTCGTGAGGAGGACCCGTACATGGACACCACCCTGAAGGTA...TAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTTGCCCACCTGTCAGTATGGATGTCTGTGCTTTAAGAATACAGCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123772 CTTGCCCACCTGTCAGTATGGATGTCTGTGCTTTAAGAATACAGCTTTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ATAGGCTTGAAAGCCATCTGTCACTTTAAAAACCACATCATACTTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123822 ATAGGCTTGAAAGCCATCTGTCACTTTAAAAACCACATCATACTTTTGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TAAAGCAGAACCTGAAGCCATTCCAGAGAGAAGACAGTCACCCAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123872 TAAAGCAGAACCTGAAGCCATTCCAGAGAGAAGACAGTCACCCAAGAGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TTCT         TTCGAGAAAAGATACCAGTGTTAAAATCAAAATACCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123922 TTCTGTA...TAGTTCGAGAAAAGATACCAGTGTTAAAATCAAAATACCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CCTGTAGCTGAGGCTGGGTGGAATTTGTATATTGTGAATACGATCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125421 CCTGTAGCTGAGGCTGGGTGGAATTTGTATATTGTGAATACGATCTCACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 AGTGCAACTGTACAAAGAGATG         GTAGACTATAGCAATACCT
        |||||| |||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 125471 AGTGCAGCTGTACAAAGAGATGGTA...TAGGTAGACTATAGCAATACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ATAAGACTGTCAAAACCCAGAGCTGCATTCACCTTCTCAGTGAGGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127646 ATAAGACTGTCAAAACCCAGAGCTGCATTCACCTTCTCAGTGAGGCTCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CTGTTAGTGCGAGCTGCCCTGATGGATGCCAGTCAGCTGGAACCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127696 CTGTTAGTGCGAGCTGCCCTGATGGATGCCAGTCAGCTGGAACCTGGAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GAAGGCAGAGCTTTTGGAAGCATTTAAGGAAAGCTGTGGGCACCTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127746 GAAGGCAGAGCTTTTGGAAGCATTTAAGGAAAGCTGTGGGCACCTTGGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 ACTGTTACAGCAG         GCTTGACTCCCAGCATTCTCATCTCACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 127796 ACTGTTACAGCAGGTG...TAGGCTTGACTCCCAGCATTCTCATCTCACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TTGCCATACTATAAGATGTCTGGTTTGTCTATGGCTGAAGTTCTGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128971 TTGCCATACTATAAGATGTCTGGTTTGTCTATGGCTGAAGTTCTGGCCCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CACGGACTGGACAGTAGAGGATGGATTACAGAAATACGAGAGAGGATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129021 CACGGACTGGACAGTAGAGGATGGATTACAGAAATACGAGAGAGGATTAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TCTTTTACATTAATCATTCACTTTATGAAAACCTGGATGAAGAATTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129071 TCTTTTACATTAATCATTCACTTTATGAAAACCTGGATGAAGAATTAAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GAA         GAATTAGCAGCAAAAGTGGTTCAGATGTTTTATGTGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129121 GAAGTG...AAGGAATTAGCAGCAAAAGTGGTTCAGATGTTTTATGTGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TGAGCCAAAGCAAGTGCCCCATATTCTCTGTAGTCCTTCTATGAAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130361 TGAGCCAAAGCAAGTGCCCCATATTCTCTGTAGTCCTTCTATGAAGAATA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 TTAATCCTTTAACTGCCATGAGCTATCTAAGGAAGCTGGATACTTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130411 TTAATCCTTTAACTGCCATGAGCTATCTAAGGAAGCTGGATACTTCTGGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 TTTTCATCGATCTTAGTGACATTGACCAAGGCAGCAGTGGCTCTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130461 TTTTCATCGATCTTAGTGACATTGACCAAGGCAGCAGTGGCTCTGAAAAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GGGAGATCTTGACATGCACAGAAATGAAATGAAAAGCCATTCAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 130511 GGGAGATCTTGACATGCACAGAAATGAAATGAAAAGCCATTCAGAGGTA.

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107      ATGAAGTTGGTATGTGGCTTCATTCTGGAACCTCGGCTGTTGATT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130561 ..AAGATGAAGTTGGTATGTGGCTTCATTCTGGAACCTCGGCTGTTGATT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 CAACAGAGAAAGGGACAGATTGTTCCAACCGAGCTTGCACTTCACTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132470 CAACAGAGAAAGGGACAGATTGTTCCAACCGAGCTTGCACTTCACTTGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 GGAAACTCAGCCTGGATTGCTTGTGGCTTCAGTTCTGGGCTTGCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132520 GGAAACTCAGCCTGGATTGCTTGTGGCTTCAGTTCTGGGCTTGCAGAAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 ACAACAAAATTGGAATTGAAGAAGCAGATTCCTTTTTTAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 132570 ACAACAAAATTGGAATTGAAGAAGCAGATTCCTTTTTTAAGGTT...AAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GTGCTTTGTGCTAAGGATGAAGATACAATTCCTCAGCTCTTGGTAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132967 GTGCTTTGTGCTAAGGATGAAGATACAATTCCTCAGCTCTTGGTAGACTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 TTGGGAAGCTCAGCTAGTGGCATGTCTCCCAGATGTGGTACTTCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133017 TTGGGAAGCTCAGCTAGTGGCATGTCTCCCAGATGTGGTACTTCAGGAAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 TCTTTTTCAAACTCACATCACAGTACATCTGGAGATTGTCTAAGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133067 TCTTTTTCAAACTCACATCACAGTACATCTGGAGATTGTCTAAGAGGCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 CCTCCTGACACCACACCATTGCGAACATCGGAGGATCTG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 133117 CCTCCTGACACCACACCATTGCGAACATCGGAGGATCTGGTA...TAGAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 AAATGCCTGTAGTCATTATGGCTTAATTTATCCATGGGTTCACGTCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134121 AAATGCCTGTAGTCATTATGGCTTAATTTATCCATGGGTTCACGTCGTAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 TATCATCTGATTCTTTAGCTGATAAAAATTATACAGAAGATCTTTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134171 TATCATCTGATTCTTTAGCTGATAAAAATTATACAGAAGATCTTTCAAAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 TTACAG         TCTCTTATATGTGGTCCTTCATTTGACATAGCTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134221 TTACAGGTA...TAGTCTCTTATATGTGGTCCTTCATTTGACATAGCTTC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 CATTATTCCGTTCTTGGAGCCACTTTCAGAAGACACTATTGCCGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137346 CATTATTCCGTTCTTGGAGCCACTTTCAGAAGACACTATTGCCGGCCTCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2675 GTGTCCATGTTCTGTGTCGTACACGCTTGAAAGAGTATGAACAGTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137396 GTGTCCATGTTCTGTGTCGTACACGCTTGAAAGAGTATGAACAGTGCATA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2725 GACATACTGTTAGAGAGATGCCCGGAGGCAGTCATTCCATATGCTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137446 GACATACTGTTAGAGAGATGCCCGGAGGCAGTCATTCCATATGCTAATCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2775 TGAACTGAAAGAAGAGAACCGG         ACTCTGTGGTGGAAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 137496 TGAACTGAAAGAAGAGAACCGGGTA...TAGACTCTGTGGTGGAAAAAAC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2816 TGTTGCCTGAACTTTGTCAGAGAATAAAATGTGGTGGAGAGAAGTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138189 TGTTGCCTGAACTTTGTCAGAGAATAAAATGTGGTGGAGAGAAGTATCAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2866 CTCTACCTGTCATCATTAAAAG         AAACATTGTCAATTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 138239 CTCTACCTGTCATCATTAAAAGGTA...CAGAAACATTGTCAATTGTTGC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2907 TGTGGAACTAGAACTGAAGGATTTCATGAATGTTCTCCCAGAAGATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142391 TGTGGAACTAGAACTGAAGGATTTCATGAATGTTCTCCCAGAAGATGGTA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2957 CTGCAACATTTTTCTTGCCATATCTTCTCTATTGCAGTCGAAAGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142441 CTGCAACATTTTTCTTGCCATATCTTCTCTATTGCAGTCGAAAGAAACCA

   3150     .
   3007 TTGACT
        ||||||
 142491 TTGACT