seq1 = pF1KE6692.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE6692/gi568815597f_1132359.tfa (gi568815597f:1132359_1333265), 200907 bp

>pF1KE6692 987
>gi568815597f:1132359_1333265 (Chr1)

1-987  (99921-100907)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTGCTGCGGCGGGCGTGGCGGCGGCGGGCGGCGCTAGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99921 ATGAAGCTGCTGCGGCGGGCGTGGCGGCGGCGGGCGGCGCTAGGCCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACGCTGGCGCTGTGCGGGGCGGCGCTGCTCTACCTGGCGCGCTGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99971 CACGCTGGCGCTGTGCGGGGCGGCGCTGCTCTACCTGGCGCGCTGCGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGAGCCCGGGGACCCCAGGGCGATGTCGGGCCGCAGCCCGCCTCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 CCGAGCCCGGGGACCCCAGGGCGATGTCGGGCCGCAGCCCGCCTCCCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGCCCGCGCGCGCCGCCGCCTTCCTGGCAGTGCTGGTGGCCAGCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 GCGCCCGCGCGCGCCGCCGCCTTCCTGGCAGTGCTGGTGGCCAGCGCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCGCCGCCGAGCGCCGCAGCGTGATCCGCAGCACGTGGCTTGCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100121 CCGCGCCGCCGAGCGCCGCAGCGTGATCCGCAGCACGTGGCTTGCGCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGGGGCCCCGGGCGACGTGTGGGCGCGCTTTGCCGTGGGCACGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100171 GCGGGGCCCCGGGCGACGTGTGGGCGCGCTTTGCCGTGGGCACGGCCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGGCGCCGAGGAGCGGCGCGCCCTGGAGCGGGAGCAGGCGCGGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100221 CTGGGCGCCGAGGAGCGGCGCGCCCTGGAGCGGGAGCAGGCGCGGCACGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGACCTGCTGCTGCTGCCCGCGCTGCGCGACGCCTACGAAAACCTCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100271 GGACCTGCTGCTGCTGCCCGCGCTGCGCGACGCCTACGAAAACCTCACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCAAGGTGCTGGCCATGCTGGCCTGGCTGGACGAGCACGTGGCCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100321 CCAAGGTGCTGGCCATGCTGGCCTGGCTGGACGAGCACGTGGCCTTCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCGTGCTCAAGGCGGACGACGACTCCTTCGCGCGGCTGGACGCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100371 TTCGTGCTCAAGGCGGACGACGACTCCTTCGCGCGGCTGGACGCGCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCCGAGCTGCGCGCCCGCGAGCCCGCGCGCCGCCGCCGCCTCTACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100421 GGCCGAGCTGCGCGCCCGCGAGCCCGCGCGCCGCCGCCGCCTCTACTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCTTCTTCTCGGGCCGCGGCCGCGTCAAGCCGGGGGGGCGCTGGCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100471 GCTTCTTCTCGGGCCGCGGCCGCGTCAAGCCGGGGGGGCGCTGGCGCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCGCCTGGCAACTCTGCGACTACTACCTGCCCTACGCGCTGGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100521 GCCGCCTGGCAACTCTGCGACTACTACCTGCCCTACGCGCTGGGCGGCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACGTGCTCTCGGCCGACCTGGTGCACTACCTGCGCCTCAGCCGCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100571 CTACGTGCTCTCGGCCGACCTGGTGCACTACCTGCGCCTCAGCCGCGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACCTGCGCGCCTGGCACAGCGAGGACGTGTCTCTGGGCGCCTGGCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100621 ACCTGCGCGCCTGGCACAGCGAGGACGTGTCTCTGGGCGCCTGGCTGGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCGGTGGACGTCCAGCGGGAGCACGACCCGCGCTTCGACACCGAATACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100671 CCGGTGGACGTCCAGCGGGAGCACGACCCGCGCTTCGACACCGAATACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTCCCGCGGCTGCAGCAACCAGTACCTGGTGACGCACAAGCAGAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100721 GTCCCGCGGCTGCAGCAACCAGTACCTGGTGACGCACAAGCAGAGCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGGACATGCTGGAGAAGCACGCGACGCTGGCGCGCGAGGGCCGCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100771 AGGACATGCTGGAGAAGCACGCGACGCTGGCGCGCGAGGGCCGCCTGTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAGCGCGAGGTGCAGCTGCGCCTGTCCTACGTGTACGACTGGTCCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100821 AAGCGCGAGGTGCAGCTGCGCCTGTCCTACGTGTACGACTGGTCCGCGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .
    951 GCCCTCGCAGTGCTGCCAGAGAAGGGAGGGCATCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100871 GCCCTCGCAGTGCTGCCAGAGAAGGGAGGGCATCCCC