seq1 = pF1KE6702.tfa, 2274 bp
seq2 = pF1KE6702/gi568815595r_48526216.tfa (gi568815595r:48526216_48733636), 207421 bp

>pF1KE6702 2274
>gi568815595r:48526216_48733636 (Chr3)

(complement)

1-23  (98244-98266)   100% ->
24-182  (100002-100160)   100% ->
183-322  (100247-100386)   100% ->
323-433  (100553-100663)   100% ->
434-585  (101241-101392)   100% ->
586-750  (101593-101757)   100% ->
751-903  (101836-101988)   100% ->
904-986  (102331-102413)   100% ->
987-1134  (102497-102644)   100% ->
1135-1248  (102917-103030)   100% ->
1249-1326  (103122-103199)   100% ->
1327-1422  (103480-103575)   100% ->
1423-1529  (103659-103765)   100% ->
1530-1599  (103926-103995)   100% ->
1600-1692  (104923-105015)   100% ->
1693-1800  (105096-105203)   100% ->
1801-1893  (105599-105691)   100% ->
1894-2070  (106585-106761)   100% ->
2071-2125  (106952-107006)   100% ->
2126-2272  (107283-107429)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCTGGCGGATGCGTCGGG         ACCGAGGGACACACAGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  98244 ATGGGGCTGGCGGATGCGTCGGGGTG...CAGACCGAGGGACACACAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACTGCTGTCTGCAACACAAGCAATGGACCTGCGGAGGCGAGACTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 ACTGCTGTCTGCAACACAAGCAATGGACCTGCGGAGGCGAGACTACCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAACGGCCGCTGCTGAACCAGGAGCATTTGGAGGAGCTGGGGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 TGGAACGGCCGCTGCTGAACCAGGAGCATTTGGAGGAGCTGGGGCGCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCTCAGCACCTAGGACCCACCAGTGGCGGACCTGGTTGCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100120 GGCTCAGCACCTAGGACCCACCAGTGGCGGACCTGGTTGCAGTA...TAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTGCTCCCGTGCTCGGGCCTATGCCCTTCTGCTCCAACACCTCCCGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100247 GTGCTCCCGTGCTCGGGCCTATGCCCTTCTGCTCCAACACCTCCCGGTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTCTGGTTACCCCGGTATCCTGTGCGTGACTGGCTCCTGGGTGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100297 TGGTCTGGTTACCCCGGTATCCTGTGCGTGACTGGCTCCTGGGTGACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTATCCGGCCTGAGTGTGGCCATCATGCAGCTTCCGCAGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100347 TTATCCGGCCTGAGTGTGGCCATCATGCAGCTTCCGCAGGGTG...TAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTGGCCTACGCCCTCCTGGCTGGATTGCCCCCCGTGTTTGGCCTCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100554 CTTGGCCTACGCCCTCCTGGCTGGATTGCCCCCCGTGTTTGGCCTCTATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTCCTTCTACCCTGTCTTCATCTACTTCCTGTTTGGCACTTCCCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100604 GCTCCTTCTACCCTGTCTTCATCTACTTCCTGTTTGGCACTTCCCGGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCTCCGTGG         GGACCTTTGCTGTCATGTCTGTGATGGTGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100654 ATCTCCGTGGGTA...CAGGGACCTTTGCTGTCATGTCTGTGATGGTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGTGTGACAGAATCCCTGGCCCCGCAGGCCTTGAACGACTCCATGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101272 CAGTGTGACAGAATCCCTGGCCCCGCAGGCCTTGAACGACTCCATGATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGAGACAGCCAGAGATGCTGCCCGGGTACAGGTGGCCTCCACACTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101322 ATGAGACAGCCAGAGATGCTGCCCGGGTACAGGTGGCCTCCACACTCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTCCTGGTTGGCCTCTTCCAG         GTGGGGCTGGGCCTGATCCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101372 GTCCTGGTTGGCCTCTTCCAGGTG...CAGGTGGGGCTGGGCCTGATCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTTCGGCTTCGTGGTCACCTACCTGTCAGAACCTCTTGTCCGAGGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101613 CTTCGGCTTCGTGGTCACCTACCTGTCAGAACCTCTTGTCCGAGGCTATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCACAGCTGCAGCTGTGCAGGTCTTCGTCTCACAGCTCAAGTATGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101663 CCACAGCTGCAGCTGTGCAGGTCTTCGTCTCACAGCTCAAGTATGTGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGCCTCCATCTGAGCAGCCACTCTGGGCCACTGTCCCTCATCTAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101713 GGCCTCCATCTGAGCAGCCACTCTGGGCCACTGTCCCTCATCTATGTG..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751     ACAGTGCTGGAGGTCTGCTGGAAGCTGCCCCAGAGCAAGGTTGGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101763 .CAGACAGTGCTGGAGGTCTGCTGGAAGCTGCCCCAGAGCAAGGTTGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCGTGGTCACTGCAGCTGTGGCTGGGGTGGTGCTCGTGGTGGTGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101882 CCGTGGTCACTGCAGCTGTGGCTGGGGTGGTGCTCGTGGTGGTGAAGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTGAATGACAAGCTGCAGCAGCAGCTGCCCATGCCGATACCCGGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101932 TTGAATGACAAGCTGCAGCAGCAGCTGCCCATGCCGATACCCGGGGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCTCACG         CTCATCGGGGCCACAGGCATCTCCTATGGCATGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101982 GCTCACGGTT...CAGCTCATCGGGGCCACAGGCATCTCCTATGGCATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTCTAAAGCACAGATTTGAGGTAGATGTCGTGGGCAACATCCCTGCAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102365 GTCTAAAGCACAGATTTGAGGTAGATGTCGTGGGCAACATCCCTGCAGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987         GCTGGTGCCCCCAGTGGCCCCCAACACCCAGCTGTTCTCAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102415 TG...CAGGCTGGTGCCCCCAGTGGCCCCCAACACCCAGCTGTTCTCAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTCGTGGGCAGCGCCTTCACCATCGCTGTGGTTGGGTTTGCCATTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102539 GCTCGTGGGCAGCGCCTTCACCATCGCTGTGGTTGGGTTTGCCATTGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCTCACTGGGGAAGATCTTCGCCCTGAGGCACGGCTACCGGGTGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102589 TCTCACTGGGGAAGATCTTCGCCCTGAGGCACGGCTACCGGGTGGACAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AACCAG         GAGCTGGTGGCCCTGGGCCTCAGTAACCTTATCGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102639 AACCAGGTC...CAGGAGCTGGTGGCCCTGGGCCTCAGTAACCTTATCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGGCATCTTCCAGTGCTTCCCCGTGAGTTGCTCTATGTCTCGGAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102952 AGGCATCTTCCAGTGCTTCCCCGTGAGTTGCTCTATGTCTCGGAGCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TACAGGAGAGCACCGGGGGCAACTCGCAG         GTTGCTGGAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103002 TACAGGAGAGCACCGGGGGCAACTCGCAGGTG...CAGGTTGCTGGAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATCTCTTCCCTTTTCATCCTCCTCATCATTGTCAAACTTGGGGAACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103134 ATCTCTTCCCTTTTCATCCTCCTCATCATTGTCAAACTTGGGGAACTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCATGACCTGCCCAAG         GCGGTCCTGGCAGCCATCATCATTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103184 CCATGACCTGCCCAAGGTG...CAGGCGGTCCTGGCAGCCATCATCATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGAACCTGAAGGGCATGCTGAGGCAGCTCAGCGACATGCGCTCCCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103505 TGAACCTGAAGGGCATGCTGAGGCAGCTCAGCGACATGCGCTCCCTCTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGGCCAATCGGGCGGATCTG         CTTATCTGGCTGGTGACCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103555 AAGGCCAATCGGGCGGATCTGGTG...CAGCTTATCTGGCTGGTGACCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CACGGCCACCATCTTGCTGAACCTGGACCTTGGCTTGGTGGTTGCGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103679 CACGGCCACCATCTTGCTGAACCTGGACCTTGGCTTGGTGGTTGCGGTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCTTCTCCCTGCTGCTCGTGGTGGTCCGGACACAGAT         GCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103729 TCTTCTCCCTGCTGCTCGTGGTGGTCCGGACACAGATGTG...CAGGCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CACTACTCTGTCCTGGGGCAGGTGCCAGACACGGATATTTACAGAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103930 CACTACTCTGTCCTGGGGCAGGTGCCAGACACGGATATTTACAGAGATGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGCAGAGTACTCAGAG         GCCAAGGAAGTCCGGGGGGTGAAGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103980 GGCAGAGTACTCAGAGGTG...CAGGCCAAGGAAGTCCGGGGGGTGAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCTTCCGCTCCTCGGCCACCGTGTACTTTGCCAATGCTGAGTTCTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104948 TCTTCCGCTCCTCGGCCACCGTGTACTTTGCCAATGCTGAGTTCTACAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GATGCGCTGAAGCAGAGG         TGTGGTGTGGATGTCGACTTCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104998 GATGCGCTGAAGCAGAGGGTG...CAGTGTGGTGTGGATGTCGACTTCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CATCTCCCAGAAGAAGAAACTGCTCAAGAAGCAGGAGCAGCTGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105119 CATCTCCCAGAAGAAGAAACTGCTCAAGAAGCAGGAGCAGCTGAAGCTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 AGCAACTGCAGAAAGAGGAGAAGCTTCGGAAACAG         GCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105169 AGCAACTGCAGAAAGAGGAGAAGCTTCGGAAACAGGCA...TAGGCTGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 TCCCCCAAGGGCGCCTCAGTTTCCATTAATGTCAACACCAGCCTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105605 TCCCCCAAGGGCGCCTCAGTTTCCATTAATGTCAACACCAGCCTTGAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CATGAGGAGCAACAACGTTGAGGACTGCAAGATGATG         GTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105655 CATGAGGAGCAACAACGTTGAGGACTGCAAGATGATGGTG...CAGGTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 GCTCAGGAGATAAGATGGAAGATGCAACAGCCAATGGTCAAGAAGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106589 GCTCAGGAGATAAGATGGAAGATGCAACAGCCAATGGTCAAGAAGACTCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AAGGCCCCAGATGGGTCCACACTGAAGGCCCTGGGCCTGCCTCAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106639 AAGGCCCCAGATGGGTCCACACTGAAGGCCCTGGGCCTGCCTCAGCCAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CTTCCACAGCCTCATCCTGGACCTGGGTGCCCTCTCCTTTGTGGACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106689 CTTCCACAGCCTCATCCTGGACCTGGGTGCCCTCTCCTTTGTGGACACTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TGTGCCTCAAGAGCCTGAAGAAT         ATTTTCCATGACTTCCGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106739 TGTGCCTCAAGAGCCTGAAGAATGTA...CAGATTTTCCATGACTTCCGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GAGATTGAGGTGGAGGTGTACATGGCGGCCTGCCACA         GCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106970 GAGATTGAGGTGGAGGTGTACATGGCGGCCTGCCACAGTG...CAGGCCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 TGTGGTCAGCCAGCTTGAGGCTGGGCACTTCTTCGATGCATCCATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107287 TGTGGTCAGCCAGCTTGAGGCTGGGCACTTCTTCGATGCATCCATCACCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 AGAAGCATCTCTTTGCCTCTGTCCATGATGCTGTCACCTTTGCCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107337 AGAAGCATCTCTTTGCCTCTGTCCATGATGCTGTCACCTTTGCCCTCCAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 CACCCGAGGCCTGTCCCCGACAGCCCTGTTTCGGTCA CCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |-|| -||
 107387 CACCCGAGGCCTGTCCCCGACAGCCCTGTTTCGGTGAGCCT AC