seq1 = pF1KE6676.tfa, 858 bp
seq2 = pF1KE6676/gi568815590f_1671055.tfa (gi568815590f:1671055_1880564), 209510 bp

>pF1KE6676 858
>gi568815590f:1671055_1880564 (Chr8)

1-543  (100001-100543)   100% ->
544-858  (109196-109510)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCTGCGAGCGATGGGGGCACATCAGAGAGCATTTTTGACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCCTGCGAGCGATGGGGGCACATCAGAGAGCATTTTTGACCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTATGCATCCTGGGGGATCCGCTCCACGCTGATGGTCGCTGGCTTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTATGCATCCTGGGGGATCCGCTCCACGCTGATGGTCGCTGGCTTTGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACTTGGGCGTCTTTGTGGTCTGCCACCAGCTGTCCTCTTCCCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTACTTGGGCGTCTTTGTGGTCTGCCACCAGCTGTCCTCTTCCCTGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCACTTACCGTTCTTTGGTGGCCAGAGAGAAGGTCTTCTGGGACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCACTTACCGTTCTTTGGTGGCCAGAGAGAAGGTCTTCTGGGACCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCACGCGTGCAGTCTTTGGTGTTCAGAGCACAGCCGCAGGCCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCACGCGTGCAGTCTTTGGTGTTCAGAGCACAGCCGCAGGCCTGTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCTGCTGGGGGACCCTGTGCTGCATGCCGACAAGGCGCGTGGCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCTGCTGGGGGACCCTGTGCTGCATGCCGACAAGGCGCGTGGCCAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACTGGTGCTGGTTTCACATCACGACAGCAACGGGATTCTTTTGCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACTGGTGCTGGTTTCACATCACGACAGCAACGGGATTCTTTTGCTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAATGTTGCAGTCCACCTGTCCAACTTGATCTTCCGGACATTTGACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAATGTTGCAGTCCACCTGTCCAACTTGATCTTCCGGACATTTGACTTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTCTGGTTATCCACCATCTCTTTGCCTTTCTTGGGTTTCTTGGCTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTCTGGTTATCCACCATCTCTTTGCCTTTCTTGGGTTTCTTGGCTGCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCAATCTCCAAGCTGGCCACTATCTAGCTATGACCACGTTGCTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTCAATCTCCAAGCTGGCCACTATCTAGCTATGACCACGTTGCTCCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GATGAGCACGCCCTTTACCTGCGTTTCCTGGATGCTCTTAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100501 GATGAGCACGCCCTTTACCTGCGTTTCCTGGATGCTCTTAAAGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    544   GCGGGCTGGTCCGAGTCTCTGTTTTGGAAGCTCAACCAGTGGCTGATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109194 AGGCGGGCTGGTCCGAGTCTCTGTTTTGGAAGCTCAACCAGTGGCTGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATTCACATGTTTCACTGCCGCATGGTTCTAACCTACCACATGTGGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109244 ATTCACATGTTTCACTGCCGCATGGTTCTAACCTACCACATGTGGTGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTGTTTCTGGCACTGGGACGGCCTGGTCAGCAGCCTGTATCTGCCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109294 GTGTTTCTGGCACTGGGACGGCCTGGTCAGCAGCCTGTATCTGCCTCATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGACACTGTTCCTTGTCGGACTGGCTCTGCTTACGCTAATCATTAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109344 TGACACTGTTCCTTGTCGGACTGGCTCTGCTTACGCTAATCATTAATCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TATTGGACCCATAAGAAGACTCAGCAGCTTCTCAATCCGGTGGACTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109394 TATTGGACCCATAAGAAGACTCAGCAGCTTCTCAATCCGGTGGACTGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTCGCACAGCCAGAAGCCAAGAGCAGGCCAGAAGGCAACGGGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109444 CTTCGCACAGCCAGAAGCCAAGAGCAGGCCAGAAGGCAACGGGCAGCTGC

    850     .    :    .
    842 TGCGGAAGAAGAGGCCA
        |||||||||||||||||
 109494 TGCGGAAGAAGAGGCCA