seq1 = pF1KE6644.tfa, 726 bp
seq2 = pF1KE6644/gi568815593f_121751964.tfa (gi568815593f:121751964_121952689), 200726 bp

>pF1KE6644 726
>gi568815593f:121751964_121952689 (Chr5)

1-726  (100001-100726)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTCCTGCTTCAGGCTCCTCTCCAGGCACATCAGCCCTTCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTCCTGCTTCAGGCTCCTCTCCAGGCACATCAGCCCTTCGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCTCTGCGCCCGGTGCGCTGCTGCTTCGCGCTCCCGCTGCGTTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCTCTGCGCCCGGTGCGCTGCTGCTTCGCGCTCCCGCTGCGTTGGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGGCGCCCCTTGGACCCCAGGCAGATCGCCCCCCGCCGCCCCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGGGCGCCCCTTGGACCCCAGGCAGATCGCCCCCCGCCGCCCCCTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGCCGCCTCCTCCCGGGACCCTACCGGGCCCGCCGCCGGCCCCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGCCGCCTCCTCCCGGGACCCTACCGGGCCCGCCGCCGGCCCCTCTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGCGCCAGAACTTCCACCCCGACTCCGAGGCTGCCATCAACCGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGCGCCAGAACTTCCACCCCGACTCCGAGGCTGCCATCAACCGCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAACCTCGAGCTCTATGCGTCCTACGTGTACTTGTCCATGGCCTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAACCTCGAGCTCTATGCGTCCTACGTGTACTTGTCCATGGCCTATTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTCCCGGGATGACGTGGCCTTGAACAACTTCTCCAGGTATTTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTCCCGGGATGACGTGGCCTTGAACAACTTCTCCAGGTATTTCCTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCAGTCCCGGGAGGAGACCGAGCACGCGGAGAAGCTGATGAGGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCAGTCCCGGGAGGAGACCGAGCACGCGGAGAAGCTGATGAGGCTGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCAGCGAGGAGGCCGGATCCGCCTGCAGGACATCAAGAAGCCGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCAGCGAGGAGGCCGGATCCGCCTGCAGGACATCAAGAAGCCGGAACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACGACTGGGAAAGCGGGCTGCATGCCATGGAGTGTGCTCTACTCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACGACTGGGAAAGCGGGCTGCATGCCATGGAGTGTGCTCTACTCTTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAAGAACGTGAACCAGTCGTTGCTGGAATTGCACGCTCTAGCCTCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAAGAACGTGAACCAGTCGTTGCTGGAATTGCACGCTCTAGCCTCAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAGGTGACCCCCATTTGTGCGATTTCCTGGAAACCTACTACCTGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAGGTGACCCCCATTTGTGCGATTTCCTGGAAACCTACTACCTGAATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGGTGAAGTCTATCAAAGAACTAGGTGACCACGTGCACAACTTAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGGTGAAGTCTATCAAAGAACTAGGTGACCACGTGCACAACTTAGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GATGGGGGCCCCGGATGCTGGCCTGGCGGAGTACCTTTTTGACACACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GATGGGGGCCCCGGATGCTGGCCTGGCGGAGTACCTTTTTGACACACATA

    700     .    :    .    :    .
    701 CCCTTGGAAATGAAAACAAGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCTTGGAAATGAAAACAAGCAGAAC