seq1 = pF1KE6683.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE6683/gi568815597f_54899187.tfa (gi568815597f:54899187_55108625), 209439 bp

>pF1KE6683 960
>gi568815597f:54899187_55108625 (Chr1)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-272  (105836-105930)   100% ->
273-548  (107811-108086)   100% ->
549-960  (109028-109439)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGACGAGAAGACCTTCCGGATCGGCTTCATTGTGCTGGGGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGACGAGAAGACCTTCCGGATCGGCTTCATTGTGCTGGGGCTTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTGGCCCTCGGTACGTTCCTCATGAGCCATGATCGGCCCCAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCTGGCCCTCGGTACGTTCCTCATGAGCCATGATCGGCCCCAGGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGGCACCTTCTATGCCATGGGCAGCGTCATGGTGATCGGGGGCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGGCACCTTCTATGCCATGGGCAGCGTCATGGTGATCGGGGGCATCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGAGCATGTGCCAGTGCTACCCCAAG         ATCACCTTCGTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 TGGAGCATGTGCCAGTGCTACCCCAAGGTA...CAGATCACCTTCGTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCTGACTCTGACTTTCAAGGCATCCTCTCCCCAAAGGCCATGGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105850 TGCTGACTCTGACTTTCAAGGCATCCTCTCCCCAAAGGCCATGGGCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAGAATGGGCTTGCTGCCGAGATGAAGAG         CCCCAGTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105900 TGGAGAATGGGCTTGCTGCCGAGATGAAGAGGTA...CAGCCCCAGTCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCCGCCCTATGTAAGGCTGTGGGAGGAAGCCGCCTATGACCAGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107821 CAGCCGCCCTATGTAAGGCTGTGGGAGGAAGCCGCCTATGACCAGAGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCTGACTTCAGCCACATCCAGATGAAAGTCATGAGCTACAGTGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107871 GCCTGACTTCAGCCACATCCAGATGAAAGTCATGAGCTACAGTGAGGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCGCTCCTTGCTGGCCCCTGAGATGGGGCAGCCGAAGCTGGGAACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107921 ACCGCTCCTTGCTGGCCCCTGAGATGGGGCAGCCGAAGCTGGGAACCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGGAGGAGAAGGTGGCCCTGGCGACGTTCAGGCCTGGATGGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107971 GATGGAGGAGAAGGTGGCCCTGGCGACGTTCAGGCCTGGATGGAGGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGTGGTCATCCACAAGGGCTCAGACGAGAGTGAAGGGGAAAGACGCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108021 CGTGGTCATCCACAAGGGCTCAGACGAGAGTGAAGGGGAAAGACGCCTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTCAGAGCTGGCCCGG         CCCCCTGGCCTGTCCCCAGGGCCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108071 CTCAGAGCTGGCCCGGGTG...CAGCCCCCTGGCCTGTCCCCAGGGCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCCCCTTGGCTTCCTTCCAAGATGACCTGGACATGGACTCCAGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109053 GCCCCCTTGGCTTCCTTCCAAGATGACCTGGACATGGACTCCAGTGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGCAGCCCCAATGCATCTCCACATGACAGGGAGGAAGCTTGTTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109103 CAGCAGCCCCAATGCATCTCCACATGACAGGGAGGAAGCTTGTTCCCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AACAGGAACCTCAGGGCTGCAGGTGCCCGCTGGACCGCTTCCAAGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109153 AACAGGAACCTCAGGGCTGCAGGTGCCCGCTGGACCGCTTCCAAGACTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCCTGATTGATGCCCCAACGTTGGAGGATGAGCCCCAAGAGGGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109203 GCCCTGATTGATGCCCCAACGTTGGAGGATGAGCCCCAAGAGGGGCAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTGGGAAATAGCCCTGCCCAACAACTGGCAGCGGTACCCAAGGACAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109253 GTGGGAAATAGCCCTGCCCAACAACTGGCAGCGGTACCCAAGGACAAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGGAGGAGAAGGAGGCTTCGGACACAGGTGGGGAGGAACCTGAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109303 TGGAGGAGAAGGAGGCTTCGGACACAGGTGGGGAGGAACCTGAGAAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGGAAGACCTGTACTATGGGCTGCCAGATGGAGCCGGGGACCTCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109353 GAGGAAGACCTGTACTATGGGCTGCCAGATGGAGCCGGGGACCTCCTCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .
    924 GGACAAGGAGCTGGGTTTTGAGCCTGACACCCAAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109403 GGACAAGGAGCTGGGTTTTGAGCCTGACACCCAAGGC