seq1 = pF1KE6668.tfa, 888 bp
seq2 = pF1KE6668/gi568815596f_108193668.tfa (gi568815596f:108193668_108408461), 214794 bp

>pF1KE6668 888
>gi568815596f:108193668_108408461 (Chr2)

1-151  (100001-100151)   100% ->
152-277  (100562-100687)   100% ->
278-375  (107171-107268)   100% ->
376-502  (110907-111033)   100% ->
503-597  (111505-111599)   100% ->
598-778  (111748-111928)   100% ->
779-888  (114685-114794)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTGACCTCAGACCTGGGGAAACAGATAAAACTGAAAGAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTGACCTCAGACCTGGGGAAACAGATAAAACTGAAAGAGGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGACCCTCCTGCAGCCTGCAACTGTGGACAACTGGAGCCAGATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGACCCTCCTGCAGCCTGCAACTGTGGACAACTGGAGCCAGATCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTCGAGGCCAAACCAGATGATCTCCTCATCTGCACCTACCCTAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTCGAGGCCAAACCAGATGATCTCCTCATCTGCACCTACCCTAAAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 G         GGACAACGTGGATTCAGGAAATTGTGGATATGATTGAACA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTG...CAGGGACAACGTGGATTCAGGAAATTGTGGATATGATTGAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAATGGGGACGTGGAGAAGTGCCAGCGAGCCATCATCCAACACCGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100602 GAATGGGGACGTGGAGAAGTGCCAGCGAGCCATCATCCAACACCGCCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTTCATTGAGTGGGCTCGGCCACCCCAACCTTCTG         GTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100652 CTTTCATTGAGTGGGCTCGGCCACCCCAACCTTCTGGTG...AAGGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAAAGCCAAAGCAATGCCCTCTCCACGGATACTAAAGACTCACCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107176 GAAAAAGCCAAAGCAATGCCCTCTCCACGGATACTAAAGACTCACCTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACTCAGCTGCTGCCACCGTCTTTCTGGGAAAACAACTGCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107226 CACTCAGCTGCTGCCACCGTCTTTCTGGGAAAACAACTGCAAGGTA...A

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   TTCCTTTATGTAGCTCGAAATGCCAAAGACTGTATGGTTTCCTACTAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110905 AGTTCCTTTATGTAGCTCGAAATGCCAAAGACTGTATGGTTTCCTACTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATTTCCAAAGGATGAACCACATGCTTCCTGACCCTGGTACCTGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110955 CATTTCCAAAGGATGAACCACATGCTTCCTGACCCTGGTACCTGGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTATTTTGAAACCTTCATCAATGGAAAAG         TGGTTTGGGGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111005 GTATTTTGAAACCTTCATCAATGGAAAAGGTA...CAGTGGTTTGGGGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTGGTTTGACCACGTGAAAGGATGGTGGGAGATGAAAGACAGACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111517 CCTGGTTTGACCACGTGAAAGGATGGTGGGAGATGAAAGACAGACACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTCTCTTCCTCTTCTATGAGGACATAAAGAGG         GACCCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111567 ATTCTCTTCCTCTTCTATGAGGACATAAAGAGGGTG...CAGGACCCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCATGAAATTCGGAAGGTGATGCAGTTCATGGGAAAGAAGGTGGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111756 GCATGAAATTCGGAAGGTGATGCAGTTCATGGGAAAGAAGGTGGATGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGTGCTAGATAAAATTGTCCAGGAGACGTCATTTGAGAAAATGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111806 CAGTGCTAGATAAAATTGTCCAGGAGACGTCATTTGAGAAAATGAAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATCCCATGACAAATCGTTCTACAGTTTCCAAATCTATCTTGGACCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111856 AATCCCATGACAAATCGTTCTACAGTTTCCAAATCTATCTTGGACCAGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATTTCCTCCTTCATGAGAAAAG         GAACTGTGGGGGATTGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111906 AATTTCCTCCTTCATGAGAAAAGGTG...TAGGAACTGTGGGGGATTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAAACCACTTCACTGTTGCCCAGAATGAGAGGTTTGATGAAATCTATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114703 AAAACCACTTCACTGTTGCCCAGAATGAGAGGTTTGATGAAATCTATAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGAAAGATGGAAGGAACCTCCATAAACTTCTGCATGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114753 AGAAAGATGGAAGGAACCTCCATAAACTTCTGCATGGAACTC