seq1 = pF1KE6670.tfa, 888 bp
seq2 = pF1KE6670/gi568815596r_149469977.tfa (gi568815596r:149469977_149682271), 212295 bp

>pF1KE6670 888
>gi568815596r:149469977_149682271 (Chr2)

(complement)

10-154  (100001-100145)   100% ->
155-372  (102624-102841)   100% ->
373-478  (105730-105835)   99% ->
479-609  (106431-106561)   100% ->
610-696  (111101-111187)   100% ->
697-888  (112104-112295)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     10 GTGCTTTGTAACAGAGCCAGACTGGTTTCCTATCTCCCAGGATTTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GTGCTTTGTAACAGAGCCAGACTGGTTTCCTATCTCCCAGGATTTTGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     60 TTTAGTTAAAAGGGTTGTCAATCCCAAAGCCTTTTCGACTGCAGGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTAGTTAAAAGGGTTGTCAATCCCAAAGCCTTTTCGACTGCAGGATCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    110 CAGGTTCGGATGAGTCTCATGTGGCTGCTGCACCTCCAGATATAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100101 CAGGTTCGGATGAGTCTCATGTGGCTGCTGCACCTCCAGATATATGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155     GCTCTCGAACAGTGTGGCCTGATGAAACTATGGGACCCTTTGGACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 .CAGGCTCTCGAACAGTGTGGCCTGATGAAACTATGGGACCCTTTGGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCAAGATCAGAGGTTCCAGCTTCCTGGGAACATAGGTTTTGATTGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102670 TCAAGATCAGAGGTTCCAGCTTCCTGGGAACATAGGTTTTGATTGTCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAATGGGACTGCTTCACAGAAGAAAAGCCTGGTTCATAAAACTTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102720 TCAATGGGACTGCTTCACAGAAGAAAAGCCTGGTTCATAAAACTTTGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATGTTCTAGCAGAACCTTTATCAAGTGAAAGACATGAGTTTGTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102770 GATGTTCTAGCAGAACCTTTATCAAGTGAAAGACATGAGTTTGTGATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACAATATGTGAATGAATTTCAG         GGTAATGATGCACCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102820 ACAATATGTGAATGAATTTCAGGTA...TAGGGTAATGATGCACCTGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AACAAGAAATTAACAGTGCAGAAACTTACTTTGAAAGTGCCAGAGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105749 AACAAGAAATTAACAGTGCAGAAACTTACTTTGAAAGTGCCAGAGTAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGTGCAATACAAACATGTCCAGAATTGCTGCGAAAAG         ATTT
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105799 TGTGCAATACAGACATGTCCAGAATTGCTGCGAAAAGGTA...TAGATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAATCACTGTTTCCAGAAGTAGCTAATGGCAAACTAATGATTCTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106435 TGAATCACTGTTTCCAGAAGTAGCTAATGGCAAACTAATGATTCTGACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TAACACAAAAAACTAAGAATGATATGACTGTTTGGAGTGAAGAAGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106485 TAACACAAAAAACTAAGAATGATATGACTGTTTGGAGTGAAGAAGTAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATTGAAAGAGAAGTGCTCTTAGAAAAG         TTCATCAATGGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106535 ATTGAAAGAGAAGTGCTCTTAGAAAAGGTA...CAGTTCATCAATGGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TAAGGAAATTTGCTATGCTCTTCGAGCTGAGGGTTATTGGGCTGACTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111115 TAAGGAAATTTGCTATGCTCTTCGAGCTGAGGGTTATTGGGCTGACTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTGACCCATCATCTGGTTTGGCA         TTTTTTGGACCATATACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111165 TTGACCCATCATCTGGTTTGGCAGTG...CAGTTTTTTGGACCATATACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACAACACTCTTTTTGAAACTGATGAACGCTACCGACATTTAGGATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112122 AACAACACTCTTTTTGAAACTGATGAACGCTACCGACATTTAGGATTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTTGATGACCTTGGATGCTGTAAAGTGATTCGTCATAGTCTCTGGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112172 TGTTGATGACCTTGGATGCTGTAAAGTGATTCGTCATAGTCTCTGGGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCATGTAGTTGTAGGGAGTATCTTCACTAATGCAACACCAGACAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112222 CCCATGTAGTTGTAGGGAGTATCTTCACTAATGCAACACCAGACAGCCAT

    900     .    :    .    :
    865 ATTATGAAGAAATTAAGTGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||
 112272 ATTATGAAGAAATTAAGTGGAAAT