seq1 = pF1KE6664.tfa, 849 bp
seq2 = pF1KE6664/gi568815589f_21715431.tfa (gi568815589f:21715431_21962011), 246581 bp

>pF1KE6664 849
>gi568815589f:21715431_21962011 (Chr9)

1-33  (87319-87351)   100% ->
34-120  (100003-100089)   100% ->
121-179  (101284-101342)   98% ->
180-347  (102605-102772)   100% ->
348-450  (122478-122580)   99% ->
451-690  (139201-139440)   99% ->
691-813  (143873-143995)   100% ->
814-849  (146546-146581)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCTGGCACCACCACCACCGCCGTGAAG         ATTGGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  87319 ATGGCCTCTGGCACCACCACCACCGCCGTGAAGGTG...TAGATTGGAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AATTGGTGGAACAGGCCTGGATGATCCAGAAATTTTAGAAGGAAGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 AATTGGTGGAACAGGCCTGGATGATCCAGAAATTTTAGAAGGAAGAACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAAATATGTGGATACTCCATTTGGCAAG         CCATCTGATGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100061 AAAAATATGTGGATACTCCATTTGGCAAGGTT...CAGCCATCTGATGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTAATTTTGGGGAAGATAAAAAATGTTGATTGCATCCTCCTTGCAAG   
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||>>>
 101296 TTAATTTTGGGGAAGATAAAAAATGTTGATTGCGTCCTCCTTGCAAGGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    180       GCATGGAAGGCAGCACACCATCATGCCTTCAAAGGTCAACTACC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101346 ...TAGGCATGGAAGGCAGCACACCATCATGCCTTCAAAGGTCAACTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGGCGAACATCTGGGCTTTGAAGGAAGAGGGCTGTACACATGTCATAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102649 AGGCGAACATCTGGGCTTTGAAGGAAGAGGGCTGTACACATGTCATAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACCACAGCTTGTGGCTCCTTGAGGGAGGAGATTCAGCCCGGCGATATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102699 ACCACAGCTTGTGGCTCCTTGAGGGAGGAGATTCAGCCCGGCGATATTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATTATTGATCAGTTCATTGACAG         GACCACTATGAGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102749 CATTATTGATCAGTTCATTGACAGGTA...TAGGACCACTATGAGACCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGTCCTTCTATGATGGAAGTCATTCTTGTGCCAGAGGAGTGTGCCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122495 AGTCCTTCTATGATGGAAGTCATTCTTGTGCCAGAGGAGTGTGCCATATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCAATGGCTGAGCCGTTTTGCCCAAAAACGAGAGAG         GTTCT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>|||||
 122545 CCAATGGCTGAGCCGTTTTGCCCCAAAACGAGAGAGGTG...TAGGTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TATAGAGACTGCTAAGAAGCTAGGACTCCGGTGCCACTCAAAGGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139206 TATAGAGACTGCTAAGAAGCTAGGACTCCGGTGCCACTCAAAGGGGACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGTCACAATCGAGGGACCTCGTTTTAGCTCCCGGGCAGAAAGCTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139256 TGGTCACAATCGAGGGACCTCGTTTTAGCTCCCGGGCAGAAAGCTTCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTCCGTACCTGGGGGGCGGATGTTATCAACATGACCACAGTTCCAGAGGT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139306 TTCCGCACCTGGGGGGCGGATGTTATCAACATGACCACAGTTCCAGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTTCTTGCTAAGGAGGCTGGAATTTGTTACGCAAGTATCGCCATGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139356 GGTTCTTGCTAAGGAGGCTGGAATTTGTTACGCAAGTATCGCCATGGCGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGATTATGACTGCTGGAAGGAGCACGAGGAAGCA         GTTTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 139406 CAGATTATGACTGCTGGAAGGAGCACGAGGAAGCAGTA...TAGGTTTCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGGACCGGGTCTTAAAGACCCTGAAAGAAAACGCTAATAAAGCCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143879 GTGGACCGGGTCTTAAAGACCCTGAAAGAAAACGCTAATAAAGCCAAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTACTGCTCACTACCATACCTCAGATAGGGTCCACAGAATGGTCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143929 CTTACTGCTCACTACCATACCTCAGATAGGGTCCACAGAATGGTCAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCCTCCATAACCTGAAG         AATATGGCCCAGTTTTCTGTTTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 143979 CCCTCCATAACCTGAAGGTA...CAGAATATGGCCCAGTTTTCTGTTTTA

    900     .    :
    838 TTACCAAGACAT
        ||||||||||||
 146570 TTACCAAGACAT