seq1 = pF1KE6671.tfa, 888 bp
seq2 = pF1KE6671/gi568815597f_180934008.tfa (gi568815597f:180934008_181155262), 221255 bp

>pF1KE6671 888
>gi568815597f:180934008_181155262 (Chr1)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-328  (115045-115305)   100% ->
329-469  (116139-116279)   100% ->
470-745  (118228-118503)   100% ->
746-850  (119566-119670)   100% ->
851-888  (121218-121255)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGAACTGATGGCGTTCCTGTTACCTCTCATCATTGTGTTAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGAACTGATGGCGTTCCTGTTACCTCTCATCATTGTGTTAATGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGCACAGCGATTCCC         GGACGCACTCTCTGAGATATTTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGCACAGCGATTCCCGTG...CAGGGACGCACTCTCTGAGATATTTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCTGGGCGTTTCGGATCCCATCCATGGGGTCCCTGAATTTATTTCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115069 GCCTGGGCGTTTCGGATCCCATCCATGGGGTCCCTGAATTTATTTCGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGTACGTGGACTCGCACCCTATCACCACATATGACAGTGTCACTCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115119 GGGTACGTGGACTCGCACCCTATCACCACATATGACAGTGTCACTCGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGGAGCCACGGGCCCCATGGATGGCAGAGAACCTCGCGCCTGATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115169 GAAGGAGCCACGGGCCCCATGGATGGCAGAGAACCTCGCGCCTGATCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGAGAGGTACACTCAGCTGCTGAGGGGCTGGCAGCAGATGTTCAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115219 GGGAGAGGTACACTCAGCTGCTGAGGGGCTGGCAGCAGATGTTCAAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAACTGAAGCGCCTACAGAGGCACTACAATCACTCAG         ATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115269 GAACTGAAGCGCCTACAGAGGCACTACAATCACTCAGGTG...TAGATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTGGCTCACACCATCAAGCAGGCATGGGAGGCCAATCAGCATGAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116143 TGTGGCTCACACCATCAAGCAGGCATGGGAGGCCAATCAGCATGAGTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTATCAAAAGAATTGGCTGGAAGAAGAATGTATTGCCTGGCTAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116193 TGTATCAAAAGAATTGGCTGGAAGAAGAATGTATTGCCTGGCTAAAGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCCTGGAGTATGGGAAAGACACCCTACAAAGAACAG         AGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 116243 TTCCTGGAGTATGGGAAAGACACCCTACAAAGAACAGGTA...TAGAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCACTGGTCAGAGTAAATCGCAAAGAAACTTTTCCAGGGGTTACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118232 CCCACTGGTCAGAGTAAATCGCAAAGAAACTTTTCCAGGGGTTACAGCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTTCTGCAAAGCTCATGGCTTTTACCCCCCAGAAATTTACATGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118282 TCTTCTGCAAAGCTCATGGCTTTTACCCCCCAGAAATTTACATGACATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGAAAAACGGGGAAGAAATTGTCCAAGAAATTGATTATGGAGACATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118332 ATGAAAAACGGGGAAGAAATTGTCCAAGAAATTGATTATGGAGACATTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCCCAGTGGGGATGGAACCTATCAGGCGTGGGCATCAATTGAGCTTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118382 TCCCAGTGGGGATGGAACCTATCAGGCGTGGGCATCAATTGAGCTTGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTCAGAGCAGCAACCTTTACTCCTGTCATGTGGAGCACTGCGGTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118432 CTCAGAGCAGCAACCTTTACTCCTGTCATGTGGAGCACTGCGGTGTCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATGGTTCTTCAGGTCCCCCAGG         AATCAGAAACTATCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118482 ATGGTTCTTCAGGTCCCCCAGGGTA...CAGAATCAGAAACTATCCCTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTGATGAAAGCTGTCTCTGGGTCCATTGTCCTTGTCATTGTGCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119585 TGTGATGAAAGCTGTCTCTGGGTCCATTGTCCTTGTCATTGTGCTGGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GAGTTGGTGTTCTAGTCTGGAGAAGAAGGCCCCGAG         AGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119635 GAGTTGGTGTTCTAGTCTGGAGAAGAAGGCCCCGAGGTG...CAGAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :
    856 AATGGAGCCATCTACCTTCCAACACCAGATCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 121223 AATGGAGCCATCTACCTTCCAACACCAGATCGA