seq1 = pF1KE6696.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KE6696/gi568815582r_29906189.tfa (gi568815582r:29906189_30110222), 204034 bp

>pF1KE6696 1200
>gi568815582r:29906189_30110222 (Chr16)

(complement)

1-262  (100001-100262)   99% ->
263-342  (100666-100745)   100% ->
343-417  (100947-101021)   100% ->
418-527  (101118-101227)   100% ->
528-654  (102924-103050)   99% ->
655-714  (103133-103192)   100% ->
715-878  (103275-103438)   100% ->
879-960  (103546-103627)   100% ->
961-1057  (103714-103810)   100% ->
1058-1200  (103892-104034)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGGCCGCAGGGGCGATCGTATGACCATCAACATCCAGGAGCACAT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGGCCGCAGGGGCGATCGCATGACCATCAACATCCAGGAGCACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCATCAACGTGTGCCCCGGGCCCATCCGGCCCATCCGCCAGATCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCATCAACGTGTGCCCCGGGCCCATCCGGCCCATCCGCCAGATCTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTACTTCCCCCGGGGACCAGGACCTGAAGGGGGCGGCGGGAGCGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100101 ACTACTTCCCCCGGGGACCAGGACCTGAAGGGGGCGGCGGGGGCGGCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGCCCCCGCCCATCTGGTCCCCCTGGCTCTGGCCCCCCCTGCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGCCCCCGCCCATCTGGTCCCCCTGGCTCTGGCCCCCCCTGCAGCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTTGGGGCCACCACGCCTGAGGATGGTGCGGAGGTGGACAGCTATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTTGGGGCCACCACGCCTGAGGATGGTGCGGAGGTGGACAGCTATGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGATGATGCCA         CCGCCCTAGGCACGCTGGAGTTTGACCTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGATGATGCCAGTG...CAGCCGCCCTAGGCACGCTGGAGTTTGACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCTACGACCGGGCCTCCTGCACTCTGCACTGTAGCATCCTCAGGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100695 CTCTACGACCGGGCCTCCTGCACTCTGCACTGTAGCATCCTCAGGGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 G         GGCCTCAAGCCCATGGATTTCAATGGCCTCGCCGACCCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100745 GGTG...CAGGGCCTCAAGCCCATGGATTTCAATGGCCTCGCCGACCCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGTCAAGCTGCACTTGCTGCCTGGAGCCTGTAAG         GCCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100987 ACGTCAAGCTGCACTTGCTGCCTGGAGCCTGTAAGGTA...CAGGCCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCTAAAAACGAAGACTCAGAGGAACACACTGAATCCCGTGTGGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101124 AAGCTAAAAACGAAGACTCAGAGGAACACACTGAATCCCGTGTGGAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGACCTGACTTACAGCGGGATCACAGATGACGACATCACGCACAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101174 GGACCTGACTTACAGCGGGATCACAGATGACGACATCACGCACAAGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAG         GATCGCCGTCTGTGATGAGGACAAGCTGAGTCACAAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101224 TCAGGTG...CAGGATCGCCGTCTGTGATGAGGACAAGCTGAGTCACAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGTTTATTGGGGAGATCCGCGTGCCCCTCCGCCGCCTCAAGCCTTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102961 GAGTTTATTGGGGAGATCCGCGTGCCCCTCCGCCGCCTCAAGCCTTCGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAGAAGCATTTTAACATCTGCCTCGAGCGCCAAGTCCCG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||>>>...>>>|
 103011 GAAGAAGCATTTTAACATCTGCCTCGAGCGCCAGGTCCCGGTC...CAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGCGTCCCCCTCTTCCATGTCAGCGGCGCTGAGGGGCATCTCCTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103134 TGGCGTCCCCCTCTTCCATGTCAGCGGCGCTGAGGGGCATCTCCTGTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGAAGGAG         TTGGAGCAGGCGGAGCAGGGGCAGGGGCTGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103184 CTGAAGGAGGTG...CAGTTGGAGCAGGCGGAGCAGGGGCAGGGGCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGGAGCGTGGCCGCATCCTGCTGAGTCTCAGCTACAGCTCGCGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103307 GGAGGAGCGTGGCCGCATCCTGCTGAGTCTCAGCTACAGCTCGCGGCGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGGACTGCTGGTAGGCATCTTGCGCTGCGCCCATCTGGCTGCCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103357 GGGGACTGCTGGTAGGCATCTTGCGCTGCGCCCATCTGGCTGCCATGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCAACGGTTACTCGGACCCCTACGTCAAGAC         GTACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103407 GTCAACGGTTACTCGGACCCCTACGTCAAGACGTG...CAGGTACCTGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCCCGATGTGGACAAGAAATCCAAGCATAAGACGTGTGTGAAGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103555 GCCCGATGTGGACAAGAAATCCAAGCATAAGACGTGTGTGAAGAAGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTCTCAACCCAGAATTTAACGAG         GAGTTTTTCTACGAGATA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103605 CTCTCAACCCAGAATTTAACGAGGTA...TAGGAGTTTTTCTACGAGATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGCTCTCCACTCTGGCCACCAAGACCCTGGAAGTCACCGTCTGGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103732 GAGCTCTCCACTCTGGCCACCAAGACCCTGGAAGTCACCGTCTGGGACTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGACATTGGCAAATCCAATGACTTCATTG         GTGGCGTGTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103782 TGACATTGGCAAATCCAATGACTTCATTGGTG...CAGGTGGCGTGTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGGGCCAGGTGCCCGAGGCGAGGCTCGGAAGCACTGGAGTGACTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103904 TGGGGCCAGGTGCCCGAGGCGAGGCTCGGAAGCACTGGAGTGACTGCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGCAGCCGGACGCAGCCCTGGAGCGCTGGCACACCCTGACCAGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103954 CAGCAGCCGGACGCAGCCCTGGAGCGCTGGCACACCCTGACCAGTGAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :
   1170 GCCCCCTGCGGCCGGGGCTCTGTCCTCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 104004 GCCCCCTGCGGCCGGGGCTCTGTCCTCAGCC