seq1 = pF1KE6658.tfa, 765 bp
seq2 = pF1KE6658/gi568815596r_158238725.tfa (gi568815596r:158238725_158458572), 219848 bp

>pF1KE6658 765
>gi568815596r:158238725_158458572 (Chr2)

(complement)

1-25  (2134-2158)   100% ->
26-147  (100003-100124)   100% ->
148-251  (113255-113358)   100% ->
252-334  (117893-117975)   100% ->
335-486  (118180-118331)   99% ->
487-582  (119488-119583)   100% ->
583-765  (119666-119848)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTGCAGCTTCTGCTTCTCCAG         ATAATCTGGTATTCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
   2134 ATGTGTGCAGCTTCTGCTTCTCCAGGTG...TAGATAATCTGGTATTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TATGAAAAATGAGATGAGAAACATCAAGTACAAACCAGTAGACTATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 TATGAAAAATGAGATGAGAAACATCAAGTACAAACCAGTAGACTATCAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATTGCGTGCATTAACTGAAGCAAAGAAATTGGCTTCTGCCTCTGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 AATTGCGTGCATTAACTGAAGCAAAGAAATTGGCTTCTGCCTCTGCAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAAAG         ATCAGAAAAGCAATGTTGACTTCAAAGTTATCCAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 CTAAAGGTT...TAGATCAGAAAAGCAATGTTGACTTCAAAGTTATCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAACAAACACTAATAAAACAACACAAGCAAGTGTGGTGGCAGGAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113290 AGAACAAACACTAATAAAACAACACAAGCAAGTGTGGTGGCAGGAATACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAGGCTGAATGAAGTCAG         ATGTAAAATGGAATCTGAAATA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113340 AGAGGCTGAATGAAGTCAGGTA...CAGATGTAAAATGGAATCTGAAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAATCCCTTCTCAATGAAGAGAACATTGGAAATGAATGTCTTTGTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117915 AAATCCCTTCTCAATGAAGAGAACATTGGAAATGAATGTCTTTGTGACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TACAAATTTTG         AGCAAGAGCTATCAGAACAACAGTGCACAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117965 TACAAATTTTGGTA...TAGAGCAAGAGCTATCAGAACAACAGTGCACAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATCTTAAAAATGTAATAAATCCTATTCAGCAGCTGAGAGCAGATCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118210 ATCTTAAAAATGTAATAAATCCTATTCAGCAGCTGAGAGCAGATCTAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACAGACAGCATCACACTTTGCAGCATTCACACCCACATATTGAGTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118260 TACAGACAGCATCACACTTTGCAGCATTCACACCCACATATTGAGTTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCCGTGAAAGTATTGGAAGAG         GTTGACTTTGTGAAGAAAC
        |||| |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118310 CTCCATGAAAGTATTGGAAGAGGTT...TAGGTTGACTTTGTGAAGAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AATTGAAAACTGTCTTTGAAAGACTTAGGCTGGAGCAACAGAGAATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119507 AATTGAAAACTGTCTTTGAAAGACTTAGGCTGGAGCAACAGAGAATAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATGATCTTTCAGACTGGAGTATAAAG         ATTCTAGATCATTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 119557 AATGATCTTTCAGACTGGAGTATAAAGGTA...CAGATTCTAGATCATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTTGGAAGAAAAGACTAACCCGCTTAGTGAACTGCCCATTGAATTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119680 TTTGGAAGAAAAGACTAACCCGCTTAGTGAACTGCCCATTGAATTAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTTTGGAATGCCCATACCCTGATTTGAAATCTTCAATTCTCAGTGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119730 GTTTGGAATGCCCATACCCTGATTTGAAATCTTCAATTCTCAGTGAGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TATAAGTTTACACAGAAATATCAAAAGAAGCTTCAAGACTTTAATCTGCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 119780 TATAAGTTTACACAGAAATATCAGAAGAAGCTTCAAGACTTTAATCTGCA

    800     .    :    .
    747 GTTGGAAGACATATACAGG
        |||||||||||||||||||
 119830 GTTGGAAGACATATACAGG