seq1 = pF1KE6650.tfa, 702 bp
seq2 = pF1KE6650/gi568815584f_104601366.tfa (gi568815584f:104601366_104803455), 202090 bp

>pF1KE6650 702
>gi568815584f:104601366_104803455 (Chr14)

1-391  (100001-100391)   99% ->
392-507  (101740-101855)   100% ->
508-667  (101930-102089)   100% ->
668-702  (102551-102585)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGTGAAGGAGGGCGCACAGCGCAAGTGGGCAGCGCTGAAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGTGAAGGAGGGCGCACAGCGCAAGTGGGCAGCGCTGAAGGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGGGCCACAGGATTCGGACCCCACGGAGGCCAACCTGGAGAGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGGGCCACAGGATTCGGACCCCACGGAGGCCAACCTGGAGAGCGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCCTGAGCTGTGCATCCGGCTGCTCCAGATGCCCTCTGTGGTCAACTAC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCCCGAGCTGTGCATCCGGCTGCTCCAGATGCCCTCTGTGGTCAACTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCGGCCTGCGCAAGCGCCTGGAGGGCAGCGACGGCGGCTGGATGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCGGCCTGCGCAAGCGCCTGGAGGGCAGCGACGGCGGCTGGATGGTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTCCTGGAGCAGAGCGGCCTGGACCTGCTGCTGGAGGCGCTGGCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTCCTGGAGCAGAGCGGCCTGGACCTGCTGCTGGAGGCGCTGGCGCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTCGGGCCGCGGCGTTGCACGTATCTCCGACGCCCTGCTGCAGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTCGGGCCGCGGCGTTGCACGTATCTCCGACGCCCTGCTGCAGCTCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCGTCAGCTGCGTGCGCGCCGTCATGAACTCGCGGCAGGGCATCGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGCGTCAGCTGCGTGCGCGCCGTCATGAACTCGCGGCAGGGCATCGAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATCCTCAGCAACCAGGGCTACGTGCGCCAGCTCTCCCAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100351 CATCCTCAGCAACCAGGGCTACGTGCGCCAGCTCTCCCAGGGTG...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCCTGGACACATCCAACGTGATGGTGAAGAAGCAGGTGTTTGAGCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101740 CCCTGGACACATCCAACGTGATGGTGAAGAAGCAGGTGTTTGAGCTACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCTGCCCTGTGCATCTACTCTCCCGAGGGCCACGTGCTGACCCTGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101790 GCTGCCCTGTGCATCTACTCTCCCGAGGGCCACGTGCTGACCCTGGACGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTGGACCACTACAAG         ACGGTGTGCAGCCAGCAGTACCGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101840 CCTGGACCACTACAAGGTG...CAGACGGTGTGCAGCCAGCAGTACCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAGCATTGTCATGAACGAGCTCTCCGGCAGCGACAACGTGCCCTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101955 TCAGCATTGTCATGAACGAGCTCTCCGGCAGCGACAACGTGCCCTACGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTCACCCTGCTTAGCGTGATCAACGCCGTCATCTTGGGCCCCGAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102005 GTCACCCTGCTTAGCGTGATCAACGCCGTCATCTTGGGCCCCGAGGACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCGCGCGCGCACCCAGCTGCGGAACGAGTTTATCG         GGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102055 GCGCGCGCGCACCCAGCTGCGGAACGAGTTTATCGGTA...CAGGGCTGC

    700     .    :    .    :    .
    674 AGCTGCTGGACGTCCTGGCTCGCCTGCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 102557 AGCTGCTGGACGTCCTGGCTCGCCTGCGG