seq1 = pF1KE6694.tfa, 1194 bp
seq2 = pF1KE6694/gi568815588r_70045420.tfa (gi568815588r:70045420_70246586), 201167 bp

>pF1KE6694 1194
>gi568815588r:70045420_70246586 (Chr10)

(complement)

1-1166  (100001-101166)   99% ->
1167-1194  (106446-106473)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAAGGCAGTGGGGGTCTGCCATGAGGGCGGCCGAGCAGGCGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAAGGCAGTGGGGGTCTGCCATGAGGGCGGCCGAGCAGGCGGGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGGTGAGCGCCTCCCGGGCCGGACAGCCCGAGGCGGGCCCGTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGTGAGCGCCTCCCGGGCCGGACAGCCCGAGGCGGGCCCGTGGAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGCGGGGTAATCCTGAGCCGTAGCCCGGGCCTGGTGCTTTGCCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAGCGGGGTAATCCTGAGCCGTAGCCCGGGCCTGGTGCTTTGCCACGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCATCTTCGTCCCCTTCCTGCGAGCTGGCAGCGAAGTCCTGACCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCATCTTCGTCCCCTTCCTGCGAGCTGGCAGCGAAGTCCTGACCGCGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCGCCGTCTTCCTGCCTGGCGACAGTTGCAGGGACGACCTGCGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCGCCGTCTTCCTGCCTGGCGACAGTTGCAGGGACGACCTGCGCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGTGCAGTGGGCCCCAACGGCCGCGGGTCCCGGGGGCGGCGCGGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGTGCAGTGGGCCCCAACGGCCGCGGGTCCCGGGGGCGGCGCGGAGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCGCCCAGGGCTGTGCACGCCCCAGTGCGCGAGCCTCGAGCCCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCCGCCCAGGGCTGTGCACGCCCCAGTGCGCGAGCCTCGAGCCCGGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCTGCCCCGTCCCGCGGGCGTCCCCTGCAGCCCCGGCTTCCTGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACCTGCCCCGTCCCGCGGGCGTCCCCTGCAGCCCCGGCTTCCTGCTGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCTGCTGCTGCTGAGCTGCCCGGCCTTCTGGGCCCACTTCGCGCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCTGCTGCTGCTGAGCTGCCCGGCCTTCTGGGCCCACTTCGCGCGCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCGGGGACGAGGCAGCGGAACAGTGGCGCTTCTCGAGCGCGGCGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCGGGGACGAGGCAGCGGAACAGTGGCGCTTCTCGAGCGCGGCGCGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGACGAAGTGTCGGAGGACGAGGAGGCGGATCAACTGAGAGCGCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGACGAAGTGTCGGAGGACGAGGAGGCGGATCAACTGAGAGCGCTGGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGTTTGCGCTGCTGGGCGTGCGGCTAGGCCAGGAGGAGGTGGAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGTTTGCGCTGCTGGGCGTGCGGCTAGGCCAGGAGGAGGTGGAGGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGCGGGCCAGCCATGGCGGTGTCGCCTCTCGGGGCCGTGCCCAAGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGCGGGCCAGCCATGGCGGTGTCGCCTCTCGGGGCCGTGCCCAAGGGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCCATTGCTGGTCTGCGGCTCCCCTTTCGGCGCCTTCTGCCCCGACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCCATTGCTGGTCTGCGGCTCCCCTTTCGGCGCCTTCTGCCCCGACATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTCTCAACACGCTGAGCTGCGGGGTGCTCAGCAACGTGGCCGGCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTCTCAACACGCTGAGCTGCGGGGTGCTCAGCAACGTGGCCGGCCCACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGCTTACCGACGCACGCTGCCTTCCCGGCACCGAGGGCGGCGGCGTGTT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGCTTACCGACGCACGCTGCCTGCCCGGCACCGAGGGCGGCGGCGTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACCGCGCGGCCCGCGGGGGCGCTGGTGGCGCTGGTGGTGGCGCCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACCGCGCGGCCCGCGGGGGCGCTGGTGGCGCTGGTGGTGGCGCCGCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTTGGAAGGCCGGCGAATGGGTGGGCTTCACGCTGCTCTGCGCCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTTGGAAGGCCGGCGAATGGGTGGGCTTCACGCTGCTCTGCGCCGCCGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCCCTTTTCCGCGCCGCCCGCGACGCGCTTCACCGCCTGCCGCACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCCCTTTTCCGCGCCGCCCGCGACGCGCTTCACCGCCTGCCGCACAGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGCTGCCCTGGCCGCCCTTCTGCCGCCAGAGGTGGGCGTCCCGTGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CGCTGCCCTGGCCGCCCTTCTGCCGCCAGAGGTGGGCGTCCCGTGGGGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGCCCCTCCGAGACTCCGGGCCCCTGTGGGCAGCCGCGGCAGTGTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGCCCCTCCGAGACTCCGGGCCCCTGTGGGCAGCCGCGGCAGTGTTGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGTGCGGCACCGTATGGGGCTCCGGAGTGGCTGTGGCACCCCGCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGTGCGGCACCGTATGGGGCTCCGGAGTGGCTGTGGCACCCCGCCTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGTGACCTGTCGGCACGTGTCCCCTCGGGAAGCAGCCAGGGTCCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AGTGACCTGTCGGCACGTGTCCCCTCGGGAAGCAGCCAGGGTCCTGGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCTCCACCACCCCCAA         GCATAATCACCAGCAACACCCGGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101151 GCTCCACCACCCCCAAGTA...CAGGCATAATCACCAGCAACACCCGGGA

   1200 
   1192 CAA
        |||
 106471 CAA