seq1 = pF1KE6645.tfa, 855 bp
seq2 = pF1KE6645/gi568815597r_147108850.tfa (gi568815597r:147108850_147325029), 216180 bp

>pF1KE6645 855
>gi568815597r:147108850_147325029 (Chr1)

(complement)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-324  (109088-109276)   100% ->
325-487  (111560-111722)   100% ->
488-630  (112495-112637)   100% ->
631-830  (115979-116178)   100% ->
831-855  (134781-134805)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTAAGAAAAGAATTGCTGTGATTGGGGGAGGAGTGAGCGGGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTAAGAAAAGAATTGCTGTGATTGGGGGAGGAGTGAGCGGGCTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCATCAAGTGCTGCGTAGAAGAAGGCTTGGAACCTGTCTGCTTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCATCAAGTGCTGCGTAGAAGAAGGCTTGGAACCTGTCTGCTTTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGACTGATGACATCGGAGGGCTCTGGAGGTTCCAG         GAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 GGACTGATGACATCGGAGGGCTCTGGAGGTTCCAGGTA...CAGGAAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGAAGAAGGAAGGGCCAGTATTTACAAATCAGTGATCATCAATACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109094 CCTGAAGAAGGAAGGGCCAGTATTTACAAATCAGTGATCATCAATACTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAAAGAGATGATGTGCTTCAGTGACTATCCAATCCCAGATCATTATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109144 TAAAGAGATGATGTGCTTCAGTGACTATCCAATCCCAGATCATTATCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCATGCATAATGCCCAGGTCCTGGAGTATTTCAGGATGTATGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109194 ACTTCATGCATAATGCCCAGGTCCTGGAGTATTTCAGGATGTATGCCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAATTTGACCTTCTAAAGTATATTCGATTTAAG         ACCACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109244 GAATTTGACCTTCTAAAGTATATTCGATTTAAGGTA...CAGACCACTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGCAGTGTGAAGAAGCAGCCTGATTTTGCCACTTCAGGCCAATGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111568 GTGCAGTGTGAAGAAGCAGCCTGATTTTGCCACTTCAGGCCAATGGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGTCACTGAATCTGAAGGGAAAAAGGAGATGAATGTCTTTGATGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111618 TGGTCACTGAATCTGAAGGGAAAAAGGAGATGAATGTCTTTGATGGAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGGTTTGCACTGGCCATCACACCAATGCTCATCTACCTCTGGAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111668 ATGGTTTGCACTGGCCATCACACCAATGCTCATCTACCTCTGGAAAGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCCTG         GAATTGAGAAGTTCAAAGGGCAGTACTTCCACAGTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111718 CCCTGGTG...CAGGAATTGAGAAGTTCAAAGGGCAGTACTTCCACAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAGACTATAAGAACCCAGAGGGATTCACTGGAAAGAGAGTCATTATAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112531 GAGACTATAAGAACCCAGAGGGATTCACTGGAAAGAGAGTCATTATAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCATTGGGAATTCTGGAGGGGATCTGGCTGTAGAGATTAGCCAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112581 GGCATTGGGAATTCTGGAGGGGATCTGGCTGTAGAGATTAGCCAAACAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAGCAG         GTTTTCCTCAGCACCAGGAGAGGGGCTTGGATCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112631 CAAGCAGGTT...CAGGTTTTCCTCAGCACCAGGAGAGGGGCTTGGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGAATCGTGTAGGGGACTACGGATATCCTGCTGATGTGTTGTTCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116013 TGAATCGTGTAGGGGACTACGGATATCCTGCTGATGTGTTGTTCTCTTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGACTTACACATTTTATATGGAAGATCTGTGGCCAATCATTAGCAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116063 CGACTTACACATTTTATATGGAAGATCTGTGGCCAATCATTAGCAAACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATATTTGGAAAAAAAGATAAACCAAAGGTTTGACCATGAAATGTTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116113 ATATTTGGAAAAAAAGATAAACCAAAGGTTTGACCATGAAATGTTTGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGAAGCCTAAACACAG         GTCTAAAGACATTGCCCTCACAGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116163 TGAAGCCTAAACACAGGTA...TAGGTCTAAAGACATTGCCCTCACAGAG