seq1 = pF1KE6669.tfa, 888 bp
seq2 = pF1KE6669/gi568815591f_43687902.tfa (gi568815591f:43687902_43907232), 219331 bp

>pF1KE6669 888
>gi568815591f:43687902_43907232 (Chr7)

11-134  (100001-100124)   100% ->
135-254  (103348-103467)   100% ->
255-352  (104814-104911)   100% ->
353-460  (112564-112671)   100% ->
461-632  (115775-115946)   100% ->
633-888  (119076-119331)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 AGCCCGAGAGGAAGTTTGGCGTGGTGGTGGTTGGTGTTGGCCGAGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGCCCGAGAGGAAGTTTGGCGTGGTGGTGGTTGGTGTTGGCCGAGCCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 TCCGTGCGGATGAGGGACTTGCGGAATCCACACCCTTCCTCAGCGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCGTGCGGATGAGGGACTTGCGGAATCCACACCCTTCCTCAGCGTTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 GAACCTGATTGGCTTCGTGTCGAG         AAGGGAGCTCGGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 GAACCTGATTGGCTTCGTGTCGAGGTG...TAGAAGGGAGCTCGGGAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    152 TTGATGGAGTCCAGCAGATTTCTTTGGAGGATGCTCTTTCCAGCCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103365 TTGATGGAGTCCAGCAGATTTCTTTGGAGGATGCTCTTTCCAGCCAAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    202 GTGGAGGTCGCCTATATCTGCAGTGAGAGCTCCAGCCATGAGGACTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103415 GTGGAGGTCGCCTATATCTGCAGTGAGAGCTCCAGCCATGAGGACTACAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    252 CAG         GCAGTTCCTTAATGCTGGCAAGCACGTCCTTGTGGAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103465 CAGGTG...AAGGCAGTTCCTTAATGCTGGCAAGCACGTCCTTGTGGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293 ACCCCATGACACTGTCATTGGCGGCCGCTCAGGAACTGTGGGAGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104852 ACCCCATGACACTGTCATTGGCGGCCGCTCAGGAACTGTGGGAGCTGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    343 GAGCAGAAAG         GAAAAGTCTTGCACGAGGAGCATGTTGAACT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104902 GAGCAGAAAGGTA...CAGGAAAAGTCTTGCACGAGGAGCATGTTGAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384 CTTGATGGAGGAATTCGCTTTCCTGAAAAAAGAAGTGGTGGGGAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112595 CTTGATGGAGGAATTCGCTTTCCTGAAAAAAGAAGTGGTGGGGAAAGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    434 TGCTGAAAGGGTCGCTCCTCTTCACAG         CTGGCCCGTTGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112645 TGCTGAAAGGGTCGCTCCTCTTCACAGGTC...CAGCTGGCCCGTTGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475 GAAGAGCGGTTTGGCTTCCCTGCATTCAGCGGCATCTCTCGCCTGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115789 GAAGAGCGGTTTGGCTTCCCTGCATTCAGCGGCATCTCTCGCCTGACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    525 GCTGGTCTCCCTCTTTGGGGAGCTTTCTCTTGTGTCTGCCACTTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115839 GCTGGTCTCCCTCTTTGGGGAGCTTTCTCTTGTGTCTGCCACTTTGGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575 AGCGAAAGGAAGATCAGTATATGAAAATGACAGTGTGTCTGGAGACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115889 AGCGAAAGGAAGATCAGTATATGAAAATGACAGTGTGTCTGGAGACAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    625 AAGAAAAG         TCCACTGTCATGGATTGAAGAAAAAGGACCTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 115939 AAGAAAAGGTA...CAGTCCACTGTCATGGATTGAAGAAAAAGGACCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    666 TCTAAAACGAAACAGATATTTAAGCTTCCATTTCAAGTCTGGGTCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119109 TCTAAAACGAAACAGATATTTAAGCTTCCATTTCAAGTCTGGGTCCTTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    716 AGAATGTGCCAAATGTAGGAGTGAATAAGAACATATTTCTGAAAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119159 AGAATGTGCCAAATGTAGGAGTGAATAAGAACATATTTCTGAAAGATCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    766 AATATATTTGTCCAGAAACTCTTGGGCCAGTTCTCTGAGAAGGAACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119209 AATATATTTGTCCAGAAACTCTTGGGCCAGTTCTCTGAGAAGGAACTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    816 TGCTGAAAAGAAACGCATCCTGCACTGCCTGGGGCTTGCAGAAGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 119259 TGCTGAAAAGAAACGCATCCTGCACTGCCTGGGGCTTGCAGAAGAAATCC

    900     .    :    .    :
    866 AGAAATATTGCTGTTCAAGGAAG
        |||||||||||||||||||||||
 119309 AGAAATATTGCTGTTCAAGGAAG