seq1 = pF1KE6646.tfa, 678 bp
seq2 = pF1KE6646/gi568815597r_71307449.tfa (gi568815597r:71307449_71876299), 568851 bp

>pF1KE6646 678
>gi568815597r:71307449_71876299 (Chr1)

(complement)

24-151  (100001-100128)   100% ==
275-404  (265148-265274)   96% ->
405-563  (283332-283487)   96% ->
564-678  (468737-468851)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     24 AGTTCCTCCTAAGATATATGACATCTCAAATGATATGACCGTCAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGTTCCTCCTAAGATATATGACATCTCAAATGATATGACCGTCAATGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     74 GAACCAACGTCACTCTTACTTGTTTGGCCACTGGGAAACCAGAGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAACCAACGTCACTCTTACTTGTTTGGCCACTGGGAAACCAGAGCCTTCC

    100     .    :    .    :    .
    124 ATTTCTTGGCGACACATCTCCCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTTCTTGGCGACACATCTCCCCATCAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275 TTGTCAACTTTGCTCCTACTATTCAGGAAATTAAATCTGGCACCGTGACC
        |||-|| -||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265148 TTG CAG TT GCTCCTACTATTCAGGAAATTAAATCTGGCACCGTGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325 CCCGGACGCAGTGGCCTGATAAGATGTGAAGGTGCAGGTGTGCCGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265195 CCCGGACGCAGTGGCCTGATAAGATGTGAAGGTGCAGGTGTGCCGCCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375 AGCCTTTGAATGGTACAAAGGAGAGAAGAA         GCTCTTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 265245 AGCCTTTGAATGGTACAAAGGAGAGAAGAAGTG...TAGGCTCTTCAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    416 GCCAACAAGGAATTATTATTCAAAATTTTAGCACAAGATCCATTCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283343 GCCAACAAGGAATTATTATTCAAAATTTTAGCACAAGATCCATTCTCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466 GTTACCAACGTGACACAGGAGCACTTCGGCAATTATACTTGTGTGGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 283393 GTTACCAACGTGACACAGGAGCACTTCGGCAATTATACCTGTGTGGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    516 CAACAAGCTAGGCACAACCAATGCGAGCCTGCCTCTTAACCCTCCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |--||->>
 283443 CAACAAGCTAGGCACAACCAATGCGAGCCTGCCTCTTAACCGT  AA GT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564        TACAGCCCAGTATGGAATTACCGGGAGCGCTGATGTTCTTTTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283490 A...AAGTACAGCCCAGTATGGAATTACCGGGAGCGCTGATGTTCTTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607 TCCTGCTGGTACCTTGTGTTGACACTGTCCTCTTTCACCAGCATATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468780 TCCTGCTGGTACCTTGTGTTGACACTGTCCTCTTTCACCAGCATATTCTA

    400     .    :    .    :
    657 CCTGAAGAATGCCATTCTACAA
        ||||||||||||||||||||||
 468830 CCTGAAGAATGCCATTCTACAA