seq1 = pF1KE6689.tfa, 834 bp
seq2 = pF1KE6689/gi568815592r_556111.tfa (gi568815592r:556111_756944), 200834 bp

>pF1KE6689 834
>gi568815592r:556111_756944 (Chr6)

(complement)

1-834  (100001-100834)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTTTCGCGCCAAGATCACCGGCAAAGGCTGTCTAGAGCTGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTTTCGCGCCAAGATCACCGGCAAAGGCTGTCTAGAGCTGTTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCACGTCAGCGGCACCGTCGCGAGGCTAGCGAAGGTCTGCGTGCTCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCACGTCAGCGGCACCGTCGCGAGGCTAGCGAAGGTCTGCGTGCTCCGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGCCCTGACAGCCTGTGCTTCGGCCCCGCGGGTTCCGGCGGCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGCCCTGACAGCCTGTGCTTCGGCCCCGCGGGTTCCGGCGGCCTCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGCCAGGCTGTGGTGCGAGGTGCGGCAGGGGGCCTTCCAGCAGTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGCCAGGCTGTGGTGCGAGGTGCGGCAGGGGGCCTTCCAGCAGTTTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGGAAGGTGTCTCGGAAGATCTCGATGAGATCCACCTGGAGCTGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGGAAGGTGTCTCGGAAGATCTCGATGAGATCCACCTGGAGCTGACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGAGCACCTGTCCCGGGCGGCGAGAAGCGCAGCGGGCGCGTCCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGAGCACCTGTCCCGGGCGGCGAGAAGCGCAGCGGGCGCGTCCTCCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGCTGCAGCTGACCCACAAGCGCCGCCCCTCCCTCACGGTGGCGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGCTGCAGCTGACCCACAAGCGCCGCCCCTCCCTCACGGTGGCGGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGGTCTCGTCCCTGGGCCGCGCTCGCAGCGTGGTGCACGATCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGGTCTCGTCCCTGGGCCGCGCTCGCAGCGTGGTGCACGATCTGCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCGGGTGCTTCCCAGGAGAGTGTGGCGGGACTGCCTGCCGCCCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCGGGTGCTTCCCAGGAGAGTGTGGCGGGACTGCCTGCCGCCCAGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCGCCTCCGACGCGAGCATCCGCCTGCCGCGCTGGAGGACGCTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCGCCTCCGACGCGAGCATCCGCCTGCCGCGCTGGAGGACGCTGAGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATCGTGGAGAGGATGGCGAACGTGGGCAGTCACGTGCTGGTGGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATCGTGGAGAGGATGGCGAACGTGGGCAGTCACGTGCTGGTGGAAGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCTCAGTGGCAGGATGACCCTGAGTATAGAGACGGAGGTGGTGTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACCTCAGTGGCAGGATGACCCTGAGTATAGAGACGGAGGTGGTGTCCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAAAGTTATTTTAAAAATCTTGGAAACCCTCCCCAGTCGGCTGTGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAAAGTTATTTTAAAAATCTTGGAAACCCTCCCCAGTCGGCTGTGGGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCCTGAAAACAGAGACCTGGAGAGCATGGTGCAAGTGCGGGTGGACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCCTGAAAACAGAGACCTGGAGAGCATGGTGCAAGTGCGGGTGGACAATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGAAGCTTCTGCAGTTTTTGGAGGGACAGCAAATACATCCTACGACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGAAGCTTCTGCAGTTTTTGGAGGGACAGCAAATACATCCTACGACGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGTGCAATATTTGGGACAATACTCTTCTTCAGCTTGTTTTGGTTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGTGCAATATTTGGGACAATACTCTTCTTCAGCTTGTTTTGGTTCAAGA

    800     .    :    .    :    .    :
    801 ATATGTCTCTCTTCAGTATTTCATTCCTGCCTTG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGATGTCTCTCTTCAGTATTTCATTCCTGCCTTG