seq1 = pF1KE6679.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KE6679/gi568815592r_70180812.tfa (gi568815592r:70180812_70402075), 221264 bp

>pF1KE6679 984
>gi568815592r:70180812_70402075 (Chr6)

(complement)

9-88  (99996-100075)   97% ->
89-166  (101690-101767)   100% ->
167-299  (101901-102033)   100% ->
300-696  (107513-107909)   100% ->
697-780  (118256-118339)   100% ->
781-801  (119158-119178)   100% ->
802-876  (120612-120686)   100% ->
877-912  (121037-121072)   100% ->
913-981  (121202-121270)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 CTGCTGGAAAATTCCAGTTTTCTTCTTTGTGTGCAGTTTCCTGGAACCCT
        || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 CTTCAGGAAAATTCCAGTTTTCTTCTTTGTGTGCAGTTTCCTGGAACCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 GGGCATCTGCAGCTGTCAAGCGTCGCCCCA         GATTCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100046 GGGCATCTGCAGCTGTCAAGCGTCGCCCCAGTA...CAGGATTCCCTGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 AATTCCAATTCTAATGGTGGAAATGAACTCTGTCCAAAGATCAGGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 AATTCCAATTCTAATGGTGGAAATGAACTCTGTCCAAAGATCAGGATTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 CCAAGATGACTTACCAG         GGTTTGATCTGATCTCTCAGTTCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101751 CCAAGATGACTTACCAGGTG...TAGGGTTTGATCTGATCTCTCAGTTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 AGGTAGATAAAGCAGCATCTAGAAGAGCTATCCAGAGAGTAGTGGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101925 AGGTAGATAAAGCAGCATCTAGAAGAGCTATCCAGAGAGTAGTGGGATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 GCTACATTGCAGGTGGCTTACAAGTTGGGAAATAATGTAGACTTCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101975 GCTACATTGCAGGTGGCTTACAAGTTGGGAAATAATGTAGACTTCAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 TCCAACTAG         GAATTTATATCCCAGTGGACTGCCTGAAGAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102025 TCCAACTAGGTA...CAGGAATTTATATCCCAGTGGACTGCCTGAAGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 ACTCCTTCTTGACGACGTTTCGAATGACTGGAAGCACTCTCAAAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107545 ACTCCTTCTTGACGACGTTTCGAATGACTGGAAGCACTCTCAAAAAGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 TGGAACATTTGGCAGATTCAGGATTCCTCTGGGAAGGAGCAAGTTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107595 TGGAACATTTGGCAGATTCAGGATTCCTCTGGGAAGGAGCAAGTTGGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 AAAGATTAATGGCCAAACACAATCTGTTGTATTTTCATACAAGGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107645 AAAGATTAATGGCCAAACACAATCTGTTGTATTTTCATACAAGGGACTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482 ATGGAAGTCTCCAAACAGCAGCCTTTTCGAATTTGTCCTCCTTGTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107695 ATGGAAGTCTCCAAACAGCAGCCTTTTCGAATTTGTCCTCCTTGTTTGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 TCCCAGTGGCATAAGATCATGATTGGCGTGGAGAGGAGTAGTGCTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107745 TCCCAGTGGCATAAGATCATGATTGGCGTGGAGAGGAGTAGTGCTACTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582 TTTTGTTGACTGCAACAGGATTGAATCTTTACCTATAAAGCCAAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107795 TTTTGTTGACTGCAACAGGATTGAATCTTTACCTATAAAGCCAAGAGGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    632 CAATTGACATTGATGGCTTTGCTGTGCTGGGAAAACTTGCAGATAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107845 CAATTGACATTGATGGCTTTGCTGTGCTGGGAAAACTTGCAGATAATCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    682 CAAGTTTCTGTTCCA         TTTGAACTTCAATGGATGCTGATCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107895 CAAGTTTCTGTTCCAGTA...CAGTTTGAACTTCAATGGATGCTGATCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723 TTGTGACCCCCTGCGGCCCAGGAGAGAAACTTGCCATGAGCTGCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118282 TTGTGACCCCCTGCGGCCCAGGAGAGAAACTTGCCATGAGCTGCCAGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773 GAATAACG         CCCAGCCAGACCACCGACGAG         AGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118332 GAATAACGGTG...CAGCCCAGCCAGACCACCGACGAGGTA...CAGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 GGTCCCCCGGGTGAGCAGGGTCCTCCCGGGCCTCCGGGCCCCCCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120615 GGTCCCCCGGGTGAGCAGGGTCCTCCCGGGCCTCCGGGCCCCCCTGGAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 TCCAGGCATCGATGGCATCGAC         GGTGACCGAGGTCCTAAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 120665 TCCAGGCATCGATGGCATCGACGTA...CAGGGTGACCGAGGTCCTAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 GCCCCCCGGGCCCCCCG         GGTCCTGCAGGTGAACCGGGAAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121056 GCCCCCCGGGCCCCCCGGTA...CAGGGTCCTGCAGGTGAACCGGGAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    937 CCAGGAGCTCCAGGCAAGCCTGGCACACCTGGCGCTGATACCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
 121226 CCAGGAGCTCCAGGCAAGCCTGGCACACCTGGCGCTGATGTGAGT