seq1 = pF1KE6662.tfa, 828 bp
seq2 = pF1KE6662/gi568815592f_43545099.tfa (gi568815592f:43545099_43770946), 225848 bp

>pF1KE6662 828
>gi568815592f:43545099_43770946 (Chr6)

1-227  (100001-100227)   100% ->
228-393  (105277-105442)   100% ->
394-523  (110464-110593)   100% ->
524-670  (111479-111625)   100% ->
671-828  (125691-125848)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCCGACAGCCTCCTGCTGTCTCTGGAGCTGGCGTCCGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCCGACAGCCTCCTGCTGTCTCTGGAGCTGGCGTCCGGCAGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGGCCTCAGCCCGGACCGTCGGGCCTCGCTGCTCACGTCTCTTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGGCCTCAGCCCGGACCGTCGGGCCTCGCTGCTCACGTCTCTTATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTTAAGCGCGACTACCGCTATGATCGGGTTCTCTTCTGGGGCCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTTAAGCGCGACTACCGCTATGATCGGGTTCTCTTCTGGGGCCGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTTGGCCTCGTCGCCGATTACTACATCGCGCAGGGCCTGAGTGAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTTGGCCTCGTCGCCGATTACTACATCGCGCAGGGCCTGAGTGAGGACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCGCACCGCGCAAGACGCTCTATAG         CCTGAACTGCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100201 GCTCGCACCGCGCAAGACGCTCTATAGGTG...CAGCCTGAACTGCACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTGGAGCCTCTTGCCCCCTGCCACAGAGGAGATGGTGGCGCAGTCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105291 AGTGGAGCCTCTTGCCCCCTGCCACAGAGGAGATGGTGGCGCAGTCGTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGGTGAAGGGCCGCTTCATGGGGGACCCATCATACGAATATGAACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105341 GTGGTGAAGGGCCGCTTCATGGGGGACCCATCATACGAATATGAACACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAGCTGCAGAAGGTGAATGAAGGTGAAAAAGTCTTTGAAGAAGAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105391 TGAGCTGCAGAAGGTGAATGAAGGTGAAAAAGTCTTTGAAGAAGAAATAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TG         GTCCAGATCAAGGAAGAGACCCGCTTGGTGTCTGTCATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105441 TGGTG...CAGGTCCAGATCAAGGAAGAGACCCGCTTGGTGTCTGTCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACCAGATTGACAAGGCTGTGGCCATCATCCCCCGAGGCGCCCTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110503 GACCAGATTGACAAGGCTGTGGCCATCATCCCCCGAGGCGCCCTCTTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACCCCTTTTGGACCCACCCATGTCAATCGGACCTTTGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 110553 GACCCCTTTTGGACCCACCCATGTCAATCGGACCTTTGAAGGTG...TAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GACTGTCCTTGTCTGAGGCCAAGAAGCTCAGCTCCTACTTCCATTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111479 GACTGTCCTTGTCTGAGGCCAAGAAGCTCAGCTCCTACTTCCATTTCAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGCCTGTTGAGCTAAAGAATAAGACCTTGCTTGAGAAGGCTGACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111529 GAGCCTGTTGAGCTAAAGAATAAGACCTTGCTTGAGAAGGCTGACCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCCCTCCCTGGATTTCATGGACTCCTTGGAGCATGACATTCCCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111579 CCCCTCCCTGGATTTCATGGACTCCTTGGAGCATGACATTCCCAAAGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    671       GGTCCTGGAGCATCCAGATGGAGAGGGGCAATGCCCTGGTGGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111629 ...CAGGGTCCTGGAGCATCCAGATGGAGAGGGGCAATGCCCTGGTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGCGCAGCCTGCTCTGGCCGGGCCTCACCTTCTACCATGCTCCCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125735 CTGCGCAGCCTGCTCTGGCCGGGCCTCACCTTCTACCATGCTCCCCGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAAGAACTATGGCTACGTCTACGTGGGCACTGGCGAGAAGAACATGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125785 CAAGAACTATGGCTACGTCTACGTGGGCACTGGCGAGAAGAACATGGACT

    850     .    :
    815 TGCCCTTCATGCTA
        ||||||||||||||
 125835 TGCCCTTCATGCTA